BMKCloud Log in
条形banner-03

Rongorongo

TE KUPURANGA GENOME

66-1024x74

Ko nga tātari ira ira whakatairite e whakaatu ana i te roha o te ira ira-whakawaenga whakawhiti me te hoahoanga kukunetanga o te whakakopa ira momo 3D ki te miro.

Te raupapa Nanopore |Hi-C |PacBio raupapa |Maramarama |RNA-raupapa |3 D hoahoanga iraira |Transposon |Whakataurite ira tangata

I roto i tenei rangahau, i whakaratohia e Biomarker Technologies te tautoko hangarau mo te raupapa Nanopore, Hi-C me te tātaritanga bioinformatic e tika ana.

Putanga

Ko te whakakaha o te huānga whakawhiti (TE) kua mohiohia he mana taraiwa hei takawaenga i te roha o te rahi o te ira me te kukuwhatanga, engari ko nga hua mo te hanga hangahanga ira-ira 3D kare tonu i te mohiotia i roto i nga tipu.I konei, ka ripoatahia e matou nga huinga tohu-tohu tohutoro mo nga momo miro e toru e toru nga waahanga o te rahi o te ira, ara.Gossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), meG. raimondii(D5), ma te whakamahi i nga Hangarau Nanopore Oxford.Ko nga tātaritanga ira ira whakatairite e tuhi ana i nga korero mo te whakakaha ake i te whakapapa-motuhake TE e whai waahi ana ki nga rereketanga o te rahi o te ira ira (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), me te tohu i nga ihirangi ira me te hononga synteny i waenga i nga ira.I kitea e matou ko te 17% o nga ira syntenic e whakaatu ana i te whakarereketanga o te mana chromatin i waenga i nga waahanga hohe ("A") me nga wahanga hohe ("B"), a ko te whakakaha TE i hono ki te pikinga o te wahanga A i roto i nga rohe ira (~ 7,000 ira. ) i roto i te K2 me te A2 e pa ana ki te D5.Ko te 42% noa iho o nga rohe hono topologically associating (TAD) i tiakina i waenga i nga momo ira e toru.Ko o maatau raraunga e pa ana ki te whakanui ake i nga TE i muri mai i te hanganga o nga rohe TAD motuhake-whakapapa.Ko tenei rangahau e whakamarama ana i te mahi o te whakawhitinga ira ira tangata i roto i te whanaketanga o te hanganga chromatin teitei i roto i nga tipu.

Nga tatauranga matua mo te huihuinga genome

88
77

Pikitia.Huihuinga Genome me te whakaahuatanga o te G. rotundifolium (K2)

Nga korero me nga mea nui Ko te whainga ki te tiri i nga keehi angitu hou me Biomarker Technologies, te hopu i nga whakatutukitanga putaiao hou me nga tikanga rongonui i whakamahia i te wa o te ako.


Wā tuku: Hānuere-05-2022

Tukuna mai to korero ki a matou: