Малите РНК се тип на кратка некодирачка РНК со просечна должина од 18-30 nt, вклучувајќи miRNA, siRNA и piRNA.Овие мали РНК масовно се пријавени дека се вклучени во различни биолошки процеси како што се разградување на мРНК, инхибиција на транслација, формирање на хетерохроматин, итн. секвенционирање анализа платформа се состои од стандардна анализа и напредни податоци за рударство.Врз основа на податоците од RNA-seq, стандардната анализа може да постигне идентификација и предвидување на miRNA, предвидување на целниот ген на miRNA, анализа на прибелешки и изразување.Напредната анализа овозможува приспособено пребарување и екстракција на miRNA, генерирање на Венов дијаграм, градење на miRNA и целна генска мрежа.