Производи

Секвенционирање на прокариотска РНК

Секвенционирањето на прокариотската РНК користи секвенционирање од следната генерација (NGS) за да се открие присуството и количината на РНК во даден момент, со анализа на променливиот клеточен транскриптом.Секвенционирањето на прокариотската РНК на нашата компанија, конкретно има за цел прокариоти со референтни геноми, обезбедувајќи ви профилирање на транскриптом, анализа на структурата на гените итн.

Платформа: Illumina NovaSeq платформа

Контактирајте не

Детали за услугата

Спецификации за услуги

Платформа: Illumina NovaSeq платформа, PE150

Тип на библиотека: 350bp вметната cDNA библиотека (зависи од максималната дистрибуција)

Стратегија за секвенционирање: Paired-End 150 bp

Препорачана количина на податоци: 2 Gb необработени податоци/примерок

Биоинформатика

(1) Контрола на квалитетот на податоците за секвенционирање: дистрибуција на нуклеотиди, распределба на основен квалитет, проценка на односот на rRNA;

(2) Анализа на усогласување на секвенци: статистика на резултатите од порамнување, Заситеност на секвенционирањето, Покриеност на секвенционирањето;

(3) Референтна прибелешка за геном (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Анализа на изразување: Дистрибуција на изразување (Со два или повеќе примероци), Анализа на изразување помеѓу примероци (Венова анализа, Корелациона анализа, PCA анализа);

(5) Анализа на диференцијални изрази (со два или повеќе примероци);

(6) Анализа на генски множества: Венова анализа, Кластерска анализа, Анализа на прибелешки на функции (COG, GO, KEGG), Анализа на збогатување на функции (GO, KEGG), График за збогатување на функцијата, Ipath анализа;

(7) sRNA анализа: sRNA предвидување, sRNA прибелешка (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), предвидување на секундарната структура на sRNA, предвидување на целниот ген на sRNA;

(8) Анализа на структурата на преписот: Анализа на оперон, предвидување на почетни и крајни локации на транскрипција, прибелешка и анализа на UTR, предвидување на секвенца на промотер, анализа на SNP/InDel (забелешка SNP/InDel, регионална дистрибуција на SNP/InDel, статистика на SNP).