-
Секвенционирање на засилувачи на PacBio-целосна должина 16S/18S/ITS
Платформата Amplicon (16S/18S/ITS) е развиена со долгогодишно искуство во анализа на проекти за микробиолошка разновидност, која содржи стандардизирана основна анализа и персонализирана анализа: основната анализа ја покрива содржината на мејнстрим анализа на тековните микробиолошки истражувања, содржината на анализата е богата и сеопфатна, а резултатите од анализата се претставени во форма на проектни извештаи;Содржината на персонализираната анализа е разновидна.Може да се изберат примероци и параметрите може да се постават флексибилно во согласност со основниот извештај за анализа и целта на истражувањето, за да се реализираат персонализираните барања.Оперативен систем Windows, едноставен и брз.
-
PacBio-целосна транскриптом (не-референца)
Земајќи ги податоците за секвенционирање на изоформи на Pacific Biosciences (PacBio) како влез, оваа апликација може да идентификува секвенци на транскрипти со целосна должина (без склопување).Со мапирање на секвенци со целосна должина против референтниот геном, транскриптите може да се оптимизираат со познати гени, транскрипти, региони за кодирање итн. Во овој случај, може да се постигне попрецизна идентификација на структурите на mRNA, како што е алтернативно спојување итн.Заедничката анализа со податоците за секвенционирање на транскриптомите NGS овозможува посеопфатна прибелешка и попрецизно квантифицирање во изразот на ниво на транскрипција, што во голема мера има корист низводно диференцијално изразување и функционална анализа.
-
Алатки
BMKCloud е водечка биоинформатска платформа која обезбедува еднократно решение за геномски програми, на кои им веруваат истражувачите во различни области, вклучувајќи медицински, земјоделски, еколошки итн. , компјутерски ресурси, јавна база на податоци, биоинформтички онлајн курсеви итн. BMKCloud има различни често користени биоинформатички алатки кои вклучуваат генетска прибелешка, еволутивни генетски алатки, ncRNA, контрола на квалитетот на податоците, склопување, усогласување, екстракција на податоци, мутации, статистика, генератор на бројки, секвенца анализа итн.
-
мала РНК
Малите РНК се тип на кратка некодирачка РНК со просечна должина од 18-30 nt, вклучувајќи miRNA, siRNA и piRNA.Овие мали РНК масовно се пријавени дека се вклучени во различни биолошки процеси како што се разградување на мРНК, инхибиција на транслација, формирање на хетерохроматин, итн. секвенционирање анализа платформа се состои од стандардна анализа и напредни податоци за рударство.Врз основа на податоците од RNA-seq, стандардната анализа може да постигне идентификација и предвидување на miRNA, предвидување на целниот ген на miRNA, анализа на прибелешки и изразување.Напредната анализа овозможува приспособено пребарување и екстракција на miRNA, генерирање на Венов дијаграм, градење на miRNA и целна генска мрежа.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS е целосна платформа за анализа на ресеквенционирање на геном, која е развиена врз основа на богато искуство во Biomarker Technologies.Оваа лесна за употреба платформа овозможува брзо поднесување на интегриран работен тек на анализа со едноставно поставување на неколку основни параметри, кои одговараат на податоците за секвенционирање на ДНК генерирани и од платформата Illumina и од платформата за секвенционирање BGI.Оваа платформа е распоредена на компјутерски сервер со високи перформанси, кој овозможува високо ефикасна анализа на податоци во многу ограничено време.Персонализираното рударство на податоци е достапно врз основа на стандардна анализа, вклучувајќи барање за мутирани гени, дизајн на прајмер PCR, итн.
-
mRNA (Референца)
Транскриптомот е врската помеѓу геномската генетска информација и протеомот на биолошката функција.Регулацијата на транскрипциското ниво е најважниот и најпроучен начин на регулација на организмите.Секвенционирањето на транскриптом може да го секвенционира транскриптомот во кое било време или под било кој услов, со резолуција точна на еден нуклеотид. Може динамички да го одразува нивото на генска транскрипција, истовремено да ги идентификува и квантифицира ретките и нормалните транскрипти и да обезбеди структурни информации за примерок специфични преписи.
Во моментов, технологијата за секвенционирање на транскриптом е широко користена во агрономијата, медицината и другите истражувачки полиња, вклучувајќи регулација на развојот на животните и растенијата, адаптација на животната средина, имунолошка интеракција, локализација на гените, генетска еволуција на видовите и откривање на тумори и генетски болести.
