● 16S/18S/ITS-ന്റെ പൂർണ്ണ-ദൈർഘ്യ ശ്രേണി വെളിപ്പെടുത്തുന്ന ദീർഘ-വായനകൾ
● PacBio CCS മോഡ് സീക്വൻസിംഗിനൊപ്പം വളരെ കൃത്യമായ അടിസ്ഥാന കോളിംഗ്
● OTU/ASV വ്യാഖ്യാനത്തിലെ സ്പീഷീസ് ലെവൽ റെസല്യൂഷൻ
● ഏറ്റവും പുതിയ QIIME2 ഡാറ്റാബേസ്, വ്യാഖ്യാനം, OTU/ASV എന്നിവയിൽ വൈവിധ്യമാർന്ന വിശകലനങ്ങൾക്കൊപ്പം ഒഴുക്ക് വിശകലനം ചെയ്യുന്നു.
● വൈവിധ്യമാർന്ന മൈക്രോബയൽ കമ്മ്യൂണിറ്റി പഠനങ്ങൾക്ക് ബാധകമാണ്
● മണ്ണ്, വെള്ളം, വാതകം, ചെളി, മലം, കുടൽ, ത്വക്ക്, അഴുകൽ ചാറു, പ്രാണികൾ, ചെടികൾ മുതലായവ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന 100,000 സാമ്പിളുകൾ/വർഷം കൊണ്ട് വിപുലമായ അനുഭവം BMK സ്വന്തമാക്കി.
● 45 വ്യക്തിപരമാക്കിയ വിശകലന ടൂളുകൾ അടങ്ങിയ ഡാറ്റ വ്യാഖ്യാനം BMKCloud സുഗമമാക്കി
സീക്വൻസിങ്പ്ലാറ്റ്ഫോം | പുസ്തകശാല | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഡാറ്റ | തിരിയുന്ന സമയം |
PacBio സീക്വൽ II | SMRT-ബെൽ | 5K/10K/20K ടാഗുകൾ | 44 പ്രവൃത്തി ദിവസങ്ങൾ |
● റോ ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം
● OTU ക്ലസ്റ്ററിംഗ്/ഡി-നോയിസ്(ASV)
● OTU വ്യാഖ്യാനം
● ആൽഫ വൈവിധ്യം
● ബീറ്റ വൈവിധ്യം
● ഇന്റർ ഗ്രൂപ്പ് വിശകലനം
● പരീക്ഷണാത്മക ഘടകങ്ങൾക്കെതിരായ അസോസിയേഷൻ വിശകലനം
● ഫംഗ്ഷൻ ജീൻ പ്രവചനം
വേണ്ടിഡിഎൻഎ എക്സ്ട്രാക്റ്റുകൾ:
സാമ്പിൾ തരം | തുക | ഏകാഗ്രത | ശുദ്ധി |
ഡിഎൻഎ എക്സ്ട്രാക്റ്റുകൾ | > 1 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകൾക്കായി:
സാമ്പിൾ തരം | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന സാമ്പിൾ നടപടിക്രമം |
മണ്ണ് | സാമ്പിൾ തുക: ഏകദേശം.5 ഗ്രാം;ശേഷിക്കുന്ന വാടിയ പദാർത്ഥം ഉപരിതലത്തിൽ നിന്ന് നീക്കം ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്;വലിയ കഷണങ്ങൾ പൊടിക്കുക, 2 മില്ലീമീറ്റർ ഫിൽട്ടറിലൂടെ കടന്നുപോകുക;റിസർവേഷനായി അണുവിമുക്തമായ ഇപി-ട്യൂബിലോ സൈറോട്യൂബിലോ അലിക്വോട്ട് സാമ്പിളുകൾ. |
മലം | സാമ്പിൾ തുക: ഏകദേശം.5 ഗ്രാം;റിസർവേഷനായി അണുവിമുക്തമായ ഇപി-ട്യൂബിലോ ക്രയോട്യൂബിലോ അലിക്വോട്ട് സാമ്പിളുകൾ ശേഖരിക്കുകയും ശേഖരിക്കുകയും ചെയ്യുക. |
കുടൽ ഉള്ളടക്കം | അസെപ്റ്റിക് അവസ്ഥയിൽ സാമ്പിളുകൾ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്.പിബിഎസ് ഉപയോഗിച്ച് ശേഖരിച്ച ടിഷ്യു കഴുകുക;PBS സെൻട്രിഫ്യൂജ് ചെയ്ത് EP-ട്യൂബുകളിൽ അവശിഷ്ടം ശേഖരിക്കുക. |
ചെളി | സാമ്പിൾ തുക: ഏകദേശം.5 ഗ്രാം;റിസർവേഷനായി അണുവിമുക്തമായ ഇപി-ട്യൂബിലോ ക്രയോട്യൂബിലോ അലിക്വോട്ട് സ്ലഡ്ജ് സാമ്പിൾ ശേഖരിക്കുക |
ജലാശയം | ടാപ്പ് വെള്ളം, കിണർ വെള്ളം മുതലായവ പരിമിതമായ അളവിലുള്ള സൂക്ഷ്മജീവികളുള്ള സാമ്പിളിനായി, കുറഞ്ഞത് 1 ലിറ്റർ വെള്ളമെങ്കിലും ശേഖരിച്ച് 0.22 μm ഫിൽട്ടറിലൂടെ മെംബ്രണിലെ സൂക്ഷ്മജീവികളെ സമ്പന്നമാക്കുക.മെംബ്രൺ അണുവിമുക്തമായ ട്യൂബിൽ സൂക്ഷിക്കുക. |
തൊലി | അണുവിമുക്തമായ കോട്ടൺ സ്വാബ് അല്ലെങ്കിൽ സർജിക്കൽ ബ്ലേഡ് ഉപയോഗിച്ച് ചർമ്മത്തിന്റെ ഉപരിതലം ശ്രദ്ധാപൂർവ്വം ചുരണ്ടുക, അണുവിമുക്തമായ ട്യൂബിൽ വയ്ക്കുക. |
3-4 മണിക്കൂർ ദ്രാവക നൈട്രജനിൽ സാമ്പിളുകൾ ഫ്രീസ് ചെയ്ത് ദ്രവ നൈട്രജൻ അല്ലെങ്കിൽ -80 ഡിഗ്രി മുതൽ ദീർഘകാല റിസർവേഷനിൽ സൂക്ഷിക്കുക.ഡ്രൈ-ഐസ് ഉള്ള സാമ്പിൾ ഷിപ്പിംഗ് ആവശ്യമാണ്.
