16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Предности на услугата
● Долго читање открива низа со целосна должина на 16S/18S/ITS
l Високо прецизно базно повикување со секвенционирање на режимот PacBio CCS
● Резолуција на ниво на вид во прибелешката OTU/ASV
● Најновиот QIIME2 го анализира протокот со разновидни анализи во однос на базата на податоци, прибелешки, OTU/ASV.
● Применливо за различни студии за микробиолошки заедници
● БМК поседува долгогодишно искуство со над 100.000 примероци/годишно, покривајќи почва, вода, гас, тиња, измет, црева, кожа, супа за ферментација, инсекти, растенија итн.
● BMKCloud го олесни толкувањето на податоците што содржи 45 персонализирани алатки за анализа
Спецификации за услуги
| СеквенционирањеПлатформа | Библиотека | Препорачани податоци | Време на пресврт |
| Продолжение на PacBio II | SMRT-ѕвонче | 5K/10K/20K Ознаки | 44 работни дена |
Биоинформатички анализи
● Контрола на квалитетот на необработените податоци
● ОТУ групирање/де-шум (ASV)
● ОТУ прибелешка
● Алфа разновидност
● Бета разновидност
● Анализа меѓу групите
● Анализа на асоцијација против експериментални фактори
● Предвидување на функционалниот ген
Примерок барања и испорака
Барања за примероци:
ЗаДНК екстракти:
| Тип на примерок | износ | Концентрација | Чистота |
| ДНК екстракти | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
За примероци од животната средина:
| Тип на примерок | Препорачана процедура за земање мостри |
| Почва | Количина на примерок: прибл.5 g;Преостанатата исушена супстанција треба да се отстрани од површината;Мелете големи парчиња и поминете низ филтер од 2 мм;Алицирани примероци во стерилна ЕП-цевка или цироцевка за резервација. |
| Измет | Количина на примерок: прибл.5 g;Соберете и распределете примероци во стерилна EP-цевка или криотуба за резервација. |
| Цревната содржина | Примероците треба да се обработат во асептична состојба.Измијте го собраното ткиво со PBS;Центрифугирајте го PBS и соберете го преципитантот во EP-цевки. |
| Тиња | Количина на примерок: прибл.5 g;Соберете и распределете примерок од тиња во стерилна ЕП-цевка или криотуба за резервација |
| Водно тело | За примерок со ограничено количество микроби, како што се вода од чешма, бунарска вода итн., Соберете најмалку 1 L вода и поминете низ филтер од 0,22 μm за да го збогатите микроорганизмот на мембраната.Чувајте ја мембраната во стерилна цевка. |
| Кожата | Внимателно изгребете ја површината на кожата со стерилен памук или хируршко сечило и ставете ја во стерилна цевка. |
Препорачана испорака на примероци
Замрзнете ги примероците во течен азот 3-4 часа и чувајте ги во течен азот или -80 степени до долгорочна резервација.Потребна е испорака на примероци со сув мраз.
Тек на услужна работа
Испорака на примероци
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
1. Стапка на прибелешки за профилирање на микробната заедница базирана на V3+V4(Illumina) наспроти профилирање базирано на целосна должина (PacBio).
(За статистика беа применети податоци за 30 проекти по случаен избор)
2. Стапка на прибелешки на секвенционирање на ампликони со целосна должина на ниво на вид во различни типови примероци
3.Дистрибуција на видови
4.Филогенетско дрво
Случај БМК
Изложеноста на арсен предизвикува оштетување на цревната бариера и последователно активирање на оската црево-црн дроб што доведува до воспаление и пироптоза на црниот дроб кај патките
Објавено:Наука за вкупната средина,2021 година
Стратегија за секвенционирање:
Примероци: Контролна наспроти 8 mg/kg ATO изложена група
Принос на податоци од секвенционирање: вкупно 102.583 сурови CCS секвенци
Контрола: 54.518 ± 747 ефективни CCS
ATO-изложени: 45.050 ± 1675 ефективни CCS
Клучни резултати
Алфа разновидност:Изложеноста на ATO значително го промени цревното микробно богатство и разновидност кај патките.
Анализа на метастати:
На ниво на група: 2 бактериски фили откриени само во контролните групи
Во ниво на род: 6 родови беа пронајдени значително различни во релативно изобилство
На ниво на видови: вкупно се идентификувани 36 видови, при што 6 од нив значително се разликуваат во релативна изобилство
Референца
Thingholm, LB, et al.„Дебелите поединци со и без дијабетес тип 2 покажуваат различен микробен функционален капацитет и состав на цревата“.Cell Host & Microbe26.2 (2019).
