GWAS
Taitara: Ko te resequencing-ira-ira katoa e whakaatu ana i te takenga mai o Brassica napus me te waahi ira i uru ki tona whakapainga
Tuhitaka: Whakawhitiwhiti Nature
NGS |WGS |Whai muri |GWAS |Kuputuhi |RNAseq |Brassica napus |Putanga |Te kainga
I roto i tenei rangahau, i whakaratohia e Biomarker Technologies nga Ratonga mo te raupapa NGS, me te tautoko hangarau mo te rangahau bioinformatics i runga i nga raraunga raupapa.
Papamuri
Brassica napusKo te (rapeseed) he hua kakano hinu nui, he tauira tino pai mo te tirotiro i nga tikanga o te whakakitenga polyploid, te whanaketanga me te kowhiringa.Heoi ano, ko nga momo mohoao, ko nga kaikoha whakangao ranei he tipuna maatua me nga ira i whai waahi ki te whakatipu me te whakapai ake i te rapeseed kaore i te mohiotia.
Nga rauemi me nga tikanga
Rauemi:588B. napusKo nga whakaurunga i uru ki tenei rangahau, tae atu ki te 466 mai i Ahia, 102 mai i Uropi, 13 mai i Amerika Te Tai Tokerau, e 7 mai Ahitereiria.I runga i nga rekoata tikanga tipu, ka wehewehea enei rauemi ki nga momo momo rauropi e toru;puna (86 whakaurunga), takurua (74 whakaurunga), me te haurua-hotoke (428 whakaurunga).
Raupapatanga:Toharite āhua.5× (mai i te 3.37× ki te 7.71×)
Paparanga raupapa:Illumina Hiseq 4000
Hanga Raraunga:4.03 Tb nga raraunga ma
Waea SNP:BWA + GATK.5,294,158 SNPs me 1,307,151 InDels i whiwhi.
Hua
Te takenga mai o B. napus
B. napusHe irarotoroto i tipu mai i te tipuna o te keha pakeha.He kaupapa rere ira mai i te keha pakeha ki teB. napus I puta he iraroto ira ~106–1170 tau ki muri.B. napusI tipu ake pea te C subgenome mai i te tipuna o enei whakapapa.Te tupuna oB. napuska wehea mai i te tipuna noa o nga momo iti B. oleracea e wha, me te rere o nga ira ira tata ki rotoB. napus~108–898 tau ki muri.B. napusHe uaua ake te takenga mai o te iraroto C i to A Subgenome.I whanakehia he kohungahunga kaha i roto i nga iraroto e rua i te waB. napuswhanaketanga.Te hotoke me te haurua-hotokeB. napusi rereke nga momo kaiao ~60 tau ki muri, ko te takurua me te punaB. napusi rereke ~ 416 tau ki muri, me te kakano hinu me te kakano koreB. napusi rereke ~277 tau ki muri.
Fig. 2 Te hanganga taupori o 588 B. napus whakaurunga me 199 o B. rapa whakaurunga.
Fig. 3 Te hanganga taupori o te 588 B. napus whakaurunga me te 119 o te B. oleracea whakaurunga
Nga tohu tohu me nga rangahau hononga-Genome-wide.
I te wahanga tuatahi o te whakapai ake (FSI), he nui ake te rereketanga o te ira i ngaro i roto i te B. napus C subgenome atu i te A subgenome.He iti ake te rereketanga ira i puta i te wa o te FSI i te waa tuarua o te whakapai ake (SSI).Ko nga ira i roto i nga rohe tohu tohu-SSI i whakarangatirahia i roto i te awangawanga ahotea, te whakawhanaketanga me nga huarahi metabolic.E 60 nga waahi e tino hono ana ki nga ahuatanga 10 e whai ana, tae atu ki te 5 e pa ana ki te hua o te kakano, 3 ki te roa o te silique, 4 ki te hinu hinu, me te 48 ki te kounga o te kakano.
Fig. 4 Matawai-whanui me nga tohu tohu o nga rohe kua tohua i te wa o te SSI o B. napus
Te tātari tuhinga
Ko nga raraunga RNAseq o nga kopa 11 mai i te hinu-hinu-ihi me te rua-iti cultivar me te iti-hinu-ihi me te rua-tiketike cultivar tautuhi ira e pa ana ki te tukanga biosynthetic glucosinolate i tino nui rawa atu.
Fig. 5 Tirohanga o te ture-wa pua i raro i te kowhiringa o te whakapai ake o te momo kaiao o B. napus
Matapakinga
He tino rauemi tenei rangahau mo te mohio ki te takenga mai me te hitori o te whakapai akeB. napusa ka whakahaere i te wehewehenga o nga turanga ira o nga ahuatanga matatini agronomic nui.Ko nga SNP nui e hono ana ki nga rereke pai, nga tohu tohu me nga ira kaitono ka whai waahi nui a muri ake nei, ina koa ki te whakapai ake i te hua, te kounga kakano, te hinu hinu, me te urutau o tenei hua allopolyploid me ona whanaunga.
Tohutoro
Ko te resequencing-ira-ira katoa e whakaatu ana i te takenga mai o Brassica napus me te waahi ira i uru ki te whakapai ake [J].Whakawhitiwhiti Nature, 2019, 10(1).
Nga korero me nga mea nui Ko te whainga ki te tiri i nga keehi angitu hou me Biomarker Technologies, te hopu i nga whakatutukitanga putaiao hou me nga tikanga rongonui i whakamahia i te wa o te ako.
Wā tuku: Hānuere-05-2022