Секвенционирање на ДНК/РНК -PacBio Sequencer
Карактеристики
Два режими на секвенционирање на секвенсерот PacBio: континуирано долго читање (CLR) и кружно читање со консензус (CCS)
| Режим на секвенционирање | Големина на библиотеката | Теоретски податоциПринос (по клетка) | Едно-основаТочност | Апликации |
| CLR | 20 Kb, 30 Kb, итн. | 80 Gb до 130 Gb | Прибл.85% | Де ново, SV повикување итн. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 до 40 Gb/ќелија (продолжение II) 70 до 110 Gb/cell (Revio) Зависи од примероците | Прибл.99% | Де ново, Повикување SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
Споредба на изведбата и карактеристиките на Revio и Sequel II
| Услови | Продолжение II систем | Revio систем | Зголемување |
| Поголема густина | 8 милиони ZMW | 25 милиони ZMW | 3x |
| Независни фази | 1 | 4 | 4x |
| Пократко време на траење | 30 часа | 24 часа | 1,25x |
| 30X HiFi човечки геноми / година | 88 | 1.300 | 15x севкупно |
Предности на услугата
● Повеќе од 8 години искуство на платформата за секвенционирање PacBio со илјадници затворени проекти со различни видови.
● Целосно опремен со најновите платформи за секвенционирање на PacBio, Revio за да гарантира доволно проток на секвенционирање.
l Побрзо време на пресврт, поголем принос на податоци и попрецизни податоци.
● Придонесе во стотици публикации базирани на PacBio со големо влијание.
Барања за примероци
| Тип на примерок | износ | Концентрација (Qubit®) | Волумен | Чистота | Други |
| Геномска ДНК | Зависи од барањето податоци | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5; Чист врв на 260 nm,нема контаминации | Концентрацијата треба да се мери со Qubit и Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 |
| Вкупна РНК | ≥1,2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;нема контаминации | Вредност на RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Работен тек на услугата
Подготовка на примерок
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Испорака на проектот
1. Принос на податоци во куќата
Податоци генерирани од 63 CCS клетки (од 26 видови)
| ПОДАТОЦИ-PacBio-CCS-15 Kb | Просечна | Макс | мин | Медијана |
| Принос - потчитања (Gb) | 421.12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Извор - CCS (Гб) | 25,93 | 38,59 | 10.86 | 25.43 |
| Полимераза N50 | 145.651 | 175.430 | 118.118 | 144.689 |
| Подчита N50 | 17.509 | 23.924 | 12.485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9.876 | 14.747 |
| Просечна должина - полимераза | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Просечна должина-Подбрадови | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Просечна должина-CCS | 14.489 | 19.074 | 8.575 | 14.655 |
Податоци генерирани од 16 CLR клетки (од 76 видови)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Просечна | Макс | мин | Медијана |
| Принос - потчитања (Gb) | 142,20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Полимераза N50 | 39.456 | 121.191 | 15.389 | 35.231 |
| Подчита N50 | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29.063 |
| Просечна должина - полимераза | 22.063 | 48.886 | 8.747 | 21.555 |
| Просечна должина-Подбрадови | 17.720 | 27.225 | 8.293 | 17.779 |
2.Data QC – ДемоСтатистика за принос на податоци
| Пример | ccs Чита број | Вкупно ccs бази (bp) | ccs Чита N50 (bp) | ccs средна должина (bp) | ccs Најдолго прочитано (bp) | потчитања Основи (bp) | стапка на ccs (%) |
| PB_BMKxxx | 3.444.159 | 54.164.122.586 | 15.728 | 15.726 | 36.110 | 863.326.330.465 | 6.27 |
