-
Секвенционирање на мРНК со целосна должина-Нанопора
Секвенционирањето на РНК е непроценлива алатка за сеопфатна анализа на транскриптом.Несомнено, традиционалното секвенционирање на кратко читање постигна многу важен развој овде.Сепак, често се среќава со ограничувања во идентификациите на изоформите со целосна должина, квантификацијата, пристрасноста на PCR.
Секвенционирањето на нанопорите се разликува од другите платформи за секвенционирање, со тоа што нуклеотидите се читаат директно без синтеза на ДНК и генерира долго читање со десетици килобази.Ова го овластува директното читање вкрстување на преписи со целосна должина и справување со предизвиците во студиите на ниво на изоформи.
Платформа:Nanopor PromethION
Библиотека:cDNA-PCR
-
Ново Секвенционирање на транскриптом со целосна должина -PacBio
Де новосеквенционирање на транскриптом со целосна должина, познато и какоДе новоIso-Seq ги користи предностите на PacBio секвенсерот во должина на читање, што овозможува секвенционирање на молекулите на cDNA со целосна должина без никакви прекини.Ова целосно ги избегнува грешките генерирани во чекорите на склопување на препис и конструира унигенски множества со резолуција на ниво на изоформа.Оваа унигенска група обезбедува моќни генетски информации како „референтен геном“ на ниво на транскриптом.Дополнително, комбинирајќи се со податоците за секвенционирање од следната генерација, оваа услуга овозможува точна квантификација на изразот на ниво на изоформа.
Платформа: PacBio Sequel IIБиблиотека: Ѕвона библиотека SMRT -
Секвенционирање на еукариотска мРНК-Илумина
Секвенционирањето на мРНК овозможува профилирање на сите мРНК транскриптирани од клетките под специфични услови.Тоа е моќна технологија за откривање на профилот на генската експресија, генските структури и молекуларните механизми на одредени биолошки процеси.До денес, секвенционирањето на mRNA е широко употребувано во фундаменталните истражувања, клиничката дијагностика, развојот на лекови итн.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Не-референтно секвенционирање на mRNA-Illumina
Секвенционирањето на мРНК ја усвојува техниката на секвенционирање на следната генерација (НГС) за да го фати гласникот РНК(мРНК) од Еукариот во одреден период кога се активираат некои специјални функции.Најдолгиот споен препис беше наречен „Unigene“ и се користеше како референтна секвенца за последователна анализа, што е ефикасно средство за проучување на молекуларниот механизам и регулаторната мрежа на видот без референца.
По склопување на податоци од транскриптом и унигенска функционална прибелешка
(1) Ќе се направат SNP анализа, SSR анализа, CDS предвидување и структура на ген.
(2) Ќе се изврши квантификација на унигенската експресија во секој примерок.
(3) Диференцијално изразените унигени помеѓу примероците (или групите) ќе бидат откриени врз основа на унигенската експресија
(4) Ќе се изврши кластерирање, функционална прибелешка и анализа на збогатување на диференцијално изразените унигени
-
Долго секвенционирање без кодирање-Илумина
Долгите некодирачки РНК (lncRNAs) се тип на РНК молекули со должина поголема од 200 nt, кои се карактеризираат со екстремно низок потенцијал за кодирање.LncRNA, како клучен член во некодирачките РНК, главно се наоѓа во јадрото и плазмата.Развојот во технологијата за секвенционирање и биоинформтиката овозможува идентификација на бројни нови lncRNA и поврзување на тие со биолошки функции.Акумулативните докази сугерираат дека lncRNA е широко вклучена во епигенетската регулација, регулацијата на транскрипцијата и регулацијата по транскрипцијата.
-
Секвенционирање на мала РНК-Илумина
Малата РНК се однесува на класа на некодирачки молекули на РНК кои обично се помали од 200nt во должина, вклучувајќи микро РНК (миРНК), РНК со мала интерференција (сиРНК) и РНК со интеракција со пиви (пиРНК).
MicroRNA (miRNA) е класа на ендогени мала РНК со должина од околу 20-24nt, која игра различни важни регулаторни улоги во клетките.МиРНК е вклучена во многу животни процеси кои откриваат ткиво - специфично и стадиумско - специфично изразување и високо конзервирани кај различни видови.
-
circRNA секвенционирање-Illumina
Секвенционирањето на целото транскриптом е дизајнирано да ги профилира сите типови на молекули на РНК, вклучувајќи ги и кодираните (mRNA) и некодирачките РНК (вклучувајќи lncRNA, circRNA и miRNA) кои се транскрибираат од одредени клетки во одредено време.Секвенционирањето на целото транскриптом, познато и како „вкупно секвенционирање на РНК“ има за цел да открие сеопфатни регулаторни мрежи на ниво на транскриптом.Искористувајќи ја предноста на NGS технологијата, секвенци од цели транскриптомски производи се достапни за ceRNA анализа и заедничка RNA анализа, што го обезбедува првиот чекор кон функционална карактеризација.Открива регулаторна мрежа на цеРНК базирана на циркРНК-миРНК-мРНК.
-
Цело секвенционирање на транскриптом – Илумина
Секвенционирањето на целото транскриптом е дизајнирано да ги профилира сите типови на молекули на РНК, вклучувајќи ги и кодираните (mRNA) и некодирачките РНК (вклучувајќи lncRNA, circRNA и miRNA) кои се транскрибираат од одредени клетки во одредено време.Секвенционирањето на целото транскриптом, познато и како „вкупно секвенционирање на РНК“ има за цел да открие сеопфатни регулаторни мрежи на ниво на транскриптом.Искористувајќи ја предноста на NGS технологијата, секвенци од цели транскриптомски производи се достапни за ceRNA анализа и заедничка RNA анализа, што го обезбедува првиот чекор кон функционална карактеризација.Открива регулаторна мрежа на цеРНК базирана на циркРНК-миРНК-мРНК.
-
Секвенционирање на прокариотска РНК
Секвенционирањето на прокариотската РНК користи секвенционирање од следната генерација (NGS) за да се открие присуството и количината на РНК во даден момент, со анализа на променливиот клеточен транскриптом.Секвенционирањето на прокариотската РНК на нашата компанија, конкретно има за цел прокариоти со референтни геноми, обезбедувајќи ви профилирање на транскриптом, анализа на структурата на гените итн.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Метатранскриптомско секвенционирање
Секвенционирањето на метатранскриптом ја идентификува генската експресија на микробите (и еукариотите и прокариотите) во природните средини (т.е. почва, вода, море, измет и цревата). на видови, анализа на функционално збогатување на различно изразени гени и друго.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
