KATOA GENOME RESEQUENCING
He rereke te hanganga o te taupori Hainamana me o raatau paanga ki nga tohu tohu, nga mate me te urutaunga taupori
Nanopore |PacBio |Te raupapa-a-ira-ira katoa |Waea rerekētanga hanganga
I roto i tenei rangahau, ko te raupapa Nanopore PromethION i whakaratohia e Biomarker Technologies.
Nga mea nui
I roto i tenei rangahau, i whakaatuhia he whenua whanui mo nga rereketanga hanganga(SV) i roto i te ira tangata me te awhina o te raupapa panui-roa i runga Nanopore PromethION platfrom, e whakahohonu ana i te mohiotanga o nga SV i roto i nga tohu tohu, nga mate me te whanaketanga.
Hoahoa Whakamatau
Tauira: Ko nga leukocytes toto tahataha o te 405 takitahi Hainamana (206 tane me te 199 wahine) me te 68 tohu tohu me nga inenga haumanu.I roto i nga tangata katoa, ko nga rohe tupuna o nga tangata takitahi 124 he porowini i Te Taitokerau, ko era o nga tangata takitahi 198 ko te Tonga, 53 ko te Tonga ki te hauauru me te 30 kaore i te mohiotia.
Rautaki Whakaraupapa: Ko te raupapa ira-ira-roa-roa (LRS) me nga panui Nanopore 1D me nga panui PacBio HiFi.
Te raupapa raupapa: Nanopore PromethION;PacBio Sequel II
Waea Rerekētanga Hanganga
Whakaatu 1. Reremahi o te waea SV me te tātari
Nga Paetae Matua
Te kitenga rereke o te hanganga me te whakamana
Nanopore dateset: I roto i te katoa o te 20.7 Tb panui ma i hangaia i runga i te papaaho raupapa PromethION, ka eke ki te toharite o te 51 Gb raraunga mo ia tauira, tata.17-fold te hohonu.
Tirohanga ira tohutoro(GRCh38): I tutuki te reeti mapi toharite o te 94.1%.He rite tonu te reeti hapa hapa (12.6%) ki te rangahau tohu tohu o mua (12.6%) (Whakaahua 2b me 2c)
Te rereketanga o te hanganga(SV) waea: Ko nga kaiwaea SV i tono i roto i tenei rangahau ko Sniffles, NanoVar me NanoSV.Ko nga SV tino maia i tautuhia hei SV i tautuhia e nga kaikawe e rua neke atu, ka tukuna he tātaritanga i runga i te hohonu, te roa me te rohe.
Ko te toharite 18,489 (mai i te 15,439 ki te 22,505) nga SV tino maia i kitea i ia tauira.(Whakaahua 2d, 2e me 2f)
Whakaahua 2. Te whenua whanui o nga SV i tautuhia e te huingararaunga Nanopore
Whakamanatanga e PacBio: Ko nga SV kua tautuhia i roto i te tauira kotahi(HG002, tamaiti) i whakamanahia e te huingararaunga PacBio HiFi.Ko te nuinga o te reeti kitenga teka(FDR) he 3.2%, e whakaatu ana i te tohu SV tino pono na Nanopore panui.
