-
Te raupapa RNA karihi kotahi
Ko te anga whakamua i roto i te hopu putau kotahi me te tikanga hanga whare pukapuka takitahi me te whakahiatotanga teitei ka taea e nga rangahau whakaputanga ira i runga i te puutau-a-waa.Ka taea e ia he tātaritanga punaha hohonu me te whakaoti mo nga taupori pūtau uaua, ka karo i te huna i o raatau momo rereke ma te tango toharite o nga pūtau katoa.
Heoi ano, karekau etahi o nga pūtau e pai ki te hanga hei whakatārewatanga pūtau-kotahi, no reira me etahi atu tikanga whakarite tauira – te tangohanga karihi mai i nga kopa, ara, ka tangohia tika te karihi mai i nga kopa, i te pūtau ranei ka rite ki te whakatārewatanga karihi kotahi mo te kotahi- raupapa pūtau.
Ka whakaratohia e BMK te 10 × Genomics Chromium TM i runga i te ratonga raupapa RNA pūtau kotahi.Kua whakamahia nuitia tenei ratonga i roto i nga rangahau mo nga rangahau e pa ana ki nga mate, penei i te rereketanga o nga pūtau aukati, te rerekee o te puku, te whanaketanga o te kiko, me era atu.
Te maramara tuhi mokowhiti: 10× Genomics
Paerewa: Illumina NovaSeq Platform
-
Te Whakaraupapa Ira Katoa Te Tipu/Karehe
Ko te raupapa-a-ira-ira katoa, e mohiotia ana ko WGS, ka taea te whakaatu i nga rerekee noa me te onge i runga i te ira katoa tae atu ki te Single Nucleotide Polymorphism (SNP), te Whakamuku Whakauru (InDel), te rereketanga o te Hanganga (SV), me te Rerekē Tau Tārua (CNV). ).Ko nga SV he waahanga nui ake o te turanga rereke atu i nga SNP, he nui ake te paanga ki te genome, he nui te paanga ki nga rauropi ora.Ko te panui-roa ka taea te tautuhi tika ake i nga kongakonga nui me nga rereketanga uaua na te mea he maamaa ake te panui o te chromosomal ki nga rohe uaua penei i te tukuruatanga o te tandem, nga rohe whai rawa GC/AT, me nga rohe rerekee.
Paerewa: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Transcriptome Mokowā
Ko nga tuhinga tuhi mokowā kei mua i te mahi auaha putaiao, e whakamana ana i nga kairangahau ki te ruku ki nga tauira whakaputanga ira uaua i roto i nga kopa me te pupuri i o raatau horopaki mokowā.I roto i nga momo papaaho, kua whakawhanakehia e BMKGene te BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip, me te whakanui i tetaumira whakareio 5µM, ka tae ki te awhe subcellular, ka taeatautuhinga taumira taumata-maha.Ko te maramara S1000, tata ki te 2 miriona nga waahi, e whakamahi ana i nga microwells kua whakakikoruatia ki nga pirepire kua utaina ki nga tirotiro hopu mokowhiti.He whare pukapuka cDNA, he mea whakarangatira ki nga tohu tohu mokowhiti, kua whakaritea mai i te maramara S1000, ka whai i te raupapa i runga i te papaaho Illumina NovaSeq.Ko te whakakotahitanga o nga tauira mokowhiti me nga UMI ka whakarite i te tika me te motuhake o nga raraunga i hangaia.Ko te huanga ahurei o te maramara BMKManu S1000 kei roto i tona whaihua, e tuku ana i nga tautuhinga taumira taumata-maha ka taea te whakatika ki nga momo kopa me nga taumata taipitopito.Ma tenei urutau ka tuu te maramara hei whiringa tino pai mo nga rangahau mokowhiti mokowhiti kanorau, me te whakarite i te kohinga mokowā me te haruru iti.
Ma te whakamahi i te maramara BMKManu S1000 me etahi atu hangarau transcriptomic mokowā, ka pai ake te maarama o nga kairangahau ki te whakahaere mokowā o nga pūtau me nga tauwhitinga rapoi matatini e puta ana i roto i nga kopa, e whakarato ana i nga tirohanga tino nui ki nga tikanga kei raro i nga tukanga koiora i roto i te whānuitanga o nga mara, tae atu ki oncology, neuroscience, whanaketanga koiora, immunology me nga rangahau huaota.
