ബൾക്ക്ഡ് സെഗ്രഗന്റ് വിശകലനം
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
തകാഗി തുടങ്ങിയവർ., പ്ലാന്റ് ജേർണൽ, 2013
● കൃത്യമായ പ്രാദേശികവൽക്കരണം: പശ്ചാത്തല ശബ്‌ദം കുറയ്ക്കുന്നതിന് 30+30 മുതൽ 200+200 വരെ വ്യക്തികളുമായി ബൾക്കുകൾ മിക്സ് ചെയ്യുക;പര്യായമല്ലാത്ത മ്യൂട്ടറ്റന്റുകളെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്ഥാനാർത്ഥി പ്രദേശ പ്രവചനം.
● സമഗ്രമായ വിശകലനം: NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG , മുതലായവ ഉൾപ്പെടെയുള്ള ആഴത്തിലുള്ള കാൻഡിഡേറ്റ് ജീൻ ഫംഗ്‌ഷൻ വ്യാഖ്യാനം.
● വേഗത്തിലുള്ള ടേൺറൗണ്ട് സമയം: 45 പ്രവൃത്തി ദിവസത്തിനുള്ളിൽ ദ്രുത ജീൻ പ്രാദേശികവൽക്കരണം.
● വിപുലമായ അനുഭവം: വിളകൾ, ജല ഉൽപന്നങ്ങൾ, വനം, പൂക്കൾ, പഴങ്ങൾ മുതലായവ പോലുള്ള വൈവിധ്യമാർന്ന ഇനങ്ങളെ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന ആയിരക്കണക്കിന് സ്വഭാവസവിശേഷതകൾ പ്രാദേശികവൽക്കരണത്തിൽ BMK സംഭാവന ചെയ്തിട്ടുണ്ട്.
സേവന സവിശേഷതകൾ
ജനസംഖ്യ:
മാതാപിതാക്കളുടെ സന്തതികളെ വിപരീത പ്രതിഭാസങ്ങളോടെ വേർതിരിക്കുക.
ഉദാ: F2 സന്തതി, ബാക്ക്‌ക്രോസിംഗ് (BC), റീകോമ്പിനന്റ് ഇൻബ്രെഡ് ലൈൻ(RIL)
മിക്സിംഗ് പൂൾ
ഗുണപരമായ സവിശേഷതകൾക്ക്: 30 മുതൽ 50 വരെ വ്യക്തികൾ (കുറഞ്ഞത് 20)/ബൾക്ക്
ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് ട്രാറ്റിസിന്: മുഴുവൻ ജനസംഖ്യയിലും (കുറഞ്ഞത് 30+30) തീവ്രമായ പ്രതിഭാസങ്ങളുള്ള 5% മുതൽ 10% വരെ വ്യക്തികൾ.
ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ക്രമപ്പെടുത്തൽ ആഴം
ചുരുങ്ങിയത് 20X/മാതാപിതാക്കൾ, 1X/സന്താനങ്ങൾ വ്യക്തികൾ (ഉദാ: 30+30 വ്യക്തികളുടെ സന്തതി മിക്സിംഗ് പൂളിന്, ഒരു ബൾക്കിന് സീക്വൻസിങ് ഡെപ്ത് 30X ആയിരിക്കും)
ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് വിശകലനങ്ങൾ
● മുഴുവൻ ജീനോം റീസീക്വൻസിങ്
● ഡാറ്റ പ്രോസസ്സിംഗ്
● SNP/Indel കോളിംഗ്
● കാൻഡിഡേറ്റ് മേഖല സ്ക്രീനിംഗ്
● കാൻഡിഡേറ്റ് ജീൻ ഫംഗ്‌ഷൻ വ്യാഖ്യാനം
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകളും ഡെലിവറിയും
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ:
ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ:
| gDNA സാമ്പിൾ | ടിഷ്യു സാമ്പിൾ |
| ഏകാഗ്രത: ≥30 ng/μl | സസ്യങ്ങൾ: 1-2 ഗ്രാം |
| തുക: ≥2 μg (വാല്യം ≥15 μl) | മൃഗങ്ങൾ: 0.5-1 ഗ്രാം |
| ശുദ്ധി: OD260/280= 1.6-2.5 | മുഴുവൻ രക്തം: 1.5 മില്ലി |
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
പരീക്ഷണ രൂപകൽപ്പന
സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
ആർഎൻഎ വേർതിരിച്ചെടുക്കൽ
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
സീക്വൻസിങ്
ഡാറ്റ വിശകലനം
വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ
1.കാൻഡിഡേറ്റ് മേഖലയെ തിരിച്ചറിയാൻ യൂക്ലിഡിയൻ ദൂരത്തെ (ED) അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള അസോസിയേഷൻ വിശകലനം.ഇനിപ്പറയുന്ന ചിത്രത്തിൽ
എക്സ്-ആക്സിസ്: ക്രോമസോം നമ്പർ;ഓരോ ഡോട്ടും ഒരു എസ്എൻപിയുടെ ED മൂല്യത്തെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു.ബ്ലാക്ക് ലൈൻ ഘടിപ്പിച്ച ED മൂല്യവുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു.ഉയർന്ന ED മൂല്യം സൈറ്റും ഫിനോടൈപ്പും തമ്മിലുള്ള കൂടുതൽ പ്രാധാന്യമുള്ള ബന്ധത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു.റെഡ് ഡാഷ് ലൈൻ കാര്യമായ ബന്ധത്തിന്റെ പരിധിയെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു.
