● പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകളിലെ സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ ഘടനയെ ഒറ്റപ്പെടുത്താതെയും വേഗത്തിലും തിരിച്ചറിയൽ
● പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകളിൽ കുറഞ്ഞ സമൃദ്ധമായ ഘടകങ്ങളിൽ ഉയർന്ന റെസല്യൂഷൻ
● ഏറ്റവും പുതിയ QIIME2 ഡാറ്റാബേസ്, വ്യാഖ്യാനം, OTU/ASV എന്നിവയിൽ വൈവിധ്യമാർന്ന വിശകലനങ്ങൾക്കൊപ്പം ഒഴുക്ക് വിശകലനം ചെയ്യുന്നു.
● ഉയർന്ന ത്രൂപുട്ട്, ഉയർന്ന കൃത്യത
● വൈവിധ്യമാർന്ന മൈക്രോബയൽ കമ്മ്യൂണിറ്റി പഠനങ്ങൾക്ക് ബാധകമാണ്
● മണ്ണ്, വെള്ളം, വാതകം, ചെളി, മലം, കുടൽ, ത്വക്ക്, അഴുകൽ ചാറു, പ്രാണികൾ, ചെടികൾ മുതലായവ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന 100,000 സാമ്പിളുകൾ/വർഷം കൊണ്ട് വിപുലമായ അനുഭവം BMK സ്വന്തമാക്കി.
● 45 വ്യക്തിപരമാക്കിയ വിശകലന ടൂളുകൾ അടങ്ങിയ ഡാറ്റ വ്യാഖ്യാനം BMKCloud സുഗമമാക്കി
സീക്വൻസിങ്പ്ലാറ്റ്ഫോം | പുസ്തകശാല | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഡാറ്റ വരുമാനം | കണക്കാക്കിയ തിരിയുന്ന സമയം |
ഇല്ലുമിന നോവസെക് പ്ലാറ്റ്ഫോം | PE250 | 50K/100K/300K ടാഗുകൾ | 30 ദിവസം |
● റോ ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം
● OTU ക്ലസ്റ്ററിംഗ്/ഡി-നോയിസ്(ASV)
● OTU വ്യാഖ്യാനം
● ആൽഫ വൈവിധ്യം
● ബീറ്റ വൈവിധ്യം
● ഇന്റർ ഗ്രൂപ്പ് വിശകലനം
● പരീക്ഷണാത്മക ഘടകങ്ങൾക്കെതിരായ അസോസിയേഷൻ വിശകലനം
● ഫംഗ്ഷൻ ജീൻ പ്രവചനം
വേണ്ടിഡിഎൻഎ എക്സ്ട്രാക്റ്റുകൾ:
സാമ്പിൾ തരം | തുക | ഏകാഗ്രത | ശുദ്ധി |
ഡിഎൻഎ എക്സ്ട്രാക്റ്റുകൾ | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകൾക്കായി:
സാമ്പിൾ തരം | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന സാമ്പിൾ നടപടിക്രമം |
മണ്ണ് | സാമ്പിൾ തുക: ഏകദേശം.5 ഗ്രാം;ശേഷിക്കുന്ന വാടിയ പദാർത്ഥം ഉപരിതലത്തിൽ നിന്ന് നീക്കം ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്;വലിയ കഷണങ്ങൾ പൊടിക്കുക, 2 മില്ലീമീറ്റർ ഫിൽട്ടറിലൂടെ കടന്നുപോകുക;റിസർവേഷനായി അണുവിമുക്തമായ ഇപി-ട്യൂബിലോ സൈറോട്യൂബിലോ അലിക്വോട്ട് സാമ്പിളുകൾ. |
മലം | സാമ്പിൾ തുക: ഏകദേശം.5 ഗ്രാം;റിസർവേഷനായി അണുവിമുക്തമായ ഇപി-ട്യൂബിലോ ക്രയോട്യൂബിലോ അലിക്വോട്ട് സാമ്പിളുകൾ ശേഖരിക്കുകയും ശേഖരിക്കുകയും ചെയ്യുക. |
കുടൽ ഉള്ളടക്കം | അസെപ്റ്റിക് അവസ്ഥയിൽ സാമ്പിളുകൾ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്.പിബിഎസ് ഉപയോഗിച്ച് ശേഖരിച്ച ടിഷ്യു കഴുകുക;PBS സെൻട്രിഫ്യൂജ് ചെയ്ത് EP-ട്യൂബുകളിൽ അവശിഷ്ടം ശേഖരിക്കുക. |
ചെളി | സാമ്പിൾ തുക: ഏകദേശം.5 ഗ്രാം;റിസർവേഷനായി അണുവിമുക്തമായ ഇപി-ട്യൂബിലോ ക്രയോട്യൂബിലോ അലിക്വോട്ട് സ്ലഡ്ജ് സാമ്പിൾ ശേഖരിക്കുക |