Paerewa: BMKManu S1000 maramara me Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Ko te transcriptomics mokowhiti he hangarau hou e taea ai e nga kairangahau te tirotiro i nga tauira whakaaturanga ira i roto i nga kopa me te pupuri i o raatau horopaki mokowā.Ko tetahi papaahi kaha i tenei rohe ko te 10x Genomics Visium me te raupapa Illumina.Ko te maataapono o te 10X Visium kei runga i tetahi maramara motuhake me te waahi hopu kua tohua hei whakanoho i nga waahanga kiko.Kei roto i tenei waahi hopu nga waahi tohu, e rite ana ia ki tetahi waahi mokowā motuhake i roto i te kiko.Ko nga ngota ngota RNA i hopukina mai i te kiko ka tapaina ki nga tohu molecular identifiers (UMIs) i roto i te tukanga whakawhiti whakamuri.Ko enei waahi tohu me nga UMI ka taea te mapi mokowā me te inenga o te whakaaturanga ira i te taumira o te pūtau kotahi.Ko te whakakotahitanga o nga tauira mokowhiti mokowhiti me nga UMI ka whakarite i te tika me te motuhake o nga raraunga i hangaia.Ma te whakamahi i tenei hangarau Spatial Transcriptomics, ka hohonu ake te maarama o nga kairangahau ki te whakahaere mokowā o nga pūtau me nga taunekeneke irapoi matatini e puta ana i roto i nga kopa, e whakaatu ana i nga whakaaro nui ki nga tikanga e whai ana i nga mahi koiora i roto i nga waahi maha, tae atu ki te oncology, neuroscience, te koiora whanaketanga, immunology. , me nga rangahau huaota.
Paerewa: 10X Genomics Visium me Illumina NovaSeq
-
Te Whakaraupapa mRNA-Nanopore
Ahakoa ko te raupapatanga mRNA e ahu mai ana i te NGS he taputapu whai kiko mo te ine ira ira, na te whakawhirinaki ki nga panui poto ka aukati i te kaha ki nga tātaritanga tuhinga matatini.Ko te raupapa Nanopore, i tetahi atu taha, ka whakamahi i te hangarau roa-panui, e taea ai te raupapa o nga tuhinga mRNA roa-katoa.Ko tenei huarahi ka whakahaere i te torotoro matawhānui o te momo momo momo, te whakakotahitanga ira, te poly-adenylation, me te inenga o te mRNA isoforms.
Ko te raupapa Nanopore e whakawhirinaki ana ki te nanopore kotahi-ngotaota tohu hiko wa-tūturu.Ma te aratakihia e nga pūmua motopaika, ka herea te DNA pae-rua ki nga pūmua nanopore kua mau ki roto i te kiriata koiora, ka wetewete i te wa e haere ana i te hongere nanopore i raro i te rereketanga ngaohiko.Ko nga tohu hiko motuhake i hangaia e nga turanga rereke i runga i te whenu DNA ka kitea, ka whakarōpūhia i roto i te waa-a-waa, e whakahaere ana i te raupapa nucleotide tika me te haere tonu.Ko tenei huarahi auaha ka hinga i nga herenga panui-poto me te whakarato i tetahi papaaho hihiri mo te tātaritanga ira ira uaua, tae atu ki nga rangahau transcriptomic matatini.
Paerewa: Nanopore Promethion P48
-
Te raupapa mRNA roa-katoa -PacBio
Ahakoa ko te raupapatanga mRNA e ahu mai ana i te NGS he taputapu maha mo te ine i te whakaputanga ira, na te whakawhirinaki ki nga panui poto ka aukati i te whakamahi i roto i nga tātaritanga tuhinga matatini.Ko te raupapa PacBio (Iso-Seq), i tetahi atu taha, e whakamahi ana i nga hangarau panui-roa, e taea ai te raupapa o nga tuhinga roa mRNA.Ko tenei huarahi e whakahaere ana i te torotoro matawhānui mo te whakahiatotanga rereke, te whakakotahitanga o te ira me te poly-adenylation ahakoa ehara i te mea te kowhiringa tuatahi mo te inenga korero ira, na te nui o nga raraunga e hiahiatia ana.
Ko te hangarau raupapa PacBio e whakawhirinaki ana ki te raupapa-a-roopu kotahi, wa-tuuturu (SMRT), e whakarato ana i te painga motuhake ki te hopu i nga tuhinga roa mRNA.Ko tenei huarahi auaha ko te whakamahi i nga kaiarahi ngaru-kore (ZMWs), nga puna hangahanga moroiti e taea ai te mataki i te waa-a-waa o te mahi polymerase DNA i te wa o te raupapa.I roto i enei ZMW, ka whakahiatohia e te polymerase DNA a PacBio he whenu taapiri o te DNA, ka whakaputa i nga panui roa e toro ana i te katoa o nga tuhinga mRNA.Ko te mahi a PacBio i roto i te Aratau Whakaaetanga Porohita (CCS) ka whakarei ake i te tika ma te whakaraupapa tonu i te ngota ngota kotahi.Ko nga panui HiFi i hangaia he tika te whakataurite ki te NGS, ka whai waahi atu ki te tātaritanga matawhānui me te pono o nga ahuatanga whakawhiti korero uaua.Paerewa: PacBio Sequel II
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
Ko te raupapa mRNA e whakamana ana i te whakamaarama matawhānui o nga tuhinga mRNA katoa i roto i nga pūtau i raro i nga tikanga motuhake.Ko tenei hangarau hou he taputapu kaha, e hura ana i nga korero mo te whakaputa ira ira, nga hanganga ira, me nga tikanga rapoi e hono ana ki nga momo tikanga koiora.I whakamahia nuitia i roto i te rangahau taketake, te tātari haumanu, me te whanaketanga raau taero, ko te raupapa mRNA e whakaatu ana i nga maaramatanga ki nga uauatanga o te hihiko pūkoro me te ture ira.
