10x Genomics Visium просторен транскриптом
Карактеристики
● Резолуција: 100 µM
● Дијаметар на точка: 55 µM
● Број на места: 4992
● Област на фотографирање: 6,5 x 6,5 mm
● Секое баркодирано место е натоварено со прајмери составени од 4 делови:
- поли(dT) опашка за прајминг на mRNA и синтеза на cDNA
- Единствен молекуларен идентификатор (UMI) за корекција на пристрасноста на засилувањето
- Просторен баркод
- Секвенца за врзување на прајмер за секвенционирање делумно читање 1
● Боење со H&E на пресеците
Предности
●Едношалтерска услуга: ги интегрира сите чекори засновани на искуство и вештини, вклучувајќи крио-секција, боење, оптимизација на ткиво, просторно баркодирање, подготовка на библиотека, секвенционирање и биоинформатика.
● Високо квалификуван технички тим: со искуство во повеќе од 250 типови ткива и 100+ видови, вклучувајќи луѓе, глувци, цицачи, риби и растенија.
●Ажурирање во реално време на целиот проект: со целосна контрола на експерименталниот напредок.
●Сеопфатна стандардна биоинформатика:пакетот вклучува 29 анализи и 100+ висококвалитетни фигури.
●Прилагодена анализа и визуелизација на податоци: достапни за различни барања за истражување.
●Факултативна заедничка анализа со едноклеточно секвенционирање на mRNA
Спецификации
| Барања за примероци | Библиотека | Стратегија за секвенционирање | Препорачани податоци | Контрола на квалитет |
| Cryo-примероци вградени во OCT, примероци FFPE (Оптимален дијаметар: приближно 6x6x6 mm3) 3 блока по примерок | 10X Visium cDNA библиотека | Illumina PE150 | 50K PE читања по место (60 Gb) | RIN> 7 |
За повеќе детали за упатствата за подготовка на примероци и работниот тек на услугата, слободно разговарајте со aексперт за BMKGENE
Работен тек на услугата
Во фазата на подготовка на примерокот, се врши иницијално испитување за екстракција на РНК за да се обезбеди висококвалитетна РНК може да се добие.Во фазата на оптимизација на ткивото, деловите се обоени и визуелизирани и условите за пропустливост за ослободување на mRNA од ткивото се оптимизирани.Оптимизираниот протокол потоа се применува за време на изградбата на библиотеката, проследено со секвенционирање и анализа на податоците.
Целосниот работен тек на услугата вклучува ажурирања во реално време и потврди на клиентите за да се одржи одговорна јамка за повратни информации, обезбедувајќи непречено извршување на проектот.
Ја вклучува следната анализа:
Контрола на квалитетот на податоците:
o Излез на податоци и дистрибуција на бодови за квалитет
o Откривање на гени по точка
o Покривање на ткиво
Анализа на внатрешен примерок:
o Богатство на гени
o Кластерирање на точки, вклучувајќи анализа на намалени димензии
o Анализа на диференцијална експресија помеѓу кластери: идентификација на маркерни гени
o Функционална прибелешка и збогатување на гените за маркери
Анализа меѓу групите
o Ре-комбинација на дамки од двата примероци (на пр. заболени и контролни) и ре-кластер
o Идентификација на маркерски гени за секој кластер
o Функционална прибелешка и збогатување на гените за маркери
o Диференцијално изразување на ист кластер помеѓу групи
Анализа на внатрешен примерок
Кластерирање на точки
Идентификација на гените на маркери и просторна дистрибуција
Меѓугрупна анализа
Комбинација на податоци од двете групи и повторно групирање
Маркерски гени на нови кластери
Истражете ги достигнувањата олеснети од услугата за просторна транскриптомика на BMKGene од 10X Visium во овие истакнати публикации:
Чен, Д. и сор.(2023) 'mthl1, потенцијален Drosophila хомолог на GPCR за адхезија на цицачи, е вклучен во антитуморни реакции на инјектираните онкогени клетки кај мувите', Зборник на трудови на Националната академија на науките на Соединетите Американски Држави, 120(30), стр.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Чен, Ј. и сор.(2023) „ЧЕЛИК овозможува разграничување со висока резолуција на просторновременски транскриптомски податоци“, Брифинзи во биоинформатиката, 24(2), стр. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Лиу, Ц. и сор.(2022) „Просторнотемпорален атлас на органогенезата во развојот на цвеќињата на орхидеи“, Истражување за нуклеински киселини, 50 (17), стр. 9724-9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) „Интегрирање на просторна транскриптомика и секвенционирање на РНК со едно јадро ги открива потенцијалните терапевтски стратегии за леиомиом на матката“, Меѓународен весник за биолошки науки, 19 (8), стр. 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
