I te tau 2021, i kite a BMKGENE i te 31 De novo genome rangahau i whakaputa angitu i roto i nga hautaka whai paanga nui me te katoa o nga awenga paanga i runga i te 320. 15 o nga tuhinga i tuhia tahitia 4 o ratou i tuhia tahitia hei kaituhi tuatahi na BMKGENE
I muri tonu mai i te timatanga o te tau 2022, e rua kua panuitia nga tuhinga rangahau i runga i te hautaka "Natural Genetics" me te "Molecular Plant".Ko enei, "E rua nga momo haplotypes rereke mai i te momo ira reihi tino heterozygous e whakaatu ana i nga huihuinga whanau motuhake mo nga maara moata me te mutunga o te maoa" (Rairangi rangahau ira ira, i whakahaerehia e te Kareti o te Horticulture, te whare wananga ahuwhenua o Haina ki te Tonga, me nga hoa mahi putaiao, i whakaputaina i runga i te Natural Genetics. ), me "Nga raupapa ira o nga momo Sitopsis e rima o Aegilops me te takenga mai o te witi polyploid B-subgenome" (E rima nga momo momo momo Sitopsis, i whakahaerehia e te roopu rangahau a Ahorangi Bao Liu o Te Whare Wananga o Northeast Normal University.).Ka arotake ano matou i enei tuhinga e rua ka tohatoha ki a maatau kaipānui.
Inaianei, me titiro ki nga tuhinga rangahau tino pai i whakaputaina i te tau 2021 i tuhia e BMK me a maatau whakaurunga mahi tahi.
Tipu Genome — Nga pakaruhanga i runga i nga momo momo maha.
1.Ko te huihuinga ira-kounga teitei e whakaatu ana i nga ahuatanga o te ira rai me nga ira tino nui
Te Whare Mahi Mahi: Henan Agricultural University
Tuhituhi: Natural Genetics
Ahua Paanga: 38.31
I roto i tenei kaupapa, i whakaraupapahia te genome o Weining rai, he momo rai Hainamana.Ko nga contigs kua huihuia (7.74 Gb) e 98.47% o te rahi o te genome (7.86 Gb), me te 93.67% o nga contigs (7.25 Gb) kua tohua ki nga chromosomes e whitu.Ko nga huānga tukurua te 90.31% o te ira irahui.Ko etahi atu tātaritanga o te huihuinga Weining he whakamarama hou mo nga taaruatanga ira-a-whanui me te paanga ki nga ira koiora maaka, te whakahaere tinana o te waahi prolamin matatini, nga ahuatanga whakaputa ira kei raro i te ahuatanga o te upoko moata me nga rohe chromosomal e pa ana ki te kainga me te waahi i te rai.Ka oati tenei raupapa ira tangata ki te whakatere i nga rangahau ira-ira me te whakatipuranga i roto i te rai me nga hua pata.
2.Rose kahore he wero: nga tirohanga ira tangata e hono ana ki te urutaunga makuku
Whare Mahitahi: Kunming Institute of botany, Chinese Academy of Sciences
Journal: National Science Review
Ahua Paanga: 17.273
I roto i tenei kaupapa, i kohia nga tauira o 'Basye's Thornless' (BT, he maara kore-a-waa no Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, he momo momo ira tangata i roto i te whakatipu rohi), i kohia a ratou momo ranu F1 me BCF1.A, i hangaia he huinga tohutoro tohutoro teitei hei tautuhi i nga huānga ira e pa ana ki te whakawhanaketanga o te koikoi kakau.Ko te rahi o te genome he 530.6 Mb.Hei manatoko i te kounga o te ira irahui, he tātaritanga penei i te whakatairite mapi ira, BUSCO, NGS te panui i te reassembly, te whakatairite ki te OB haplotype, te raupapatanga o te reeti hapa hapa me te tirotiro uara LTR Assembly Index (LAI=20.03).Ko tenei rangahau e whakaatu ana i te tauira tuku iho matatini me te tikanga whakahaere o nga koikoi kakau me te whakarato i te turanga me nga rauemi hou hei ako i te koiora rohi me te maina tohu irapoo e hono ana ki nga ahuatanga whakahirahira.
3.Katoa-Genome Sequence of Synthesized Allopolyploids in Cucumis He whakaatu i nga tirohanga ki te Genome Evolution of Allopolyploidization
Whare Mahitahi: Nanjing Agricultural University
Tuhituhi: Pūtaiao Arā Atu Anō
Ahua Paanga: 16.801
I whakaatuhia e tenei rangahau te ira-kounga teitei o te allotetraploid waihanga i whiwhi ma te whakamahi i te whakakotahitanga interspecific i waenga i te kukama (C. sativus, 2n = 14) me ona momo whanaunga mohoao (C. hystrix, 2n = 24) me te taarua o te chromosome i muri mai, koinei te tuatahi. kua oti te raupapa allopolyploid waihanga.Ko te huihuinga o te genome i tono i te rerenga mahi o te raupapa "PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina", ka puta te rahi o te genome o 530.8Mb me te contig N50 = 6.5Mb.I whakawhiwhia nga panui ki te 19 pseudochromosomes me nga momo iraroto.Ko nga hua i tohu ko te whakakotahitanga, kaua ko te taarua ira, ka puta te nuinga o nga huringa ira i roto i nga momo momo karihi me te cp.I whakaarohia ko te heterozygosity kua whakaritea e whakarato ana i te C. ×hytivus me te nui ake o te urutaunga ahotea.Ko nga hua e whakaatu ana i nga tirohanga hou mo te whanaketanga polyploidy tipu me te tuku i te rautaki whakatipu mo nga hua a meake nei.
