Геном базиран на Hi-C
Предности на услугата
Преглед на Hi-C
(Либерман-Ајден Е и др.,Науката, 2009)
● Нема потреба од конструирање на генетска популација за контигно закотвување;
● Поголема густина на маркерот што доведува до поголем сооднос на закотвување на контиги на над 90%;
● Овозможува евалуација и корекции на постоечките склопови на геномот;
● Пократко време на вртење со поголема точност во склопувањето на геномот;
● Обилно искуство со над 1000 библиотеки Hi-C изградени за над 500 видови;
● Над 100 успешни случаи со акумулативен објавен импакт фактор од над 760;
● Склопување на геном базирано на Hi-C за полиплоиден геном, 100% стапка на закотвување беше постигната во претходниот проект;
● Внатрешни патенти и софтверски авторски права за Hi-C експерименти и анализа на податоци;
l Саморазвиен софтвер за визуелизирано подесување на податоци, овозможува рачно преместување, враќање, отповикување и повторно правење блокови.
Спецификации за услуги
|
Тип на библиотека
|
Платформа | Должина на читање | Препорачај стратегија |
| Здраво-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Биоинформатички анализи
● Контрола на квалитетот на необработените податоци
● Контрола на квалитетот на библиотеката Hi-C
● Склоп на геном базиран на Hi-C
● Евалуација по собранието
Примерок барања и испорака
Барања за примероци:
| Животно | Габа | Растенија
|
| Замрзнато ткиво: 1-2 g по библиотека Ќелии: 1x 10^7 ќелии по библиотека | Замрзнато ткиво: 1 g по библиотека | Замрзнато ткиво: 1-2 g по библиотека
|
| *Силно препорачуваме да испратите најмалку 2 аликвоти (по 1 g) за експериментот Hi-C. | ||
Препорачана испорака на примероци
Контејнер: Цевче за центрифуга од 2 ml (не се препорачува лимена фолија)
За повеќето примероци, препорачуваме да не се чуваат во етанол.
Обележување на примерокот: примероците треба да бидат јасно означени и идентични со доставениот формулар за информации за примероци.
Испорака: сув мраз: примероците прво треба да се пакуваат во вреќи и да се закопаат во сув мраз.
Тек на услужна работа
Дизајн на експеримент
Испорака на примероци
Екстракција на ДНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
*Демо-резултатите прикажани овде се сите од геномите објавени со Biomarker Technologies
1.Hi-C интеракција топлинска карта наCamptotheca acuminataгеном.Како што е прикажано на картата, интензитетот на интеракциите е негативно во корелација со линеарното растојание, што укажува на многу прецизно склопување на ниво на хромозом.(Сооднос на закотвување: 96,03%)
Канг М и сор.,Природа комуникации, 2021 година
2.Hi-C ја олесни валидацијата на инверзии помеѓуGossypium hirsutumL. TM-1 A06 иG. arboreumChr06
Јанг З и сор.,Nature Communications, 2019 година
3.Склопување и биалелна диференцијација на геномот на маниока SC205.Топлинската карта Hi-C е прикажана јасна поделба во хомологните хромозоми.
Ху В и сор.,Молекуларно растение, 2021 година
4.Hi-C топлинска карта на склоп на геном од два вида Ficus:F.microcarpa(сооднос на закотвување: 99,3%) иF.hispida (сооднос на закотвување: 99,7%)
Џанг Х и сор.,Ќелија, 2020 година
Случај БМК
Геномите на Банјановото дрво и опрашувачот на осата даваат увид во коеволуцијата на смоква-оса
Објавено: Ќелија, 2020 година
Стратегија за секвенционирање:
F. microcarpa геном: прибл.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaгеном: прибл.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataгеном: прибл.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Клучни резултати
1. Конструирани се два генома на банијан дрво и еден геном на оса од опрашувач со користење на секвенционирање на PacBio, Hi-C и карта за поврзување.
(1)F. microcarpaгеном: Воспоставена е склоп од 426 Mb (97,7% од проценетата големина на геномот) со контиг N50 од 908 Kb, BUSCO резултат од 95,6%.Вкупно 423 Mb секвенци беа закотвени на 13 хромозоми со Hi-C.Прибелешката на геномот даде 29.416 гени за кодирање на протеини.
(2)F. Hispidaгеном: Склоп од 360 Mb (97,3% од проценетата големина на геномот) доби принос со контиг N50 од 492 Kb и BUSCO резултат од 97,4%.Вкупно секвенци од 359 Mb беа закотвени на 14 хромозоми со Hi-C и многу идентични со картата за поврзување со висока густина.
(3)Eupristina verticillataгеном: Воспоставена е склоп од 387 Mb (проценета големина на геном: 382 Mb) со контиг N50 од 3,1 Mb и резултат BUSCO од 97,7%.
2. Компаративната геномска анализа откри голем број структурни варијации помеѓу двеФикусгеномите, кои обезбедија непроценлив генетски ресурс за адаптивни студии за еволуција.Оваа студија, за прв пат, даде увид во коеволуцијата на смоква-оса на геномско ниво.
 Циркос дијаграм за геномски карактеристики на дваФикусгеноми, вклучувајќи хромозоми, сегментални дупликации (SDs), транспозони (LTR, TEs, DNA TEs), генска експресија и синтенија |  Идентификација на Y хромозомот и кандидатски ген за определување на пол |
Џанг, X., и сор.„Геномите на дрвото Бањан и опрашувачот на осата обезбедуваат увид во коеволуцијата на Смоква-оса“.Ќелија 183.4 (2020).
