GENOME EVOLUTION, PANGENOME
He aha te Pan-genome?
Ko nga taunakitanga kua whakaemihia e whakaatu ana he nui te rerekeetanga o nga momo riaka o tetahi momo.He tawhiti rawa te kotahi ira ira ki te tiki i te pikitia katoa o nga korero ira o te momo kotahi.Ko te kaupapa o te rangahau Pan-genome he kii i te kauwhata ira ira tino whanui o tetahi momo me te wetewete i nga hononga i waenga i nga ahuatanga me nga waehere ira ma te whakahaere i te huihuinga genome de novo o nga riaka maha, e taea ai te keri hohonu me te whanui o nga rereketanga.
Nga ia o te Pan-genome Study
Whakaahua 1 Nga ia o nga pepa rangahau kua whakaputaina o Pan-genome.
Tuhipoka: Ko te ahua e whakaatu ana i te hua o te tango i te "pan-genome" hei kupu matua ki te rapu i nga taitara o nga tuhinga i whakaputaina i roto i nga hautaka raupapa Nature, Cell and Science.
a.Ko nga panui mai i nga tauira maha ka honoa ki tetahi tohutoro, ka whakahiatohia nga mea karekau ki roto i nga hononga hou.Ma te taapiri i enei taapiri pukapuka ki te raupapa tohutoro taketake, ka taea te hanga tohutoro pangenome.Ka whakatauhia nga rohe karekau i runga i te mapi i nga panui katoa ki te pangenome.
b.Ko te huihuinga De novo o nga ira o nga whakaurunga maha ka taea e nga huarahi whakatikatika ira katoa ki te tautuhi i nga rohe ira tangata ka taea.
c.Ka taea te hanga i te kauwhata pan-genome mai i nga tirohanga ira ira katoa, ma te huihuinga kauwhata de novo ranei, e penapena pai ana i nga korero rereke o nga rohe karekau hei huarahi ahurei puta noa i te kauwhata.
Me pehea te hanga i te Pan-genome?
Whakaatu 2 Te whakataurite o nga huarahi pan-genome1
a.Ko nga panui mai i nga tauira maha ka honoa ki tetahi tohutoro, ka whakahiatohia nga mea karekau ki roto i nga hononga hou.Ma te taapiri i enei taapiri pukapuka ki te raupapa tohutoro taketake, ka taea te hanga tohutoro pangenome.Ka whakatauhia nga rohe karekau i runga i te mapi i nga panui katoa ki te pangenome.
b.Ko te huihuinga De novo o nga ira o nga whakaurunga maha ka taea e nga huarahi whakatikatika ira katoa ki te tautuhi i nga rohe ira tangata ka taea.
c.Ka taea te hanga i te kauwhata pan-genome mai i nga tirohanga ira ira katoa, ma te huihuinga kauwhata de novo ranei, e penapena pai ana i nga korero rereke o nga rohe karekau hei huarahi ahurei puta noa i te kauwhata.
I whakaputaina tata nei nga Pan-genomes
● Rape pan-genomes2
● Tomato pan-genomes 3
● Raihi Pan -genome4
● Sunflower Pan-genome5
● Soybean Pan-genome 6
● Raihi Pan-genome7
● Barley Pan-genome8
● Wheat Pan-genome9
● Sorghum Pan-genome10
● Phytoplankton Pan-genome11
Tohutoro
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Ko nga tipu pan-genomes te tohutoro hou.Nga tipu Nat.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Waiata JM, Guan Z, Hu J, et al.E waru nga karaehe kounga teitei e whakaatu ana i te hoahoanga pan-genome me te rereketanga o te momo rauropi o Brassica napus.Nga tipu Nat.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.Ka hurahia e te pan-genome tōmato nga ira hou me te allele onge hei whakarite i te reka hua.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Ko te tātari pan-genome e whakaatu ana i te whānuitanga o te rerekeetanga o te ira tangata i roto i te raihi whakatipu me te raihi mohoao [ka puta te whakatikatika i roto i te Nat Genet.2018 Akuhata;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Ko te tātaritanga pan-genome putirā e whakaatu ana na te whakakotahitanga i whakarereke i te ihirangi ira me te aukati mate.Nga tipu Nat.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-Genome of Wild and Curtivated Soybeans.Pūtau.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Ko te tātari pan-genome o te 33 nga whakaurunga raihi kanorau kanorau e whakaatu ana i nga rereketanga ira tangata huna [i whakaputaina i runga ipurangi i mua o te panui, 2021 Mei 25].Pūtau.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Ko te pan-genome parei e whakaatu ana i nga taonga huna o te whakatipu irakētanga.Taiao.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.He maha nga momo ira witi e whakaatu ana i te rereketanga o te ao i roto i te whakatipuranga hou.Taiao.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.He nui te rerekeetanga i roto i te pan-genome o te sorghum ngaki me te mohoao [i whakaputaina i runga ipurangi i mua i te panui, 2021 Mei 20].Nga tipu Nat.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Ko te pangenome Phytoplankton e whakaatu ana i te whakawhitinga ira whakapae prokaryotic o nga mahi kanorau.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.I whakaputaina 2020 Apr 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Wā tuku: Hanuere-04-2022