ЕВОЛУЦИЈА НА ГЕНОМОТ
Геном Де ново
Собрание|Одредување пол Целата работа на секвенционирање и делумните биоинформатички услуги беа обезбедени од Biomarker Technologies.
Апстракт
“Иконскиот фенотип на морски змејови вклучува додатоци кои личат на лист, тубуларна уста без заби и машка бременост која вклучува инкубација на оплодените јајца на отворена „плочка за потомство“.Ние де ново-секвенциониравме машки и женски геноми на обичниот морски змеј (Phyllopteryx taeniolatus) и неговите тесно поврзани видови, алигаторската лулешка риба (Syngnathoides biaculeatus).Профилите на транскрипција од еволутивната новина, додатоците слични на лист, покажуваат дека збир на гени кои обично се вклучени во развојот на перките се кооптирани, како и збогатување на транскрипти за потенцијална поправка на ткивото и гени за имунолошка одбрана.Откриено е дека мутантите на зебрафи за scpp5, кои се изгубени кај сите сингнатиди, немаат или имаат деформирани фарингеални заби, што ја поддржува хипотезата дека губењето на scpp5 придонело за губење на забите кај сингнатидите.Идентификуван е наводен локус што го одредува полот кој го кодира машкиот специфичен amhr2y ген што го споделуваат обичниот морски змеј и лулешката риба алигатор. ”
Материјали и методи:
Материјали
Fнашиот заеднички морски змеј (P. taeniolatus) и две лулешки алигатори (S. biaculeatus) примероци.За секвенционирање на целиот геном беа користени две обични единки на морски змеј (еден мажјак и една женка) и две лулешки риби алигатор (еден мажјак и една женка), а две други машки обични единки од обичен морски змеј се користени за ресеквенционирање на геномот.
Стратегија за секвенционирање на геном
2Библиотека 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) или Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).секвенционирање, и две други машки обични поединци од морски змеј беа користени за ресеквенционирање на геномот.
Секвенционирање на транскриптоми
Fили обичен морски змеј, мозок, око, жабри, црн дроб, срце, бубрег, мезентериум, црево, мускул, перка, кожа, додатоци слични на лист, тестис и јајник беа собрани.
Genome de novo стратегија за склопување
Canu (Корекција) + WTDBG2 (Склопување) + Pilon (полски) + Lachesis (Hi-C).
Главни резултати
Сл. 1. Клучни карактеристики на обичниот морски змеј (P. taeniolatus) и алигаторската лулешка риба (S. biaculeatus) и нивните филогенетски позиции.
Сл. 2. Морфологија и генетски состав на листолидните додатоци во обичниот морски змеј (P. taeniolatus).
Сл. 3. Наводен ген за определување на полот кај обичниот морски змеј (P. taeniolatus) и лулешката риба алигатор (S. biaculeatus).
Сл. 4. Фенотипови на фарингеални заби кај хомозиготни мутанти на зебра риба scpp5.
Време на објавување: јануари-08-2022 година