Whakaraupapa Wāhanga Whakanuia Tauwhāiti-Locus (SLAF-Seq)
Nga Taipitopito Ratonga
Kaupapa Hangarau
Te rere mahi
Painga Ratonga
Te pai o te kitenga tohu- Ko te hangarau whakahiatotanga teitei e awhina ana i te SLAF-Seq ki te kimi i nga rau mano o nga tohu i roto i te ira tangata katoa.
He iti te ti'aturi ki te genome- Ka taea te tono ki nga momo me te kore he momo tohutoro tohutoro.
Te hoahoa kaupapa ngawari- Kotahi-enzyme, rua-enzyme, maha-enzyme nakunaku me nga momo momo enzymes, ka taea te kowhiri katoa hei whakatutuki i nga whaainga rangahau rereke, momo momo ranei.Ka whakamahia te arotake-a-mua i roto i te silico hei whakapumau i te hoahoa o te whanaki.
He pai te nakunaku enzymatic- I whakahaerea te whakamatautau-a-mua ki te arotau i nga ahuatanga, e pai ai te whakamatautau okawa me te pono.Ko te kaha o te kohinga kongakonga ka eke ki runga i te 95%.
Kua tohatohahia nga tohu SLAF- Ka tohatoha nga tohu SLAF ki roto i nga chromosomes katoa ki te whānuitanga nui, ka eke ki te 1 SLAF mo ia 4 kb.
Te karo pai o te tukurua- Ko te raupapa tukurua i roto i nga raraunga SLAF-Seq ka whakahekehia ki raro iho i te 5%, ina koa ki nga momo me te taumata tiketike o te tukurua, penei i te witi, te kanga, me etahi atu.
He wheako nui- Neke atu i te 2000 nga kaupapa SLAF-Seq i kati i runga i nga rau momo e kapi ana i nga tipu, nga kararehe whakangote, nga manu, nga pepeke, nga kaiao wai, aha atu.
Rerengamahi bioinformatic i whakawhanakehia e ia ano- He rerengamahi bioinformatic whakauru mo SLAF-Seq i whakawhanakehia e BMKGENE hei whakarite i te pono me te tika o te putanga whakamutunga.
Whakatakotoranga Ratonga
| Paerewa | Conc.(ng/gl) | Tapeke (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Rōrahi>15μl) | 1.6-2.5 |
Rautaki Whakaraupapa Manakohia
Te hohonu o te raupapa: 10X/Tag
| Rahi Genome | Tohutohu SLAF |
| <500 Mb | 100K, WGS ranei |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Nga ira tangata nunui, uaua ranei | 300 - 400K |
| Nga tono
| E taunaki ana Tauine Taupori
| Rautaki raupapa me te hohonu
| |
| Hohonutanga
| Tau Tohu
| ||
| GWAS
| Tau tauira ≥ 200
| 10X
|
E ai ki te rahi o te genome
|
| Te Putanga Ira
| Takitahi o ia tangata rōpū iti ≥ 10; te tapeke tauira ≥ 30
| 10X
| |
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu: 2 ml ngongo centrifuge
Mo te nuinga o nga tauira, ka tūtohu kia kaua e rongoa ki te waihano.
Tauira tapanga: Me tino tapanga nga tauira me te rite ki te puka korero tauira kua tukuna.
Tukunga: Tio-maroke: Me kiki nga tauira ki roto i nga peeke i te tuatahi ka tanumia ki te huka-maroke.
Rerengamahi Ratonga
Tauira QC
Whakamatau pairati
SLAF-whakamatautau
Te Whakaritenga Whare Pukapuka
Whakaraupapa
Te Raraunga Raraunga
Ratonga muri-hoko
1. Tauanga o te hua mapi
2. Te whanaketanga tohu SLAF
3. Tohu rereke
| Tau | Hautaka | IF | Taitara | Nga tono |
| 2022 | Nga korero mo te taiao | 17.694 | Te putake ira o te giga-chromosomes me te giga-genome o te peony rakau Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Phytologist Hou | 7.433 | Ko nga tapuwae o te kainga ka punga i nga rohe ira tangata whai hiranga agronomic i roto soybeans | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Ko nga whakaurunga horihori a Gossypium barbadense ki G. hirsutum Whakaatuhia te waahi pai ake mo te whakapai ake i te kounga o te muka miro me nga hua āhuatanga | SLAF-Whakaahuatanga ira |
| 2019 | Tipu Molecular | 10.81 | Ko te Taatari Taupori Taupori me te Runanga o De Novo e whakaatu ana i te takenga mai o te Weedy Raihi hei Keemu Whakawhanaketanga | SLAF-Whakaahuatanga ira |
| 2019 | Nature Genetics | 31.616 | Te raupapa ira me te kanorau ira o te carp noa, Cyprinus carpio | SLAF-hononga mapi |
| 2014 | Nature Genetics | 25.455 | Ko te genome o te pīnati kua whakatipuhia he maarama ki nga karyotypes legume, polyploid te whanaketanga me te whakatipu hua. | SLAF-hononga mapi |
| 2022 | Te Tuhituhi Biotechnology Plant | 9.803 | Ko te tautuhi i te ST1 e whakaatu ana i te kowhiringa e pa ana ki te hitchhiking o te ahua o te kakano me te hinu hinu i te wa e whangaia ana te soya | Te whanaketanga SLAF-Marker |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Te Tautuhinga me te Whakawhanaketanga Tohu DNA mo te Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Te Whakakapinga Kromosom Disomic | Te whanaketanga SLAF-Marker |
