Т2Т ГЕНОМ СОБРАНИЕ, ГЕНОМ БЕСПЛАТЕН ГАП
1stДва геноми на ориз1
Наслов: Склопување и валидација на два референтни геноми без празнини за Xian/indica Оризот открива увид во архитектурата на растенијата Centromere
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Време на објавување: 01 јануари 2021 година.
Институт: Земјоделски универзитет Хуажонг, Кина
Материјали
O. sativa xian/indicaсорти ориз „Zhenshan 97 (ZS97)“ и „Minghui 63 (MH63)
Стратегија за секвенционирање
Читање NGS + читање HiFi + читање CLR + BioNano + Hi-C
Податоци:
ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) читања на HiFi + 48,39 Gb (~ 131x ) CLR читања + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys ќелии
MH63: 37,88 Gb (~ 103x) HiFi читања + 48,97 Gb (~132x) CLR читања + 28 Gb (~ 76x) NGS + 2 BioNano Irys ќелии
Слика 1 Два генома на ориз без празнини (MH63 и ZS97)
2ndГеном на банана2
Наслов: Теломер-до-теломер без празнини хромозоми на банана користејќи секвенционирање нанопори
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Време на објавување: 17 април 2021 година.
Институт: Université Paris-Saclay, Франција
Материјали
Двоен хаплоиденМуса акуминатаsppмалакценза(DH-Pahang)
Стратегија и податоци за секвенционирање:
HiSeq2500 PE250 режим + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Оптичка карта (DLE-1+BspQ1)
Табела 1 Споредба на склоповите на геномот Musa acuminata (DH-Pahang).
Слика 2 Споредба на архитектурата на геномите на Муса
3rdPhaeodactylum tricornutum геном3
Наслов: Склопување на геном од теломер во теломер наP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Време на објавување: 04 мај 2021 година
Институт: Западен универзитет, Канада
Материјали
Phaeodactylum tricornutum(Културна колекција на алги и протозои CCAP 1055/1)
Стратегија и податоци за секвенционирање:
1 Oxford Nanopore minION проточна ќелија + 2×75 спарен среден излез NextSeq 550 run
Слика 3 Работен тек за склопување на геном од теломер во теломер
4thЧовечки CHM13 геном4
Наслов: Целосна секвенца на човечки геном
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Време на објавување: 27 мај 2021 година
Институт: Националниот институт за здравје (НИХ), САД
Материјали: клеточна линија CHM13
Стратегија и податоци за секвенционирање:
30× PacBio кружно консензусно секвенционирање (HiFi), 120× Oxford Nanopore секвенционирање со ултра долго читање, 100× секвенционирање без PCR-Illumina (ILMN) , 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-Optical), и Strand-seq
Табела 2 Споредба на склоповите на човечки геном GRCh38 и T2T-CHM13
Референца
1.Сергеј Нурк и сор.Целосната секвенца на човечкиот геном.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Каролин Белсер и сор.Хромозоми на банана без празнини од теломери до теломери користејќи секвенционирање на нанопори.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Склопување на геном од теломер во теломер на Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Џија-Минг Сонг и сор.Склопување и валидација на два референтни геноми без празнини за Xian/indica Оризот открива увид во архитектурата на растенијата Centromere.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Време на објавување: јануари-06-2022 година