2.അസോസിയേഷൻ വിശകലനം എസ്എൻപി-ഇൻഡക്സില്ല
എക്സ്-ആക്സിസ്: ക്രോമസോം നമ്പർ;ഓരോ ഡോട്ടും SNP-ഇൻഡക്സ് മൂല്യത്തെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു.ബ്ലാക്ക് ലൈൻ എന്നത് ഘടിപ്പിച്ച SNP-ഇൻഡക്സ് മൂല്യത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു.മൂല്യം എത്ര വലുതാണോ അത്രയധികം പ്രാധാന്യമുള്ളതാണ് ഈ കൂട്ടായ്മ.
ബിഎംകെ കേസ്
പ്രധാന-ഇഫക്റ്റ് ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് സ്വഭാവം ലോക്കസ് Fnl7.1 വെള്ളരിക്കയിലെ പഴങ്ങളുടെ കഴുത്തിന്റെ നീളവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഒരു വൈകി ഭ്രൂണജനനം സമൃദ്ധമായ പ്രോട്ടീൻ എൻകോഡ് ചെയ്യുന്നു.
പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്: പ്ലാന്റ് ബയോടെക്നോളജി ജേണൽ, 2020
ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം:
രക്ഷിതാക്കൾ (Jin5-508, YN): 34×, 20× എന്നിവയ്‌ക്കായുള്ള മുഴുവൻ ജീനോം സമാനതകളും.
ഡിഎൻഎ പൂളുകൾ (50 നീളമുള്ള കഴുത്തും 50 ഷോർട്ട് കഴുത്തും): 61×, 52× എന്നിവയ്ക്ക് സമാനതകൾ
പ്രധാന ഫലങ്ങൾ
ഈ പഠനത്തിൽ, നീണ്ട കഴുത്തുള്ള കുക്കുമ്പർ ലൈൻ Jin5-508, ഷോർട്ട്-നെക്ക് YN എന്നിവ മുറിച്ചുകടന്ന് ജനസംഖ്യയെ (F2, F2:3) വേർതിരിക്കുന്നു.രണ്ട് ഡിഎൻഎ പൂളുകൾ നിർമ്മിച്ചത് 50 അങ്ങേയറ്റം നീളമുള്ള കഴുത്തുള്ള വ്യക്തികളും 50 അങ്ങേയറ്റത്തെ ഷോർട്ട് കഴുത്തുള്ള വ്യക്തികളും ചേർന്നാണ്.BSA വിശകലനവും പരമ്പരാഗത QTL മാപ്പിംഗും വഴി Chr07-ൽ പ്രധാന-ഇഫക്റ്റ് QTL തിരിച്ചറിഞ്ഞു.ഫൈൻ-മാപ്പിംഗ്, ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ ക്വാണ്ടിഫിക്കേഷൻ, ട്രാൻസ്ജെനിക് പരീക്ഷണങ്ങൾ എന്നിവയിലൂടെ കാൻഡിഡേറ്റ് മേഖല കൂടുതൽ ചുരുക്കി, കഴുത്ത് നീളം നിയന്ത്രിക്കുന്നതിനുള്ള പ്രധാന ജീൻ CsFnl7.1 വെളിപ്പെടുത്തി.കൂടാതെ, CsFnl7.1 പ്രൊമോട്ടർ മേഖലയിലെ പോളിമോർഫിസം അനുബന്ധ പദപ്രയോഗവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടതായി കണ്ടെത്തി.കൂടുതൽ ഫൈലോജനറ്റിക് വിശകലനം സൂചിപ്പിക്കുന്നത്, Fnl7.1 ലോക്കസ് ഇന്ത്യയിൽ നിന്ന് ഉത്ഭവിച്ചതാകാനാണ് സാധ്യത.
 കുക്കുമ്പർ കഴുത്തിന്റെ നീളവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട കാൻഡിഡേറ്റ് ഏരിയ തിരിച്ചറിയാൻ ബിഎസ്എ വിശകലനത്തിൽ ക്യുടിഎൽ-മാപ്പിംഗ് |  കുക്കുമ്പർ കഴുത്ത് നീളമുള്ള QTL-ന്റെ LOD പ്രൊഫൈലുകൾ Chr07-ൽ തിരിച്ചറിഞ്ഞു |
Xu, X. et al."മേജർ-ഇഫക്റ്റ് ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് സ്വഭാവം ലോക്കസ് Fnl7.1 വെള്ളരിക്കയിലെ പഴങ്ങളുടെ കഴുത്തിന്റെ നീളവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഒരു വൈകി ഭ്രൂണജനനം സമൃദ്ധമായ പ്രോട്ടീൻ എൻകോഡ് ചെയ്യുന്നു."പ്ലാന്റ് ബയോടെക്നോളജി ജേണൽ 18.7(2020).