4.Whakaritea Te Iraira Whakataurite Whakanuia te Whakawhanui i te Whakawhanaketanga ira ira i waenga i te Whakawhanaketanga me te Hangahanga Kunenga o te Kopaki Genomic 3D i te Miro
Whare Mahitahi: Huazhong Agricultural University
Journal: Molecular Biology and Evolution
Ahua Paanga: 16.242
I whakamahia e tenei kaupapa te Nanopore Sequencing ki te whakahiato ira momo momo miro e toru ara: Gossypium rotundifolium (K2, rahi ira = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, rahi genome = 1.62Gb, contigN50 = 11.69Mb), me te G. raimondii (D5, rahi genome = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).Neke atu i te 99% o nga momo ira e toru i whakaemihia ma te Hi-C.Ko nga hua o te tātaritanga BUSCO ko 92.5%, 93.9% me te 95.4%.Ko enei tau katoa i tohu ko nga momo ira hui e toru he tohu tohu-tohu.Ko nga tātaritanga ira ira whakatairite i tuhi i nga korero mo te whakakaha ake i te whakapapa-motuhake TE e whai waahi ana ki nga rereketanga o te rahi o te ira ira.Ko tenei rangahau e whakamarama ana i te mahi o te whakawhitinga ira ira tangata i roto i te whanaketanga o te hanganga chromatin teitei i roto i nga tipu.
5.Kromosome-tauine hui me te tātari o te hua koiora Miscanthus lutarioriparius genome
Whare Mahitahi: CAS Center mo te Kairangi i roto i nga Maatauranga Tipu ngota
Journal: Nature Communications
Ahua Paanga: 14.912
I korerohia e tenei kaupapa he huihuinga chromosome-scale o Miscanthus lutarioriparius genome na roto i te whakakotahi i te raupapa Oxford Nanopore me nga hangarau Hi-C.Ko te huihuinga 2.07Gb e hipoki ana i te 96.64% o te genome, me te contig N50 o 1.71 Mb.Tata ki te 94.30% o nga raupapa katoa i mau ki roto i te 19 pseudochromosomes.Na roto i te whakataurite ki te raupapa BAC, te arotakenga LAI, te aromatawai BUSCO, te huihuinga ano me nga raraunga NGS, te kohikohi ano i nga raraunga whakawhiti, i aromatawaihia te genome hei kounga teitei me te haere tonu.Ko te takenga mai o te Allotetraploid o te M. lutarioriparius ka whakapumautia ma te whakamahi i nga tukurua peerangi centromeric.Ko nga ira taarua taarua o M. lutarioriparius e whakarangatira ana ehara i te mea e pa ana ki te whakautu ahotea, engari ko te biosynthesis taiepa pūtau.Ka whai waahi pea nga taarua ira i roto i te C4 photosynthesis me te whai waahi ki te Miscanthus C4 photosynthesis i te pāmahana iti.Ko te rangahau he tohutoro nui mo te ako i nga tipu koiora.
6. Ko te huihuinga genome Camptotheca acuminata taumata-chromosome e whakarato ana i nga tirohanga ki te takenga mai o te koiora camptothecin.
Whare Mahitahi: Te Whare Wananga o Sichuan
Journal: Nature Communications
Ahua Paanga: 14.912
I whakaatuhia e tenei kaupapa he huihuinga ira C. acuminata taumata-kounga teitei, me te rahi o te ira o te 414.95Mb me te contingN50 1.47Mb.I kitea e matou ka wheakohia e C. acuminata tetahi taarua-ira-ira motuhake me te maha o nga ira i ahu mai i a ia e pa ana ki te koiora o te camptothecin.Ko te rereketanga o te mahi o te ira LAMT me te whanaketanga pai o nga ira SLAS e rua, na reira, i uru nui nga mea e rua ki te biosynthesis camptothecin i C. acuminata.I whakanuia e nga hua te hiranga o te huihuinga ira-kounga teitei ki te tautuhi i nga huringa ira i te takenga mai o te metabolite tuarua.
