Сложените и променливи алтернативни изоформи во организмите се важни генетски механизми за регулирање на генската експресија и разновидноста на протеините.Точната идентификација на структурите на транскриптите е основа за длабинско проучување на шемите на регулација на генската експресија.Платформата за секвенционирање нанопори успешно ја донесе транскриптомската студија на ниво на изоформа.Оваа платформа за анализа е дизајнирана да ги анализира податоците од RNA-Seq генерирани на платформата Nanopore врз основа на референтниот геном, со што се постигнуваат квалитативни и квантитативни анализи и на ниво на ген и на ниво на транскрипти.