Papaaho: Illumina NovaSeq X
-
Kore-Reference based mRNA Sequencing-Illumina
Ko te raupapa mRNA e whakamana ana i te whakamaarama matawhānui o nga tuhinga mRNA katoa i roto i nga pūtau i raro i nga tikanga motuhake.Ko tenei hangarau hou he taputapu kaha, e hura ana i nga korero mo te whakaputa ira ira, nga hanganga ira, me nga tikanga rapoi e hono ana ki nga momo tikanga koiora.I whakamahia nuitia i roto i te rangahau taketake, te tātari haumanu, me te whanaketanga raau taero, ko te raupapa mRNA e whakaatu ana i nga maaramatanga ki nga uauatanga o te hihiko pūkoro me te ture ira.
Papaaho: Illumina NovaSeq X
-
Roa-kore-waehere raupapa-Illumina
Ko nga RNA kore-waehere roa (lncRNAs) he RNA te roa ake i te 200 nucleotides he iti nei te kaha o te whakawaehere, he mea tino nui i roto i te RNA kore-waehere.Ka kitea i roto i te karihi me te cytoplasm, ka whai waahi nui enei RNA i roto i nga ture epigenetic, transcriptional, me muri-whakawhitinga, e whakaatu ana i to raatau hiranga ki te hanga i nga tukanga pūkoro me te ngota.Ko te raupapa LncRNA he taputapu kaha i roto i te rereketanga o te Pūtau, Ontogenesis, me nga mate Tangata.
Paerewa: Illumina NovaSeq
-
Te raupapa RNA iti-Illumina
Ko nga ngota ngota RNA iti (sRNA), ko te tikanga kei raro i te 200 nucleotides te roa, kei roto ko nga microRNAs (miRNAs), nga RNA pokanoa iti (siRNAs), me nga piwi-interacting RNAs (piRNAs).I roto i enei, ko nga miRNA, tata ki te 20-24 nucleotides te roa, he mea tino rongonui mo o raatau mana whakahaere i roto i nga momo momo mahi pūkoro.Ma nga tauira korero motuhake me te waahanga-motuhake, ka whakaatu nga miRNA i te tino tiaki puta noa i nga momo rereke.
Paerewa: Illumina NovaSeq
-
circRNA raupapa-Illumina
Ko te raupapa RNA porowhita (circRNA-seq) he tohu me te tātari i nga RNA porohita, he karaehe ngota ngota RNA e hanga ana i nga koropiko katia na te kore-canonical splicing takahanga, e whakarato ana i enei RNA ki te mau tonu.Ahakoa kua kitea etahi circRNAs hei hautai microRNA, he whakakorikori i nga microRNAs me te aukati i a raatau ki te whakahaere i o raatau mRNAs whaainga, ko etahi atu circRNA ka mahi tahi me nga pūmua, te whakarereke i te whakaaturanga ira, ka whai waahi ranei i roto i nga tukanga pūkoro.Ko te tātari korero a circRNA e whakarato ana i nga tirohanga ki nga mahi ture o enei ngota ngota me o raatau hiranga i roto i nga momo momo tukanga pūkoro, nga waahanga whanaketanga, me nga ahuatanga o te mate, e whai waahi ana ki te maaramatanga hohonu ki te uaua o te ture RNA i roto i te horopaki o te whakaaturanga ira.
-
Katoa te raupapa tuhinga - Illumina
Ko te raupapa tuhinga tuhi katoa e tuku ana i te huarahi matawhānui ki te whakaatu i nga momo ngota ngota RNA kanorau, e uru ana ki nga tohu e rua (mRNA) me nga RNA kore-waehere (lncRNA, circRNA, me te miRNA).Ko tenei tikanga ka hopu i te katoa o nga tuhinga o nga pūtau motuhake i te wa kua whakaritea, e taea ai te maaramatanga katoa ki nga tikanga pūkoro.Kei te mohiotia ano ko "te raupapa RNA katoa," e whai ana ki te hura i nga whatunga ture whakaraerae i te taumata transcriptome, ka taea te tātari hohonu penei i te whakataetae RNA endogenous (ceRNA) me te tātari RNA tahi.Ka tohu tenei i te taahiraa tuatahi ki te tohu mahi, ina koa ki te wetewete i nga whatunga ture e pa ana ki nga taunekeneke ceRNA-a-circRNA-miRNA-mRNA.