7.Allele-defined genome heheu biallelic pārōnaki i roto i cassava kunenga
Te Whare Mahitahi: Te Whare Wananga o Haina mo nga Putaiao Ahuwhenua Tropical
Tuhituhi: Tipu Molecular
Tauranga Paanga: 13.162
I kohia e tenei kaupapa he momo tohutoro mo te cassava me te contigN50 1.1Mb ma te whakamahi i te papahanga raupapa Pacific Biosciences (PacBio).Whai muri i te arotakenga a BUSCO, LAI taupū, me te mapi ira tino kiato, ka whakapumauhia te ira irahui hei tohu-tohu.I tautuhia nga rohe taapiri, a, i mauhia nga contigs ki nga pseudochromosomes 18 ma te whakamahi i nga hononga Hi-C.He mea nui tenei ira tohutoro tohutoro mo te cassava te kounga teitei me te allele ki te tautuhi i nga rereke-rua i runga i nga chromosomes homologous, e taea ai te tuhura i te rereketanga me te whakaatu i te mana o nga bi-alleles me o raatau kaha taraiwa whanaketanga.Na tenei i whakaahei i nga rautaki whakatipu hou i roto i te cassava me etahi atu hua tino heterozygous.
8. Nga tirohanga ira mo te tipu tere o te paulownias me te hanganga o te puru a te makutu a Paulownia
Whare Mahi Mahi tahi: Henan Agricultural university
Tuhituhi: Tipu Molecular
Tauranga Paanga: 13.162
I whakaemihia e tenei kaupapa he ira karihi tino pai o Paulownia fortunei, 511.6 Mb te rahi, me te 93.2% o nga raupapa e mau ana ki te 20 pseudochromosomes.Ko te kaha ake o te mahi whakaahua ka puta ma te whakauru i te C3 photosynthesis me te ara whakawhiti waikawa crassulacean, i whai waahi pea ki te tipu tere o nga rakau paulownia.Ko te taapiri ira ira o te PaWB phytoplasma, me nga tātaritanga mahi, i tohu ko te PaWB-SAP54 te pahekoheko tika ki a Paulownia PfSPLa, na te mea ka paheke te PfSPLa e te huarahi takawaenga-ubiquitin ka arahi ki te hanga o te puruma makutu.Ko nga raraunga i whakarato i nga whakaaro nui ki te koiora o paulownias me te tikanga whakahaere mo te hanganga o te PaWB.
Kararehe kararehe – He tirohanga hohonu mo te whanaketanga momo
1. Ko te genome o Nautilus pompilius e whakamarama ana i te whanaketanga o te kanohi me te koiora
Whare Mahitahi: South China Sea Institute of Oceanology, CAS
Journal: Natural Ecology & Evolution
Tauranga Paanga: 15.462
I whakaatuhia e tenei kaupapa he momo ira tangata mo Nautilus pompilius.Kei a ia te iraira iti i waenga i nga cephalopods raupapa, ko te 730.58Mb me te contigN50 = 1.1Mb.Ko te hua arotakenga BUSCO he 91.31%.I honoa ki te transcriptome, proteome, te whanau ira me te tātaritanga phylogenetic, na tenei ira i homai he tohutoro taketake mo nga mahi hou o te cephalopod, penei i te kanohi pine me te koiora.I tohuhia e te rangahau ko te kino o te katootanga o te kahui ira Hox ka pa ki te ngaronga anga o Mollusks.Ko te mea nui, he maha nga whakahoutanga ira tae atu ki te ngaro o te ira, te whakahekenga motuhake me te roha o nga whanau ira motuhake me o raatau hononga herenga ture i hanga i te kukuwhatanga o te kanohi nautilus pinhole.Ko te ira o te nautilus he tino rauemi mo te hanga ano i nga ahuatanga o te kukuwhatanga me nga whakahoutanga ira e hanga ana i nga cephalopods e mau tonu ana.
2. Ko te tātari ira ira a Seadragon e whakarato ana i nga maaramatanga ki tana waahi tohu tohu me te waahi whakatau ira.
Whare Mahitahi: South China Sea Institute of Oceanology, CAS
Tuhituhi: Pūtaiao Advances
Tauranga Paanga: 14.132
Ko tenei kaupapa de novo-a-raupapa-raupapa-a-raupapa-a-ira o te tarakona noa (Phyllopteryx taeniolatus) me ona momo tino tata, te alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Ko te rahi ira mo Phyllopteryx taeniolatus he ~659 Mb（♂） me ~663 Mb（♀）, me te contigN50 o 10.0Mb me 12.1mb.te rahi o te ira mo Phyllopteryx taeniolatus he 637 Mb(♂）) me ~648 Mb（♀）, me te contigN50 o 18.0Mb me 21.0Mb.Na roto i te tātaritanga phylogenetic, ko te tarakona noa me te paipa alligator he taake tuahine o Syngnathinae, ka wehe i te 27.3 Ma ki mua.Ko nga tuhinga tuhi mai i tetahi mea hou, ko nga taapiri penei i te rau, e whakaatu ana he huinga ira e uru ana ki te whanaketanga o te tara kua tohua me te whakarangatira i nga tuhinga tuhi mo te whakatikatika i te kiko me nga ira parepare.I kitea he waahi whakatau ira tangata e whakawaehere ana i te ira amhr2y motuhake-tangane e tiritiria ana e te tarakona noa me te ika paipa alligator.Ko tenei kaupapa he taunakitanga tino nui mo nga rangahau mo te whanaketanga urutau.
Te wa tuku: Sep-19-2022