ЕВОЛУЦИЈА НА ГЕНОМ, ПАНГЕНОМ
Што е Пан-геном?
Акумулираните докази покажуваат дека варијансата помеѓу различните соеви на еден вид може да биде огромна.Еден единствен геном е далеку од доволен за да се добие целата слика за генетските информации на еден вид.Целта на студијата на Пан-геном е да се добие посеопфатен геномски график на еден вид и да се декодираат односите помеѓу особините и генетските кодови со спроведување на дено-геном склопување на бројни соеви, што овозможува подлабоко и пошироко минирање на варијациите.
Трендови на студија за пан-геном
Слика 1 Трендовите на објавените истражувачки трудови на Pan-genome.
Забелешка: Сликата го прикажува резултатот од земањето „пан-геном“ како клучен збор за пребарување на насловите на написите објавени во списанијата на сериите Nature, Cell и Science
а.Читањата од повеќе примероци се порамнети со референца, а неусогласените се составуваат во нови контиги.Со додавање на овие нови контиги на оригиналната референтна секвенца, може да се конструира пангеномска референца.Регионите што се користат се одредуваат врз основа на мапирање на сите читања назад до пангеномот.
б.Дено-монтажата на геномите на повеќекратни пристапи им овозможува на пристапите за усогласување на целиот геном да ги идентификуваат непотребните геномски региони.
в.Графикот на пан-геном може да се конструира од порамнувања на целиот геном или со склопување на де ново граф, кое ефикасно ги складира информациите за варијантите на непотребните региони како единствени патеки низ графикот.
Како да се изгради Пан-геном?
Слика 2 Споредба на пан-геномски пристапи1
а.Читањата од повеќе примероци се порамнети со референца, а неусогласените се составуваат во нови контиги.Со додавање на овие нови контиги на оригиналната референтна секвенца, може да се конструира пангеномска референца.Регионите што се користат се одредуваат врз основа на мапирање на сите читања назад до пангеномот.
б.Дено-монтажата на геномите на повеќекратни пристапи им овозможува на пристапите за усогласување на целиот геном да ги идентификуваат непотребните геномски региони.
в.Графикот на пан-геном може да се конструира од порамнувања на целиот геном или со склопување на де ново граф, кое ефикасно ги складира информациите за варијантите на непотребните региони како единствени патеки низ графикот.
Неодамна објавени Pan-genomes
● Силување пан-геном2
● Пан-геном на домати 3
● Геном на оризова тава4
● Пан-геном на сончоглед5
● Пан-геном на соја 6
● Геномот на оризот7
● Пан-геном на јачмен8
● Пан-геном на пченица9
● Пан-геном на сорго10
● Пан-геном на фитопланктон11
Референца
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Растителни пан-геноми се новата референца.Нат растенија.2020; 6 (8): 914-920.doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al.Осум висококвалитетни геноми откриваат архитектура на пан-геном и екотипска диференцијација на Brassica napus.Нат растенија.2020; 6 (1): 34-45.doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Гао Л, Гонда I, Сон Х и др.Пан-геномот на доматите открива нови гени и редок алел што го регулира вкусот на овошјето.Нат Генет.2019; 51 (6): 1044-1051.doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Жао Кју, Фенг Кју, Лу Х и др.Анализата на пан-геномот го нагласува степенот на геномската варијација кај култивираниот и дивиот ориз [објавената корекција се појавува во Nat Genet.2018 август; 50 (8): 1196].Нат Генет.2018; 50 (2): 278-284.doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Анализата на пан-геномот на сончогледот покажува дека хибридизацијата ја променила содржината на генот и отпорноста на болести.Нат растенија.2019; 5 (1): 54-62.doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Лиу И, Ду Х, Ли П, и сор.Пан-геном на диви и култивирани соја.Ќелија.2020; 182 (1): 162-176.е13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Чин П, Лу Х, Ду Х, и сор.Пан-геномската анализа на 33 генетски разновидни пристапи на ориз открива скриени геномски варијации [објавено на интернет пред печатење, 2021 година, 25 мај].Ќелија.2021; S0092-8674 (21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Јајакоди М, Падмарасу С, Хаберер Г, и сор.Пан-геномот на јачменот го открива скриеното наследство на размножувањето на мутациите.Природата.2020; 588 (7837): 284-289.doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, и сор.Повеќекратните геноми на пченицата откриваат глобални варијации во современото одгледување.Природата.2020; 588 (7837): 277-283.doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Тао И, Луо Х, Ксу Ј и сор.Широка варијација во рамките на пан-геномот на култивиран и див сорго [објавен на интернет пред печатење, 2021 година, 20 мај].Нат растенија.2021; 10.1038 / s41477-021-00925-x.doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Фан Х, Киу Х, Хан В и сор.Фитопланктонскиот пангеном открива екстензивен прокариотски хоризонтален генски трансфер на различни функции.Sci Adv.2020; 6 (18): eaba0111.Објавено на 29 април 2020 година. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Време на објавување: Јан-04-2022 година