ജലാശയം | ടാപ്പ് വെള്ളം, കിണർ വെള്ളം മുതലായവ പരിമിതമായ അളവിലുള്ള സൂക്ഷ്മജീവികളുള്ള സാമ്പിളിനായി, കുറഞ്ഞത് 1 ലിറ്റർ വെള്ളമെങ്കിലും ശേഖരിച്ച് 0.22 μm ഫിൽട്ടറിലൂടെ മെംബ്രണിലെ സൂക്ഷ്മജീവികളെ സമ്പന്നമാക്കുക.മെംബ്രൺ അണുവിമുക്തമായ ട്യൂബിൽ സൂക്ഷിക്കുക. |
തൊലി | അണുവിമുക്തമായ കോട്ടൺ സ്വാബ് അല്ലെങ്കിൽ സർജിക്കൽ ബ്ലേഡ് ഉപയോഗിച്ച് ചർമ്മത്തിന്റെ ഉപരിതലം ശ്രദ്ധാപൂർവ്വം ചുരണ്ടുക, അണുവിമുക്തമായ ട്യൂബിൽ വയ്ക്കുക. |
3-4 മണിക്കൂർ ദ്രാവക നൈട്രജനിൽ സാമ്പിളുകൾ ഫ്രീസ് ചെയ്ത് ദ്രവ നൈട്രജൻ അല്ലെങ്കിൽ -80 ഡിഗ്രി മുതൽ ദീർഘകാല റിസർവേഷനിൽ സൂക്ഷിക്കുക.ഡ്രൈ-ഐസ് ഉള്ള സാമ്പിൾ ഷിപ്പിംഗ് ആവശ്യമാണ്.
1. സ്പീഷീസ് വിതരണം
2.ഹീറ്റ് മാപ്പ്: സ്പീഷീസ് റിച്ച്നസ് ക്ലസ്റ്ററിംഗ്
3.അപൂർവ വിഭാഗം വക്രം
4.NMDS വിശകലനം
5. ലെഫ്സ് വിശകലനം
ബിഎംകെ കേസ്
ടൈപ്പ് 2 പ്രമേഹമുള്ളവരും അല്ലാത്തവരുമായ അമിതവണ്ണമുള്ള വ്യക്തികൾ വ്യത്യസ്ത കുടൽ സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ പ്രവർത്തന ശേഷിയും ഘടനയും കാണിക്കുന്നു
പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്:സെൽ ഹോസ്റ്റും മൈക്രോബും, 2019
ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം:
മെലിഞ്ഞ നോൺ-പ്രമേഹം (n=633);പൊണ്ണത്തടിയുള്ള നോൺ-പ്രമേഹം (n=494);പൊണ്ണത്തടി-ടൈപ്പ് 2 പ്രമേഹം (n=153);
ലക്ഷ്യ മേഖല: 16S rDNA V1-V2
പ്ലാറ്റ്ഫോം: ഇല്ലുമിന മിസെക് (എൻജിഎസ് അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിങ്)
ഡിഎൻഎ എക്സ്ട്രാക്റ്റുകളുടെ ഉപവിഭാഗം ഇലുമിന ഹിസെക്കിൽ മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിങ്ങിന് വിധേയമാക്കി
പ്രധാന ഫലങ്ങൾ
ഈ ഉപാപചയ രോഗങ്ങളുടെ സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ പ്രൊഫൈലുകൾ വിജയകരമായി വേർതിരിച്ചു.
16S സീക്വൻസിങ്ങിലൂടെ ജനറേറ്റുചെയ്ത സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ സവിശേഷതകളെ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നതിലൂടെ, അമിതവണ്ണം സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ ഘടനയിലെ മാറ്റങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു, വ്യക്തിഗത സവിശേഷതകൾ, പ്രത്യേകിച്ച് അക്കർമാൻസിയ, ഫേകാലിബാക്ടീരിയം, ഓസിലിബാക്റ്റർ, അലിസ്റ്റിപീസ് മുതലായവയുടെ ഗണ്യമായ കുറവ്. കൂടാതെ, ടി2ഡി എസ്ഷെറിച്ചിയ/ഷിഗെല്ലയുടെ വർദ്ധനവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. .
റഫറൻസ്
തിംഗ്ഹോം, എൽബി, തുടങ്ങിയവർ."ടൈപ്പ് 2 ഡയബറ്റിസ് ഉള്ളതും അല്ലാത്തതുമായ അമിതവണ്ണമുള്ള വ്യക്തികൾ വ്യത്യസ്ത ഗട്ട് മൈക്രോബയൽ പ്രവർത്തന ശേഷിയും ഘടനയും കാണിക്കുന്നു."സെൽ ഹോസ്റ്റും സൂക്ഷ്മജീവിയും26.2(2019).