Секвенционирање на фрагменти засилени со специфичен локус (SLAF-Seq)
Детали за услугата
Техничка шема
Работен тек
Предности на услугата
Висока ефикасност на откривање маркери- Технологијата за секвенционирање со висок процент му помага на SLAF-Seq да открие стотици илјади ознаки во целиот геном.
Ниска зависност од геномот- Може да се примени на видови со или без референтен геном.
Флексибилен дизајн на шема- Едноензимско, двоензимско, мултиензимско варење и разни видови ензими, сите можат да бидат избрани за да се грижат за различни истражувачки цели или видови.Претходната евалуација во силико се користи за да се обезбеди оптимален дизајн на ензимот.
Ефикасно ензимско варење- Беше извршен предексперимент за да се оптимизираат условите, што го прави формалниот експеримент стабилен и сигурен.Ефикасноста на собирање фрагменти може да достигне над 95%.
Рамномерно распоредени SLAF ознаки- SLAF ознаките се рамномерно распоредени во сите хромозоми во најголема мера, постигнувајќи просечно 1 SLAF на 4 kb.
Ефикасно избегнување на повторувања- Репетитивната низа во податоците SLAF-Seq е намалена на пониска од 5%, особено кај видовите со високо ниво на повторувања, како што се пченицата, пченката итн.
Огромно искуство-Над 2000 затворени SLAF-Seq проекти на стотици видови кои покриваат растенија, цицачи, птици, инсекти, аква-организми итн.
Саморазвиен биоинформатички работен тек- Интегриран биоинформатички работен тек за SLAF-Seq беше развиен од BMKGENE за да се обезбеди сигурност и точност на конечниот излез.
Спецификации за услуги
| Платформа | Конк.(ng/gl) | Вкупно (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Том>15μl) | 1,6-2,5 |
Препорачана стратегија за секвенционирање
Длабочина на секвенционирање: 10X/Tag
| Големина на геном | Препорачани SLAF ознаки |
| < 500 Mb | 100K или WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 К |
| 1 Gb -2 Gb | 200 К |
| Гигантски или сложени геноми | 300 - 400 илјади |
| Апликации
| Препорачано Скала на население
| Стратегија и длабочина на секвенционирање
| |
| Длабочина
| Број на ознака
| ||
| GWAS
| Број на примерок ≥ 200
| 10X
|
Според големината на геномот
|
| Генетска еволуција
| Поединци од секоја подгрупа ≥ 10; вкупни примероци ≥ 30
| 10X
| |
Препорачана испорака на примероци
Сад: Центрифуга епрувета од 2 ml
За повеќето примероци, препорачуваме да не се чуваат во етанол.
Обележување на примерокот: примероците треба да бидат јасно означени и идентични со доставениот формулар за информации за примероци.
Испорака: сув мраз: примероците прво треба да се пакуваат во вреќи и да се закопаат во сув мраз.
Работен тек на услугата
Примерок за КК
Пилот експеримент
SLAF-експеримент
Подготовка на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
1. Статистика на резултат на картата
2. Развој на маркер SLAF
3. Прибелешка за варијација
| година | Весник | IF | Наслов | Апликации |
| 2022 година | Природни комуникации | 17.694 | Геномска основа на гига-хромозомите и гига-геномот на дрвото божур Пајонија остии | SLAF-GWAS |
| 2015 година | Нов фитолог | 7.433 | Отпечатоците за припитомување ги закотвуваат геномските региони од агрономско значење во соја | SLAF-GWAS |
| 2022 година | Весник за напредни истражувања | 12.822 | Вештачки интрогресии на Gossypium barbadense во геном во G. hirsutum откриваат супериорни локуси за истовремено подобрување на квалитетот и приносот на памучните влакна особини | SLAF-Еволутивна генетика |
| 2019 година | Молекуларно растение | 10.81 | Геномската анализа на населението и собранието Де Ново го откриваат потеклото на Види Оризот како еволутивна игра | SLAF-Еволутивна генетика |
| 2019 година | Генетика на природата | 31.616 | Геномската секвенца и генетската разновидност на обичниот крап, Cyprinus carpio | SLAF-Карта за поврзување |
| 2014 година | Генетика на природата | 25.455 | Геномот на култивираните кикиритки дава увид во кариотиповите на мешунките, полиплоидни еволуција и припитомување на посевите. | SLAF-Карта за поврзување |
| 2022 година | Весник за биотехнологија на растенијата | 9.803 | Идентификацијата на ST1 открива избор кој вклучува автостоп на морфологијата на семето и содржина на масло за време на припитомување на сојата | Развој на SLAF-маркер |
| 2022 година | Меѓународен весник на молекуларни науки | 6.208 | Идентификација и развој на ДНК маркер за пченица-Leymus mollis 2Ns (2D) Дисомична хромозомска супституција | Развој на SLAF-маркер |