Ko nga SV kore-tuuturu me nga ahuatanga genomic
Nga SV-kore-kore: Ko te huinga 132,312 SV kore-kore i whiwhihia ma te whakakotahi i nga SV i roto i nga tauira katoa, kei roto ko 67,405 DEL, 60,182 INS, 3,956 DUP me 769 INV.(Whakaahua 3a)
Whakatauritenga ki nga huingararaunga SV o mua: I whakatauritea tenei huingararaunga ki nga huingararaunga TGS, NGS ranei i whakaputaina.I roto i nga huingararaunga e wha kua whakatairitehia, ko LRS15, koinei anake te huingararaunga mai i te papaaapapa raupapa-roa kua panuitia(PacBio) i tiritiri i nga taapiri nui rawa atu ki tenei huingararaunga.I tua atu, 53.3%(70,471) o nga SV i roto i tenei huinga raraunga i panuitia mo te wa tuatahi.Ma te titiro ki ia momo SV, he nui ake te maha o nga INS kua ora ake me te raupapa raupapatanga kua roa i te panui i era atu o nga panui-poto, e tohu ana he tino pai te raupapa panui-roa ki te kimi INS.(Whakaahua 3b me 3c)
Whakaatu 3. Nga ahuatanga o nga SV kore-tuuturu mo ia momo SV
Nga ahuatanga o te ira tangata: Ko te maha o nga SV i kitea he tino hono ki te roa o te chromosome.Ko te tohatoha o nga ira, tukurua, DEL(matomato), INS(puru), DUP(kowhai) me INV(karaka) i whakaatuhia ki te hoahoa Circos, i kitea te pikinga whanui o te SV i te mutunga o nga ringaringa chromosome.(Whakaahua 3d me te 3e)
Te roa o nga SV: Ko nga roa o nga INS me nga DEL i kitea he tino poto ake i era o nga DUP me nga INV, i whakaae ki nga mea i tautuhia e PacBio HiFi huingararaunga.Ko te roa o nga SV katoa kua tautuhia kua tapirihia ki te 395.6 Mb, i noho ki te 13.2% o te ira tangata katoa.Ko nga SV i pa ki te 23.0 Mb(approx. 0.8%) o te genome ia takitahi i te toharite.(Whakaahua 3f me 3g)
Ko nga paanga mahi, tohu tohu me te haumanu o nga SV
Ko te ngaronga o te mahi (pLoF) SVs: Ko nga pLoF SV i tautuhia ko nga SV e taunekeneke ana ki te CDS, i whakakorehia nga nucleotides, i whakarerekehia ranei nga ORF.I te katoa o te 1,929 pLoF SV e pa ana ki te CDS o te 1,681 nga ira i tuhia.I roto i era, 38 nga ira i tohu i te "immunoglobulin receptor here" i roto i te tātaritanga whakarangatira GO.Ko enei pLoF SV i tohuhia ano e GWAS, OMIM me COSMIC.(Whakaahua 4a me 4b)
SVs Phenotypically me te haumanu: He maha o SV i roto i te huingararaunga nanopore i whakaatuhia he tohu tohu me te whai take haumanu.Ko te DEL heterozygous onge o te 19.3 kb, e mohiotia ana hei take alpha-thalassemia, i kitea i roto i nga tangata e toru, na te mea i paheke nga ira o te Hemoglobin Subunit Alpha 1 me 2( HBA1 me HBA2).Ko tetahi atu DEL o te 27.4 kb i runga i te tohu ira ira Hemoglobin Subunit Beta(HBB) i kitea i roto i tetahi atu tangata.Ko tenei SV i mohiotia he nui te hemoglobinopathies.(Whakaahua 4c)
Whakaahua 4. pLoF SVs e hono ana ki nga tohu tohu me nga mate
He DEL noa o 2.4 kb i kitea i roto i te 35 homozygous me te 67 heterozygous kawe, e kapi ana i te rohe katoa o te 3rd exon o Growth Homone Receptor(GHR).Ko nga kaikawe homozygous i kitea he poto ake i nga heterzygous (p=0.033).(Whakaahua 4d)
I tua atu, i tukatukahia enei SV mo nga rangahau whanaketanga taupori i waenga i nga roopu rohe e rua: Te Tai Tokerau me te Tonga o Haina.I kitea nga SV tino rerekee kua tohatohahia i runga i te Chr 1, 2, 3, 6,10,12,14 me 19, i roto i enei, ko nga mea o runga e hono ana ki nga rohe aukati, penei i te IGH, MHC, me etahi atu. Ko te rerekeetanga o enei SV na te paheketanga ira me te wa roa ka kitea ki nga waahi kanorau mo nga taupori iti i Haina.
Tohutoro
Wu, Zhikun, et al."He rereke nga hanganga o te taupori Hainamana me o raatau paanga ki nga tohu tohu, nga mate me te urutaunga taupori."koioraRxiv(2021).
Nga korero me nga mea nui Ko te whainga ki te tiri i nga keehi angitu hou me Biomarker Technologies, te hopu i nga whakatutukitanga putaiao hou me nga tikanga rongonui i whakamahia i te wa o te ako.
Te wa tuku: Hanuere-06-2022