TE KUPURANGA GENOME
Genome De novo
Huihuinga|Te whakatau ira Ko nga mahi raupapa katoa me nga ratonga bioinformatic wahanga i whakaratohia e Biomarker Techonologies.
Putanga
“Ko te ahua rongonui o nga tarakona kei roto ko nga taapiri-rau-rau, he waha tubular kore niho, me te haputanga tane e uru ana ki te whakawhao i nga hua kua wairakau ki runga i te "painga pi" tuwhera.Kua whakaraupapahia e matou nga momo ira tane me te wahine o te tarakona noa (Phyllopteryx taeniolatus) me ona momo tino tata, te alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Ko nga tuhinga tuhi mai i tetahi mea hou, ko nga taapiri penei i te rau, e whakaatu ana ko te huinga o nga ira e uru ana ki te whanaketanga o nga tara kua tohua me te whakarangatiratanga o nga tuhinga tuhi mo te whakatikatika i te kiko me nga ira parepare.Ko nga mutants zebrafish mo scpp5, e ngaro ana i roto i nga syngnathids katoa, i kitea ki te kore, kua paheke ranei nga niho pharyngeal, e tautoko ana i te whakapae na te ngaronga o te scpp5 i uru ki te ngaro o nga niho i roto i te syngnathids.I kitea he waahi whakatau ira tangata e whakawaehere ana i te ira amhr2y motuhake-tangane e tiritiria ana e te tarakona noa me te ika paipa alligator. ”
Nga rauemi me nga tikanga:
Rauemi
Fto tatou tarakona noa (P. taeniolatus) me nga ika paipa alligator e rua (S. biaculeatus) tauira.E rua nga tarakona noa (kotahi te tane me te wahine kotahi) me nga ika paipa alligator e rua (kotahi te tane me te wahine kotahi) i whakamahia mo te raupapa ira-ira katoa, me etahi atu tangata e rua nga tane moana noa i whakamahia mo te resequencing ira.
Rautaki Whakaraupapa Genome
270/350 bp whare pukapuka (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) or Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000) .sequencing, me etahi atu tangata takitahi seadragon tane e rua i whakamahia mo te resequencing genome.
Te Whakaraupapa Whakaraupapa
Fi kohia ranei te tarakona, te roro, te kanohi, te hau, te ate, te ngakau, te whatukuhu, te whekau, te uaua, te tara, te kiri, te ahua o te rau, te whatukuhu, me te ovary.
Rautaki huihuinga Genome de novo
Canu (Whakatika) + WTDBG2 (Assembly) + Pilon(Polish) + Lachesis (Hi-C).
Hua Matua
Fig. 1. Ko nga ahuatanga matua o te tarakona noa (P. taeniolatus) me te ika paipa alligator (S. biaculeatus) me o raua tuunga phylogenetic.
Fig. 2. Te Morphology me te hanga ira o nga taapiri ahua-rau i te tarakona noa (P. taeniolatus).
Fig. 3. Te ira whakatau ira tangata i roto i te tarakona noa (P. taeniolatus) me te paipa alligator (S. biaculeatus).
Fig. 4. Nga tohu ahua o nga niho Pharyngeal i roto i nga zebrafish scpp5 mutants homozygous.
Te wa tuku: Hanuere-08-2022