Компаративна геномика
Предности на услугата
● Сеопфатен пакет анализи, кој ги содржи осумте најчесто потребни анализи
● Висока сигурност во анализата со детално и лесно разбирливо толкување на резултатите
● Добро дизајнирани фигури подготвени за објавување
● Високо квалификуваниот тим за биоинформатика ги исполнува различните барања за персонализирана анализа
● Пократко време на вртење со поголема точност во анализата
● Обилно искуство со над 90 успешни случаи со акумулативен објавен импакт фактор од над 900
Спецификации за услуги
| Проценето време на пресврт | Број на видови | Анализи |
| 30 работни дена | 6 - 12 | Групирање на генско семејство Проширување и контракција на генското семејство Филогенетска конструкција на дрво Проценка на времето на дивергенција (потребна е калибрација на фосили) Време на вметнување LTR (За растенија) Умножување на целиот геном (За растенија) Селективен притисок Анализа на синтенија |
Биоинформатички анализи
● Семејство на гени
● Филогенетика
● Време на дивергенција
● Селективен притисок
● Синтениска анализа
Примерок барања и испорака
Барања за примероци:
Ткиво или ДНК за секвенционирање и склопување на геномот
За ткиво
| Видови | Ткиво | Анкета | PacBio CCS |
| Животно | Висцерално ткиво | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Мускулно ткиво | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Крв од цицачи | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Крв од живина/риба | |||
| Растение | Свеж лист | 1-2 g | ≥ 5,0 g |
| Ливче/стебло | 1-2 g | ≥ 10,0 g | |
| Корен/Семе | 1-2 g | ≥ 20,0 g | |
| Клетки | Културна клетка | - | ≥ 1 x 108 |
Податоци
Датотеки со секвенца на геном (.fasta) и датотеки со прибелешки (.gff3) на тесно поврзани видови
Тек на услужна работа
Дизајн на експеримент
Испорака на примероци
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
*Демо-резултатите прикажани овде се сите од геномите објавени со Biomarker Technologies
1.LTR проценка на времето за вметнување: Сликата покажува уникатна бимодална дистрибуција во времињата на вметнување на LTR-RTs во геномот на 'ржта Вајнинг, во споредба со другите видови.Најновиот врв се појавил пред околу 0,5 милиони години.
Ли Гуанг и сор.,Генетика на природата, 2021 година
2. Анализа на филогене и генско семејство на хајотот (Sechium edule): Со анализирање на хајотот и другите 13 сродни видови во фамилијата на гени, беше откриено дека чајотот е најтесно поврзан со змиската тиква (Trichosanthes anguina).Шајотот добиен од змиска тиква во околу 27-45 миа и целосниот геном дуплирање (WGD) беше забележан кај хајотот во 25±4 Мија, што е трет настан на WGD кај cucuibitaceae.
Фу А и сор.,Истражување за хортикултура, 2021 година
3. Анализа на синтени: Некои гени поврзани со фитохормоните во развојот на овошјето беа пронајдени во шајот, змиска тиква и тиква.Корелацијата помеѓу шајотот и сквошот е малку повисока од онаа помеѓу шајотот и змиската тиква.
Фу А и сор.,Истражување за хортикултура, 2021 година
4. Анализа на семејството на гени: KEGG збогатувањето на проширувањето и контракцијата на генското семејство во геномите G.thurberi и G.davidsonii покажа дека гените поврзани со биосинтезата на стероиди и брасиностероидите се проширени.
Јанг З и сор.,BMC Биологија, 2021 година
5. Анализа на дуплирање на целиот геном: 4DTV и анализата на дистрибуција на Ks покажа настан за дуплирање на целиот геном.Врвовите на интравидовите покажаа дуплирање настани.Врвовите на меѓувидовите покажаа специјациски настани.Анализата покажа дека во споредба со другите три тесно поврзани видови, O. europaea неодамна помина низ генска дуплација од големи размери.
Рао Г и сор.,Истражување за хортикултура, 2021 година
Случај БМК
Роза без боцки: геномски увиди поврзани со адаптација на влага
Објавено: Национален преглед на науката, 2021 година
Стратегија за секвенционирање:
БејсБез трње“ (Р.Вичурајнан) геном:
Прибл.93 X PacBio + прибл.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Клучни резултати
1. Висококвалитетниот геном на R.wichuraiana беше конструиран со користење на долгопрочитани техники за секвенционирање, што дава склоп од 530,07 Mb (Проценетата големина на геномот беше приближно 525,9 Mb со цитометрија на проток и 525,5 според геномското истражување; Хетерозиготноста беше околу 1,03%).Проценетиот резултат на BUSCO беше 93,9%.Во споредба со „Олд руменило“ (haploOB), квалитетот и комплетноста на овој геном беа потврдени со прецизност на основната една база и индекс на склопување LTR (LAI=20,03).Геномот на R.wichuraiana содржи 32.674 гени за кодирање на протеини.
2. Мулти-омична заедничка анализа, составена од компаративна геномика, транскриптомика, QTL анализа на генетската популација, ја откри клучната специјација помеѓу R. wichuraiana и Rosa chinensis.Исто така, варијацијата на изразување на сродните гени во QTL веројатно е поврзана со шаблонот на стеблото.
Компаративната геномска анализа помеѓу Basye's Thornless и Rosa chinensis, вклучувајќи анализа на синтени, кластер на семејството на гени, анализа на експанзија и контракција, откри голем број на варијации, кои се однесуваат на клучните особини на розите.Уникатната експанзија во семејството на гените NAC и FAR1/FRS беше многу веројатно поврзана со отпорност на црна дамка.
Компаративна геномска анализа помеѓу BT и haploOB геномите.
Жонг, М., и сор.„Роза без боцки: геномски увиди поврзани со адаптација на влага“Национален преглед на науката, 2021;, nwab092.