-
Метагеномика (NGS)
Оваа платформа за анализа е дизајнирана за анализа на метагеномски податоци од пушка врз основа на долгогодишно искуство.Се состои од интегриран работен тек кој содржи различни вообичаено потребни метагеномски анализи, вклучувајќи обработка на податоци, студии на ниво на видови, студии на ниво на генска функција, поврзување на метагеном, итн. , поставување параметри, персонализирано генерирање фигури итн.
-
LncRNA
Долгите некодирачки РНК (lncRNA) се вид на транскрипти со должина подолга од 200 nt, кои не се способни да кодираат протеини.Акумулативните докази сугерираат дека повеќето од lncRNAs имаат голема веројатност да бидат функционални.Технологиите за секвенционирање со висок пропус и алатките за биоинформатска анализа нè овластуваат поефикасно да ги откриваме секвенците на lncRNA и информациите за позиционирање и нè наведуваат да откриеме lncRNA со клучни регулаторни функции.BMKCloud е горд што им нуди на нашите клиенти платформа за анализа на секвенционирање lncRNA за да постигне брза, сигурна и флексибилна lncRNA анализа.
-
GWAS
Студијата за асоцијација на ниво на геном (GWAS) има за цел да ги идентификува генетските варијанти (генотип) кои се поврзани со специфични особини (фенотип).Студиите на GWA истражуваат генетски маркери вкрстени во целиот геном на голем број индивидуи и предвидуваат асоцијации на генотип-фенотип преку статистичка анализа на ниво на популација.Ресеквенцирањето на целиот геном потенцијално може да ги открие сите генетски варијанти.Спојувајќи се со фенотипски податоци, GWAS може да се обработи за да се идентификуваат SNP поврзани со фенотип, QTL и кандидатски гени, што силно го поддржува модерното одгледување животни/растенија.SLAF е самостојно развиена поедноставена стратегија за секвенционирање на геном, која открива дистрибуирани маркери низ целиот геном, SNP.Овие SNP, како молекуларни генетски маркери, може да се обработат за студии за асоцијација со целни особини.Тоа е рентабилна стратегија за идентификување на сложени карактеристики поврзани со генетските варијации.
-
Нанопорна транскриптомика со целосна должина
Сложените и променливи алтернативни изоформи во организмите се важни генетски механизми за регулирање на генската експресија и разновидноста на протеините.Точната идентификација на структурите на транскриптите е основа за длабинско проучување на шемите на регулација на генската експресија.Платформата за секвенционирање нанопори успешно ја донесе транскриптомската студија на ниво на изоформа.Оваа платформа за анализа е дизајнирана да ги анализира податоците од RNA-Seq генерирани на платформата Nanopore врз основа на референтниот геном, со што се постигнуваат квалитативни и квантитативни анализи и на ниво на ген и на ниво на транскрипти.
-
circ-RNA
Кружна РНК (цирцРНК) е тип на некодирачка РНК, која неодамна беше откриено дека игра витална улога во регулаторните мрежи вклучени во развојот, отпорноста на животната средина итн. Различно од линеарните РНК молекули, на пр. mRNA, lncRNA, 3' и 5' краевите на circRNA се споени заедно за да формираат кружна структура, која ги спасува од дигестијата на егзонуклеазата и е постабилна од повеќето линеарни РНК.Утврдено е дека CircRNA има различни функции во регулирањето на генската експресија.CircRNA може да работи како ceRNA, која конкурентно ја врзува miRNA, позната како miRNA сунѓер.Платформата за анализа на секвенционирање на CircRNA ја поттикнува анализата на структурата и изразот на цирцРНК, предвидувањето на целта и заедничката анализа со други видови на молекули на РНК
-
BSA
Платформата Bulked Segregant Analysis се состои од стандардна анализа во еден чекор и напредна анализа со приспособено поставување на параметри.BSA е техника употребена за брзо идентификување на генетските маркери поврзани со фенотипот.Главниот тек на работа на BSA содржи: 1. избор на две групи на поединци со крајно спротивставени фенотипови;2. здружување на ДНК, РНК или SLAF-seq (развиено од Биомаркер) на сите индивидуи за да се формираат два најголеми ДНК;3. идентификување на диференцијални секвенци во однос на референтниот геном или помеѓу нив, 4. предвидување на кандидатски поврзани региони со алгоритам за ED и SNP-индекс;5. Функционална анализа и збогатување на гените во регионите кандидати, итн. Достапни се и понапредно ископување на податоци, вклучувајќи скрининг на генетски маркери и дизајн на прајмери.
