Te Tipu/Animal De Novo Genome Sequencing
Painga Ratonga
Te whakawhanaketanga o nga papaaho raupapa me te bioinformatics i rotono novohui genome
(Amarasinghe SL et al.,Koiora Genome, 2020)
● Te hanga ira hou me te whakapai ake i nga momo tohutoro o naianei mo nga momo paanga.
● Te tika ake, te haere tonu me te whakaoti i te huihuinga
● Te hanga rauemi taketake mo te rangahau i roto i te raupapa polymorphism, QTLs, whakatika ira, whakatipuranga, aha atu.
● He mea whakakikoruatia ki te tuāwhiorangi katoa o nga papaa raupapa whakaahuru-whakatupuranga: otinga huinga huinga ira kotahi-mutu
● Rautaki ngawari me te whakahiato rautaki e whakatutuki ana i nga momo momo momo me nga ahuatanga rereke
● Ko te roopu bioinformatician tino mohio me te wheako nui ki nga huihuinga genome matatini, tae atu ki te polyploids, nga genomes nui, etc.
● Neke atu i te 100 nga keehi angitu me te whakahiatotanga o nga take paanga kua whakaputaina neke atu i te 900
● Te wa huri-a-te-tere ki te 3 marama mo te whakahiato ira-a-ira.
● He tautoko hangarau pakari me te raupapa o nga patent me nga mana pupuri rorohiko i nga taha whakamatautau me nga korero koiora.
Whakatakotoranga Ratonga
|
Ihirangi
|
Paerewa
|
Pānui Te Roa
|
Te kapi
|
| Rangahau Genome
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Whakaraupapa Genome
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi Pānui
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Te rere mahi
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
Whakaritenga Tauira:
| Nga momo | Kopa | Mo PacBio | Mo Nanopore |
| Kararehe | Nga whekau visceral (ate, spleen, etc.) | ≥ 1.0 g | ≥ 3.5 g |
| Te uaua | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g | |
| Te toto o nga kararehe whakangote | ≥ 1.5 mL | ≥ 5.0 mL | |
| Te toto o te ika, o te manu ranei | ≥ 0.2 mL | ≥ 0.5 mL | |
| Nga tipu | Rau hou | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g |
| Te puapua, te kakau ranei | ≥ 3.5 g | ≥ 10.0 g | |
| Nga pakiaka, nga kakano ranei | ≥ 7.0 g | ≥ 20.0 g | |
| Pūtau | Tikanga pūtau | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu: 2 ml ngongo centrifuge (Kāore i te tūtohutia te konumohe tine)
Mo te nuinga o nga tauira, ka tūtohu kia kaua e rongoa ki te waihano.
Tauira tapanga: Me tino tapanga nga tauira me te rite ki te puka korero tauira kua tukuna.
Tukunga: Tio-maroke: Me kiki nga tauira ki roto i nga peeke i te tuatahi ka tanumia ki te huka-maroke.
Te Rerenga Mahi Ratonga
Hoahoa whakamatautau
Te tuku tauira
tangohanga DNA
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
*Ko nga hua demo e whakaatuhia ana i konei ko nga momo ira i whakaputaina me Biomarker Technologies
1.Circos i runga i te chromosome-level genome assembly ofG. rotundifoliumna Nanopore sequencing platform
Wang M et al.,Koiora Molecular and Evolution, 2021
2.Tatauranga o Weining rai genome huinga me te tuhipoka
Li G et al.,Nature Genetics, 2021
3.Ira matapae oSechium edulegenome, i ahu mai i nga tikanga matapae e toru:De novomatapae, matapae e pa ana ki te Homology me te matapae raraunga RNA-Seq
Fu A et al.,Rangahau Ahuone, 2021
4.Tautuhinga o te kapeka roa mau tonu i roto i nga momo miro e toru
Wang M et al.,Koiora Molecular and Evolution, 2021
5.Hi-C mapi wera o teC. acuminatagenome whakaatu ira-whanui-a-te-katoa nga taunekeneke.Ko te kaha o nga taunekeneke Hi-C he rite ki te tawhiti raina i waenga i nga contigs.Ko te raina tika i runga i tenei mapi wera e tohu ana he tino tika te punga o nga contigs i runga i nga chromosomes.(Owehenga punga Contig: 96.03%)
kang M et al.,Whakawhitiwhiti Nature,2021
Take BMK
Ko tetahi huihuinga ira-kounga teitei e whakaatu ana i nga ahuatanga ira ira rai me nga ira nui agronomically
Whakaputaina: Nature Genetics, 2021
Rautaki raupapa:
Huihuinga Genome: Aratau PacBio CLR me te whare pukapuka 20 kb (497 Gb, tata ki te 63×)
Whakatikatika raupapa: NGS me te whare pukapuka DNA 270 bp (430 Gb, tata ki te 54×) i runga i te papaaho Illumina
Contigs punga: Hi-C library(560 Gb, approx. 71×) on Illumina platform
Mahere whatu: (779.55 Gb, āhua 99×) i runga i te Bionano Irys
Nga hua matua
1.I whakaputahia he huihuinga o Weining rye genome me te tapeke o te rahi o te ira o te 7.74 Gb(98.74% o te rahi o te ira ira ma te rere cytometry).Ko te Scaffold N50 o tenei huihuinga i eke ki te 1.04 Gb.93.67% o nga contigs i tutuki pai ki te 7 pseudo-chromosomes.I aromatawaihia tenei huihuinga e te mapi hono, LAI me BUSCO, i hua mai i nga kaute teitei i roto i nga aromatawai katoa.
2. Ko etahi atu rangahau mo te whakatairite ira, mapi hononga ira, rangahau transcriptomics i mahia i runga i te turanga o tenei ira.He raupapa o nga ahuatanga e pa ana ki nga ahuatanga ira ira i kitea tae atu ki nga taarua ira ira-whanui me te paanga ki nga ira koiora mangaro;te whakahaere tinana o te waahi prolamin matatini, nga ahuatanga whakaputa ira kei raro i te ahuatanga o te upoko moata me nga rohe chromosomal e pa ana ki te kainga me te waahi kei te rai.
 Ko te hoahoa Circos mo nga ahuatanga ira tangata o Weining rai genome |  Te kunenga me te chromosome synteny tātaritanga o te ira rai |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Ko tetahi huihuinga ira-kounga teitei e whakaatu ana i nga ahuatanga ira ira rai me nga ira nui agronomically.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
