Обемна сегрегантна анализа
Предности на услугата
Такаги и сор., Дневник за растенијата, 2013 година
● Точна локализација: Мешање на големини со 30+30 до 200+200 поединци за да се минимизира бучавата во позадина;Предвидување на кандидатскиот регион засновано на несинонимни мутанти.
● Сеопфатна анализа: длабинска белешка на функцијата на кандидатот за ген, вклучувајќи NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG итн.
● Побрзо време на пресврт: Брза локализација на генот во рок од 45 работни дена.
● Огромно искуство: БМК придонесе за локализација на илјадници особини, покривајќи различни видови како што се култури, водни производи, шуми, цвеќиња, овошје итн.
Спецификации за услуги
Популација:
Сегрегирање на потомството на родители со спротивставени фенотипови.
на пр. F2 потомство, повратен вкрстување (BC), Рекомбинантна вродена линија (RIL)
Базен за мешање
За квалитативни особини: 30 до 50 лица (минимум 20)/рефус
За квантитативни тратис: врвни 5% до 10% индивидуи со екстремни фенотипови во целата популација (минимум 30+30).
Препорачана длабочина на секвенционирање
Најмалку 20X/родител и 1X/поединец од потомство (на пр. за базен за мешање потомци од 30+30 поединци, длабочината на секвенционирање ќе биде 30x по најголемиот дел)
Биоинформатички анализи
● Ресеквенцирање на целиот геном
● Обработка на податоци
● Повикување SNP/Indel
● Скрининг на регионот на кандидатот
● Прибелешка за функцијата на кандидатот за ген
Примерок барања и испорака
Барања за примероци:
Нуклеотиди:
| примерок од гДНК | Примерок од ткиво |
| Концентрација: ≥30 ng/μl | Растенија: 1-2 гр |
| Количина: ≥2 μg (волумен ≥15 μl) | Животни: 0,5-1 g |
| Чистота: OD260/280= 1,6-2,5 | Цела крв: 1,5 ml |
Тек на услужна работа
Дизајн на експеримент
Испорака на примероци
Екстракција на РНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
1. База на анализа на асоцијација на Евклидовото растојание (ЕД) за да се идентификува регион кандидат.На следната слика
X-оска: Хромозомски број;Секоја точка претставува ED вредност на SNP.Црната линија одговара на вградената вредност на ЕД.Повисоката вредност на ЕД укажува на позначајна поврзаност помеѓу локацијата и фенотипот.Црвената цртичка линија претставува праг на значајна поврзаност.
2. Анализа на асоцијација базирана без SNP-индекс
X-оска: Хромозомски број;Секоја точка ја претставува вредноста на SNP-индексот.Црната линија значи вградена вредност на SNP-индексот.Колку е поголема вредноста, толку е позначајна асоцијацијата.
Случај БМК
Локусот на квантитативна особина со главен ефект Fnl7.1 кодира изобилен протеин од доцната ембриогенеза поврзан со должината на вратот на овошјето во краставицата
Објавено: Весник за биотехнологија на растенијата, 2020 година
Стратегија за секвенционирање:
Родители (Jin5-508, YN): Ресеквенционирање на целиот геном за 34× и 20×.
ДНК базени (50 со долг врат и 50 со краток врат): Ресеквенционирање за 61× и 52×
Клучни резултати
Во оваа студија, сегрегирачката популација (F2 и F2: 3) беше генерирана со вкрстување на линијата на краставица со долг врат Jin5-508 и YN со краток врат.Два ДНК базени беа изградени од 50 лица со екстремен долг врат и 50 лица со екстремно краток врат.QTL со голем ефект беше идентификуван на Chr07 со BSA анализа и традиционално QTL мапирање.Регионот кандидат беше дополнително стеснет со фино мапирање, квантификација на генската експресија и трансгенски експерименти, кои го открија клучниот ген во контролирањето на должината на вратот, CsFnl7.1.Дополнително, полиморфизмот во промотерскиот регион CsFnl7.1 е поврзан со соодветната експресија.Понатамошната филогенетска анализа сугерираше дека локусот Fnl7.1 е многу веројатно да потекнува од Индија.
 QTL-мапирање во анализата на BSA за да се идентификува регионот кандидат поврзан со должината на вратот на краставицата |  LOD профили на QTL должина на краставица до вратот идентификувани на Chr07 |
Ксу, X., и сор.„Локсот на квантитативна особина со главен ефект Fnl7.1 кодира изобилен протеин од доцната ембриогенеза поврзан со должината на овошниот врат во краставицата“.Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
