TE KUPURANGA GENOME
taiao
NGA KORERO
Ko nga raupapa ira e whakaatu ana i nga huarahi mararatanga o te ao me te whakaatu i nga urutaunga ira ira i roto i te kukuwhatanga o te hoiho moana
PacBio |Maramarama |Hi-C |WGS |Te Kanorau Ira |Hītori Taupori |Rere Ira
Ko te raupapa Pacbio, te huihuinga genome de novo me nga ratonga korero i whakaratohia e Biomarker Technologies.
Nga mea nui
1.Ko te hio moana taumata-chromosome-kounga teitei (Hippocampus erectus) genome me te contig N50 o 15.5 Mb i whiwhi.
2. E 358 te katoa o nga momo ira tangata mai i te ao 21 nga momo hoiho moana i whakaraupapahia.
3.Ko nga hoiho moana i tipu i te mutunga o Oligocene me nga huarahi o te koroni huri noa i te ao ka kitea, ka honoa ki te hurihanga o nga au o te moana me nga whakatuwheratanga o te moana.
4. Ko te putake ira o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ahua o te ira.
5. Ko te rafting ma te au o te moana he utu mo te ngoikore o te mararatanga me te tere o te urutau ka pai te noho ki nga kainga hou.
Paetae
Fig. 1 Te kanorau ira me te hononga phylogenetic o nga tauira hiihomoana 358
aNga waahi whakatauira matawhenua mo nga hoihomoana kua whakatauirahia me nga tauira o te kanorau nucleotide (π) o nga momo hoihomoana 21 puta noa i te 22 chromosomes.b Rakau noho tata i hangaia me nga SNP whanui-ira o te 358 hoiho moana.Ko nga tohu titi tauwāhi kei (a) me te papamuri peka i (b) e rite ana ki a raatau ano.
Fig. 2 Te koroni me te hitori o te taupori o nga hoiho moana
aKo te rakau Phylogenetic me te wa rerekee mo te 21 momo hoiho moana.Ko te matotoru o te raina peka e rite ana ki nga whakatau tata rahinga taupori (Ne) me nga tae e tohu ana i nga whakapapa rereke.Ko nga tohu I–III e tohu ana i nga tohu whakatikatika.b–d Kua matapaehia nga huarahi o te koroni (pere tae) o nga hoiho moana i runga i te wa rerekee, te tohatoha, nga huihuinga whakakapinga, me nga au moana (pere ma).b Ko Indo-Australian Archipelago te pokapū o te takenga mai (te tohu whero) o te puninga Hippocampus i mua i te tini me te marara o nga hoiho moana ki te ao 18–23 Ma.I te tuatahi ka nohoia e nga hoiho moana te Moana Atalani ma te whakatuwheratanga o te takutai moana o Tethyan, i muri i tana katinga (Tuhinga Whakamutunga i te 7–13 Ma), ka wehea tenei whakapapa Tethyan mai i tana whakapapa tuahine o te Moana Inia.Ko nga mea whakamutunga, i tere tere te rereke (te tohu kowhai) ki te Moana Arapia, ka whakatuu he pokapū tuarua mo te rereketanga o nga hoiho moana.d Ko te huihuinga tuarua o te nohonga o nga hoiho o Te Moana-nui-a-Kiwa i puta mai i te Moana Inia mo te 5Ma ma te haere i te pito o Awherika ki te Tonga, katahi ka tae ki te Rawhiti o te Moana-nui-a-Kiwa ma te moana o Panama e tuwhera tonu ana ki te 3.6 Ma.
Whakaahua 3 Te rere o te ira me nga rereketanga o te rahinga taupori whai hua
aKa kitea te rere ira i waenga i nga momo e noho ana i te Moana-a-Kiwa ki te Tonga.Ko te rere o te ira e whakaatuhia ana e tata ana ki nga raina ma na te reeti hekenga i tangohia e G-PhoCS.Ko te matotoru me te ahunga o nga pere e rite ana ki nga reiti me te ahunga o te rerenga ira.b He rereke te rahi o te taupori a PSMC.Ko te tuaka x e tohu ana i te taima i roto i nga tau i mua i tenei wa ko te tuaka y e tohu ana i te rahinga taupori whai hua.Ko nga tūtohi ka whakaritea i runga i te tohatoha matawhenua mo ia momo me nga waahi tohatoha rereke.c Hurihia te taumata o te moana i roto i te 1 miriona tau kua hipa ki mita33.Ko te raina kowhai e tohu ana i te tihi interglacial whakamutunga o te ao, engari ko te marumaru cyan e tohu ana i te waa teitei o te hukapapa whakamutunga.
Fig. 4 Te kunenga o nga tarakina.
aMauī, Rakau momo e whakaatu ana i te kunenga motuhake o nga tarakina i roto i nga hoiho moana.Ko te roa o te peka e tohu ana i te maha o nga whakakapinga mo ia waahi.E wha nga momo hoiho kaimoana kua tohua ki te puru.Ko nga manga matotoru e rite ana ki nga reiti teitei ake o nga whakakapinga-kore-ki-te-taurite (dN/dS) mo te ira bmp3.Ko te whakamatautau kanona me te whaanui a McDonald me Kreitman (MKT) mo te ira bmp3 i mahia mo nga momo tuahine takirua e toru me nga ahuatanga rerekee me nga ahuatanga kore-taraiwa e tohuhia ana e nga tae papamuri, ko nga taumata hiranga i tohuhia e te uara p me te momotuhi puru me te whero.Matau, ko te whakatairite o nga whakakapinga waikawa amino i roto i te pūmua bmp3, te polymorphic me te whakakapinga pumau i roto i nga hoiho kaimoana kua tohuhia ki nga porowhita whero me te puru.b Te tohatoha o nga uara dN/dS i roto i te bmp3 i roto i nga hoiho kaimoana kua whakatairitea ki nga momo tiini kore.c Kuwhatanga motuhake i roto i te rakau phylogenetic i hangaia ano mo te pūmua kua whakawaeheretia e te bmp3.d Katoa-maunga in situ ranu o bmp3 i Hippocampus erectus.
Tohutoro
Li C et al.Ko nga raupapa ira e whakaatu ana i nga huarahi mararatanga o te ao me te whakaatu i nga urutaunga ira ira i roto i te kukuwhatanga o te hoiho moana.Nat Commun.2021 Feb 17;12(1):1094.
Nga korero me nga mea nui Ko te whainga ki te tiri i nga keehi angitu hou me Biomarker Technologies, te hopu i nga whakatutukitanga putaiao hou me nga tikanga rongonui i whakamahia i te wa o te ako.
Te wa tuku: Hanuere-06-2022