16S/18S/ITS Секвенционирање на засилувачи-NGS
Предности на услугата
● Без изолација и брза идентификација на микробниот состав во примероците од животната средина
● Висока резолуција во ниско-изобилни компоненти во еколошки примероци
● Најновиот QIIME2 го анализира протокот со разновидни анализи во однос на базата на податоци, прибелешки, OTU/ASV.
● Висок пропусност, поголема точност
● Применливо за различни студии за микробиолошки заедници
● БМК поседува долгогодишно искуство со над 100.000 примероци/годишно, покривајќи почва, вода, гас, тиња, измет, црева, кожа, супа за ферментација, инсекти, растенија итн.
● BMKCloud го олесни толкувањето на податоците што содржи 45 персонализирани алатки за анализа
Спецификации за услуги
| СеквенционирањеПлатформа | Библиотека | Препорачан принос на податоци | Проценето време на пресврт |
| Платформа Illumina NovaSeq | PE250 | 50K/100K/300K Ознаки | 30 дена |
Биоинформатички анализи
● Контрола на квалитетот на необработените податоци
● ОТУ групирање/де-шум (ASV)
● ОТУ прибелешка
● Алфа разновидност
● Бета разновидност
● Анализа меѓу групите
● Анализа на асоцијација против експериментални фактори
● Предвидување на функционалниот ген
Примерок барања и испорака
Барања за примероци:
ЗаДНК екстракти:
| Тип на примерок | износ | Концентрација | Чистота |
| ДНК екстракти | ＞ 30 нг | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
За примероци од животната средина:
| Тип на примерок | Препорачана процедура за земање мостри |
| Почва | Количина на примерок: прибл.5 g;Преостанатата исушена супстанција треба да се отстрани од површината;Мелете големи парчиња и поминете низ филтер од 2 мм;Алицирани примероци во стерилна ЕП-цевка или цироцевка за резервација. |
| Измет | Количина на примерок: прибл.5 g;Соберете и распределете примероци во стерилна EP-цевка или криотуба за резервација. |
| Цревната содржина | Примероците треба да се обработат во асептична состојба.Измијте го собраното ткиво со PBS;Центрифугирајте го PBS и соберете го преципитантот во EP-цевки. |
| Тиња | Количина на примерок: прибл.5 g;Соберете и распределете примерок од тиња во стерилна ЕП-цевка или криотуба за резервација |
| Водно тело | За примерок со ограничено количество микроби, како што се вода од чешма, бунарска вода итн., Соберете најмалку 1 L вода и поминете низ филтер од 0,22 μm за да го збогатите микроорганизмот на мембраната.Чувајте ја мембраната во стерилна цевка. |
| Кожата | Внимателно изгребете ја површината на кожата со стерилен памук или хируршко сечило и ставете ја во стерилна цевка. |
Препорачана испорака на примероци
Замрзнете ги примероците во течен азот 3-4 часа и чувајте ги во течен азот или -80 степени до долгорочна резервација.Потребна е испорака на примероци со сув мраз.
Тек на услужна работа
Испорака на примероци
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
1.Дистрибуција на видови
2.Топлинска карта: Групирање на богатството на видовите
3.Ретка крива на фракции
4.НМДС анализа
5.Лефсе анализа
Случај БМК
Дебелите поединци со и без дијабетес тип 2 покажуваат различни цревни микробиолошки функционални капацитети и состав
Објавено:Cell Host & Microbe, 2019 година
Стратегија за секвенционирање:
Слаби не-дијабетес (n=633);Дебели не-дијабетес (n=494);Дебелиот дијабетес тип 2 (n=153);
Целен регион: 16S rDNA V1-V2
Платформа: Illumina Miseq (секвенционирање на засилувачи базирано на NGS)
Подгрупата на ДНК екстракти беа подложени на метагеномско секвенционирање на Illumina Hiseq
Клучни резултати
Микробиолошките профили на овие метаболички болести беа успешно диференцирани.
Со споредување на микробните карактеристики генерирани со секвенционирање 16S, дебелината беше откриена дека е поврзана со промените во микробниот состав, индивидуалните карактеристики, особено значително намалување на Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, итн. .
Референца
Thingholm, LB, et al.„Дебелите поединци со и без дијабетес тип 2 покажуваат различен микробен функционален капацитет и состав на цревата“.Cell Host & Microbe26.2 (2019).
