ГЕНОМ
Склопување на хромозомски размери и анализа на култура од биомаса Miscanthus lutarioriparius геном
Секвенционирање на нанопори |Илумина |Hi-C |РНК-секвенционирање |Филогенијата
Во оваа студија, Biomarker Technologies обезбеди техничка поддршка за секвенционирање на Nanopore, ново склопување на геном, склопување со помош на Hi-C итн.
Апстракт
Мискантус, ризоматозно повеќегодишно растение, има голем потенцијал за производство на биоенергија поради неговата висока биомаса и толеранција на стрес.Пријавуваме склоп на хромозомска скала наMiscanthus lutarioripariusгеном со комбинирање на Oxford Nanopore секвенционирање и Hi-C технологии.Склопот од 2,07-Gb покрива 96,64% од геномот, со контиг N50 од 1,71 Mb.Центромерните и теломерните секвенци се собрани за сите 19 хромозоми и хромозомот 10, соодветно.Алотетраплоидното потекло на M. lutarioriparius е потврдено со користење на центромерни сателитски повторувања.Структурата на тетраплоидниот геном и неколку хромозомски преуредувања во однос на сорго се јасно демонстрирани.Тандем дупликат гени наM. lutarioripariusсе функционално збогатени не само во однос на одговорот на стрес, туку и биосинтезата на клеточниот ѕид.Фамилиите на гените поврзани со отпорноста на болести, биосинтезата на клеточниот ѕид и транспортот на метални јони се значително проширени и еволуирани.Проширувањето на овие семејства може да биде важна геномска основа за подобрување на извонредните особини наM. lutarioriparius.
Клучни статистики за склопување на геномот
Слика.Преглед на склопот на геномот M. lutarioriparius
Вести и моменти има за цел да ги сподели најновите успешни случаи со Biomarker Technologies, доловувајќи нови научни достигнувања, како и истакнати техники применети во текот на студијата.
Време на објавување: Јан-05-2022 година