1.വി3+വി4(ഇല്ലുമിന)-അടിസ്ഥാനത്തിലുള്ള മൈക്രോബയൽ കമ്മ്യൂണിറ്റി പ്രൊഫൈലിംഗ് വേഴ്സസ് ഫുൾ-ലെംഗ്ത്ത് (PacBio) അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള പ്രൊഫൈലിങ്ങിന്റെ വ്യാഖ്യാന നിരക്ക്.
(റാൻഡം ആയി തിരഞ്ഞെടുത്ത 30 പ്രോജക്റ്റുകളുടെ ഡാറ്റ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾക്കായി പ്രയോഗിച്ചു)
2.വ്യത്യസ്ത സാമ്പിൾ തരങ്ങളിൽ സ്പീഷിസ് തലത്തിൽ മുഴുനീള ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിംഗിന്റെ വ്യാഖ്യാന നിരക്ക്
3. സ്പീഷീസ് വിതരണം
4. ഫൈലോജനറ്റിക് ട്രീ
ബിഎംകെ കേസ്
ആഴ്സനിക് എക്സ്പോഷർ കുടൽ തടസ്സം തകരാറിലാക്കുകയും തൽഫലമായി ഗട്ട്-ലിവർ അച്ചുതണ്ടിന്റെ സജീവമാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു, ഇത് താറാവുകളിൽ കരൾ വീക്കത്തിലേക്കും പൈറോപ്ടോസിസിലേക്കും നയിക്കുന്നു.
പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്:സമ്പൂർണ പരിസ്ഥിതി ശാസ്ത്രം,2021
ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം:
സാമ്പിളുകൾ: നിയന്ത്രണം vs 8 mg/kg ATO എക്സ്പോസ്ഡ് ഗ്രൂപ്പ്
സീക്വൻസിംഗ് ഡാറ്റ യീൽഡ്: ആകെ 102,583 റോ CCS സീക്വൻസുകൾ
നിയന്ത്രണം: 54,518 ± 747 ഫലപ്രദമായ CCS
ATO-exposed : 45,050 ± 1675 ഫലപ്രദമായ CCS
പ്രധാന ഫലങ്ങൾ
ആൽഫ വൈവിധ്യം:ATO എക്സ്പോഷർ താറാവുകളിലെ കുടലിലെ സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ സമ്പുഷ്ടതയും വൈവിധ്യവും ഗണ്യമായി മാറ്റി.
മെറ്റാസ്റ്റാറ്റ് വിശകലനം:
ഫൈലം തലത്തിൽ: നിയന്ത്രണ ഗ്രൂപ്പുകളിൽ മാത്രം 2 ബാക്ടീരിയൽ ഫൈല കണ്ടെത്തി
ജനുസ് തലത്തിൽ: ആപേക്ഷിക സമൃദ്ധിയിൽ 6 ജനുസ്സുകൾ ഗണ്യമായി വ്യത്യാസപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു
സ്പീഷിസ് തലത്തിൽ: മൊത്തത്തിൽ 36 ഇനങ്ങളെ തിരിച്ചറിഞ്ഞു, അവയിൽ 6 എണ്ണം ആപേക്ഷിക സമൃദ്ധിയിൽ കാര്യമായ വ്യത്യാസമുണ്ട്.
റഫറൻസ്
തിംഗ്ഹോം, എൽബി, തുടങ്ങിയവർ."ടൈപ്പ് 2 ഡയബറ്റിസ് ഉള്ളതും അല്ലാത്തതുമായ അമിതവണ്ണമുള്ള വ്യക്തികൾ വ്യത്യസ്ത ഗട്ട് മൈക്രോബയൽ പ്രവർത്തന ശേഷിയും ഘടനയും കാണിക്കുന്നു."സെൽ ഹോസ്റ്റും സൂക്ഷ്മജീവിയും26.2(2019).