Генотипизацијата со висок пропуст, особено кај популацијата од големи размери, е фундаментален чекор во студиите за генетско здружување, што обезбедува генетска основа за откривање на функционални гени, еволутивна анализа, итн. ) се воведува за да се минимизираат трошоците за секвенционирање по примерок, додека се одржува разумна ефикасност при откривање на генетски маркери.Ова најчесто се постигнува со извлекување на фрагмент за ограничување во дадениот опсег на големина, кој се нарекува библиотека со намалена застапеност (RRL).Секвенционирање на фрагменти засилени со специфичен локус (SLAF-Seq) е само-развиена стратегија за de novo откривање на SNP и генотипирање на SNP на големи популации.
Технички работен тек
SLAF наспроти постојните методи на RRL
Предности на SLAF
Поголема ефикасност на откривање на генетски маркери– Во комбинација со технологијата за секвенционирање со висок процент, SLAF-Seq може да постигне стотици илјади ознаки откриени во целиот геном за да го исполни барањето на различни истражувачки проекти, со или со наш референтен геном.
Прилагоден и флексибилен експериментален дизајн- За различни истражувачки цели или видови, достапни се различни стратегии за ензимско варење, вклучувајќи едноензимско, двоензимско и мултиензимско варење.Стратегијата за варење ќе биде претходно проценета во силико за да се обезбеди оптимален дизајн на ензими.
Висока ефикасност во ензимското варење– Претходно дизајнираното ензимско варење обезбедува порамномерно распоредени SLAF на хромозомот.Ефикасното собирање фрагменти може да постигне над 95%.
Избегнувајте повторувачка низа– Процентот на повторлива низа во податоците SLAF-Seq е намален на помал од 5%, особено кај видовите со високо ниво на повторувачки елементи, како што се пченицата, пченката итн.
Саморазвиен биоинформатички работен тек– BMK разви интегриран биоинформатички работен тек применлив за технологијата SLAF-Seq за да обезбеди сигурност и точност на конечниот излез.
Примена на SLAF
Карта на генетска поврзаност
Изработка на генетска карта со висока густина и идентификација на локуси кои ги контролираат цртите од типот на цвет во Хризантема (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Весник: Horticulture Research Објавено: 2020.7
GWAS
Идентификација на кандидатски ген поврзан со содржината на изофавон во семето од соја со користење на асоцијација на целиот геном и мапирање на врски
Весник: The Plant Journal Објавено: 2020.08
Еволутивна генетика
Геномската анализа на популацијата и новото склопување го откриваат потеклото на плевелниот ориз како еволутивна игра
Весник: Molecular Plant Објавено: 2019.5
Обемна сегрегантна анализа (BSA)
GmST1, кој шифрира сулфотрансфераза, дава отпорност на видовите на вирусот на мозаик од соја G2 и G3
Весник: Растенија, клетки и животна средина Објавено: 2021.04
Референца
Sun X, Liu D, Zhang X, и сор.SLAF-Seq: ефикасен метод за големо откривање и генотипирање на SNP од големи размери со користење на високопропусна секвенционирање[J].Plos one, 2013, 8 (3): e58700
Песна Х, Ксу И, Гао К и др.Изработка на генетска карта со висока густина и идентификација на локуси кои ги контролираат цртите од типот на цвет во Хризантема (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7:108.
Ву Д, Ли Д, Жао Х и сор.Идентификација на кандидатски ген поврзан со содржината на изофлавон во семето од соја со користење на асоцијација на геномот и мапирање на врски.Фабрика J. 2020 година;104 (4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, и сор.Геномската анализа на населението и собранието Де Ново го откриваат потеклото на плевелниот ориз како еволутивна игра.Мол растение.2019; 12 (5): 632-647.Мол растение.2018 година;11 (11): 1360-1376.
Жао Х, Џинг И, Луо З и сор.GmST1, кој шифрира сулфотрансфераза, дава отпорност на соевите на вирусот на мозаик од соја G2 и G3.Опкружување на растителни клетки.2021; 10.1111/pce.14066
Време на објавување: Јан-04-2022 година