TE KUPURANGA GENOME
PNAS
Te takenga mai o te kukuwhatanga me te hitori o te kainga o te ika koura (Carassius auratus)
PacBio |Maramarama |Bionano Genome Map |Hi-C Genome Assembly |Mahere Ira |GWAS |RNA-Seq
Nga mea nui
1.I whakahōuhia te momo karaehe koura ki te putanga hui-kounga teitei, e 95.75% o nga contigs ki te 50 pseudochromosomes (Scaffold N50=31.84 Mb).E rua nga iraroto i wehea.
2. Ko nga rohe ira ira tangata o te sweeps whiriwhiri i te wa o te kainga i kitea mai i te resequencing raraunga o 201 tangata, hurahia neke atu i te 390 ira kaitono e hono ana pea ki nga ahuatanga o te kainga.
3.GWAS i runga i te hiku o te ika koura kua whangaihia e 378 nga ira kaitono e hono ana pea.I tohuhia he kairipoata tyrosine-protein kinase he ira takenga kaitono e pa ana ki te maarama
Papamuri
Ko te ika koura (Carassius auratus) tetahi o nga ika tino nui o te paamu, he mea whangai mai i te carp crucian i Haina o mua.I korerohia e Charles Darwin "Ma te whakawhiti i te rereketanga o te tae, ka tutaki tatou ki nga whakarereketanga tino whakamiharo o te hanganga".Ko nga ahuatanga tino rerekee me te hitori roa o te whakatipu me te whakatipuranga ka waiho te ika koura hei punaha tauira ira tino pai mo te ahuwhenua me te kukuwhatanga ika.
Paetae
Iraira ika koura
JKo te tātari hinu o te PacBio me te Illumina nga raraunga raupapa takirua-mutunga ka puta he huinga tauira 1.657 G tuatahi (Contig N50=474 Kb).I hangaia te mapi mata o Bionano me te whakatika i te huihuinga ki te 1.73 Gb te rahi (Te rahi o te ira ira: 1.8 Gb).Ko te huihuinga i runga i te Hi-C i whakapai ake i te scaffold N50 mai i te 606 Kb ki te 31.84 Mb me te eke ki te 95.75% (1.65 Gb) me te whakahau i te reiti punga.Kei roto i te genome 56,251 nga ira tohu me te 10,098 te roa o te tuhinga kore-waehere.I tua atu, 38 pea nga rohe centromeric i matapaehia mai i te 50 chromosomes.
Fig.1 Te ika koura Genome
The huinga maramara o nga iraroto i kitea i roto i nga chromosomes ika koura e 50 i hua mai i te huihuinga ranu o mua.Ko te huinga o nga chromosomes he nui ake te waahanga o nga panui e honoa ana i waenga i nga ika koura me te Barbinae i tautuhia ko te iraroto A (ChrA01~A25), ara ko te iraroto noa ki a Barbinae, ko nga toenga hei iraroto B (ChrB01~B25).
Te kainga me nga mahi whiriwhiri
A16 nga momo mohoao crucian carps me te 185 nga momo momo ika koura he resequence me te hohonu o te raupapa o te 12.5X, e whakaputa ana i te 4.3 terabases o nga raraunga.Ko te hanga ano o te phylogenetic me te tātari PCA i whakapumau i te hononga tata i waenga i nga ika koura noa me te carp crucian atu i etahi atu ika koura, i wehea i muri nei kia rua nga whakapapa.
LKo te tātaritanga pirau D i runga ake i nga taupori iti e wha i tautoko i te noho o te taupori ira ira i te wa o te whakangao me te kaha o te kowhiringa horihori i roto i nga ika koura.Ko te piki ake o te kanorau ira (π) mai i te kari karu ki te ika koura noa atu ki te ika koura Wen me te ika koura Egg i tohu he nui te kohinga o nga rereketanga ira i te wa e whangai ana ratou.E 50 nga rohe ira ira e kapi ana i te 25.2 Mb me te 946 nga ira i kitea mai i nga raraunga tohu (33 ika koura me te 16 crucian crap).I te whakawhānui ake i te tātaritanga ki te 201 takitahi, 393 nga ira i tohu i nga rohe kua oti te tango whiriwhiri.Ko enei ira i kitea he iti te kanorau, tera pea i whai waahi ki nga tohu tohu e pa ana ki nga ahuatanga whakatipuranga nui o te ika koura.
Fig.3 Genome-wide domestication-related analysis
GWAS i runga i nga ika koura whangai
DKo te fin orsal te mea nui e wehewehe ana i a Wen goldfish me Egg goldfish.Ko te GWAS o te tara o muri i runga i te 96 Wen koura me te 87 Egg goldfish i kitea e 378 nga ira kaitono i horapa puta noa i nga chromosomes 13, a, i kitea te tohatoha koretake o enei ira i waenga i nga iraroto.Ko te tātaritanga mahi i runga i enei ira kaitono i whakaatu i nga tikanga koiora tae atu ki te "Te tohu tohu kaikawe mata o te mata", "Transmembrane transportation", "Whakawhanaketanga punaha anga", etc.
Fig.4 GWAS o te tara o muri i runga i nga ika koura whangai
In GWAS o nga ahuatanga e pa ana ki te tauine maramara, i kitea he tihi hononga kaha kotahi.I kitea he ira e whakawaehere ana i te kaiawhina kinase tyrosine-protein kinase i tetahi o nga rohe kaitono.
Fig.5 GWAS o nga ahuatanga e pa ana ki te tauine marama
Tohutoro
Chen D et al.Te takenga mai o te kunenga me te hitori o te kainga o te ika koura (Carassius auratus).PNAS (2020)
Rongorongo Ko te whainga ki te tiri i nga keehi angitu hou me Biomarker Technologies, te hopu i nga whakatutukitanga putaiao hou me nga tikanga rongonui i whakamahia i te wa o te ako.
Wā tuku: Hanuere-04-2022