TANGATA GENOMIS
ira taiao
Ko te raupapa panui-roa e tohu ana i nga whakaroatanga tukurua GGC i NOTCH2NLC e pa ana ki te mate whakauru intranuclear neuronal
ONT resequencing |Maramarama |Te raupapa exome katoa |CRISPR-Cas9 ONT raupapa raupapa |RNA-seq |ONT 5mC methylation karanga
Nga mea nui
1.Na te tātari hononga i runga i tetahi whanau NIID nui, e rua nga rohe hono i kitea.
2.Ko te raupapatanga panui-roa e ahu mai ana i te ONT me te whakarangatira i waenga i te Cas-9 I kitea e te raupapa ONT tetahi take ira pea mo te NIID, nga whakaroatanga tukurua a GGC i te 5′ UTR o NOTCH2NLC.Ko tenei rangahau i kii i nga whakawhanuitanga i roto i nga ira tangata-motuhake mo te wa tuatahi i tipu mai i nga taarua wahanga.
3.I kitea e te raupapatanga RNA nga tuhinga antisense rereke i te timatanga, i roto ranei i nga rohe roha tukurua GGC i NOTCH2NLC.
Papamuri
Neuronal intranuclear inclusion disease (NIID) he mate neurodegenerative ahu whakamua me te mate, e tohuhia ana e te aroaro o nga whakaurunga intranuclear hyaline eosinophilic i roto i nga punaha nerve pokapū me te taha.Ko ona whakaaturanga haumanu tino rerekee ka ara ake nga uauatanga ki te tātari tae noa ki te whakaurunga o te koiora kiri.Heoi ano, kei te mamae tonu nga tikanga o te histopathology i te pohehe, e kii ana kia maarama te ira mo te NIID.
Paetae
Tātari Hononga
SKo te raupapa ira-a-ira e pa ana ki te raupapa ira-ira katoa (WGS) me te raupapa exome katoa (WES) i mahia i runga i te whanau NIID nui (13 i pangia me 7 nga mema kaore i pa).Ko te tātari hononga i runga i nga SNP i tangohia mai i enei raraunga i whakaatu e rua noa nga rohe hono: he rohe 3.5 Mb i 1p36.31-p36.22 (LOD teitei = 2.32) me te rohe 58.1 Mb i 1p22.1-q21.3 (LOD teitei: 4.21 ).Engari, kaore he SNP pathogenic, he CNV ranei i kitea i roto i enei rohe hono.
GGC tukurua roha i NOTCH2NLC
NI whakahaeretia te raupapatanga i runga anopore i runga i te 13 i pangia me te 4 o nga mema kaore i pangia mai i nga whanau 8 (ko tetahi atu mema i pa ki te raupapatanga e Pacbio roa te panui raupapa raupapa.).Ko nga raraunga panui-roa i whakaatu i nga mate e pa ana ki nga whakawhanuitanga o te GGC i roto i te 5′ UTR o te NOTCH2NLC mapi ira ki te rohe hono 58.1 Mb (Whakaahua 1).I tautuhia ano enei whakawhanuitanga i roto i nga keehi NIID e 40 i whakamatauria e te RP-PCR.
Cas-9 takawaenga ūnga raupapa i runga i nanopore tūāpapa i mahi ki te whakatutuki i teitei korero panui i runga i NOTCH2NLC tukurua (100 X-1,795 X).He pai te whakaae o enei raupapa whakaaro ki nga kitenga o mua mo nga whakaroatanga tukurua GGC.I tua atu, i tautuhia te {(GGA)n (GGC)n}n hei tohu ira pea mo te tohu tohu ngoikore-tino (Whakaahua 2).
Whakaahua 1. Te roha tukurua e pa ana ki te mate i kitea i te putanga 1 o nga momo hangarite NOTCH2NLC.
Whakaahua 2. Ko nga raupapa whakaaetanga o te NPTCH2NLC tukurua i nga turoro NIID me te(*) me te kore he tohu tohu ngoikore-nui.
NKo nga ira OTCH2NL he ira tangata-motuhake, e whakaponohia ana ka whai waahi nui ki te whanaketanga roro tangata me nga mate neurological.Heoi ano, e toru nga ira e pa ana ki te NOTCH2 (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB me NOTCH2NLC) me te >99.1% te tuakiri raupapa kaore i whakataua tae noa ki te huihuinga genome tangata hou.Ko te raupapa-kore-kore me te panui-roa i runga i te papaaho nanopore kua kitea nga painga nui ki te whakatau i nga rohe e tino rite ana me te (GGC)n tukurua me te 100% GC-taonga.
GGC tukurua roha i NOTCH2NLC
TI tukatukahia te raupapa ranscriptome i runga i nga mema e 2 kua pangia me nga mema kore e 2.I tatauhia te hohonu o te panui i runga i nga whenu mohio me nga whenu antisense i te whakarunga o nga putanga tuatahi o nga paraloga NOTCH2NL.I kitea nga tuhinga whakapae kore noa i roto i nga keehi kua pa, ka noho i te timatanga, i roto ranei i te rohe roha tukurua (Ko nga tihi papura i te F1-14 me te F1-16 i te Whakaahua 3.).I tua atu, 54 DEGs i tautuhia me te whakarangatira katoa i roto i nga kupu GO me MPO e pa ana ki nga mahi neuronal.
Whakaahua 3. Ko te hohonutanga o te panui kua whakatauhia ki te taha whakarunga o te putanga tuatahi o NOTCH2NLC i nga keehi kaore i pangia (kei runga) me te paanga (kei raro).
Hangarau
Oxford Nanopore Teghnologies (ONT)
NKo te raupapa anopore he rereke mai i etahi atu papahanga raupapa, i te mea ka panuihia nga nucleotides me te kore he tukanga whakahiato DNA.I te wa e haere ana te whenu DNA kotahi i roto i te pore pūmua nano-rahi (nanopore), ka whakaputa nga nucleotides rereke i nga awa katote rereke, ka taea te hopu me te whakawhiti ki te raupapa o nga turanga.Ko te papa raupapa ONT ake karekau e whakaatu i te rohe hangarau mo te roa o te panui DNA.Na reira, e waatea ana nga panui Ultra-roa (ULR) mo te huihuinga genome o te kounga teitei.I tua atu, ko enei panui tino roa, he roa te roa ki te whakawhiti i nga ahuatanga raupapa matatini, te rereketanga hanganga ranei, ka awhina i nga here o te raupapa panui-poto i konei.
Te raupapa Nanopore
Te rereketanga o te hanganga (SV).
SKo te raupapa-kore-whakapapa i te nuinga ka tiakina nga korero methylation DNA i runga i te tauira.Ko te methylated A, T, C me G ka whakaputa i nga au katote motuhake mai i nga mea kore-methylated, ka taea te panui tika e te papa.Ko te raupapa Nanopore e whakamana ana i nga tohu-ira-ira katoa o te 5mC me te 6mA i te taumira-nucleotide kotahi.
Tohutoro
Hune Sone, et.al.Ko te raupapa panui-roa e tohu ana i nga whakawhanui tukurua GGC i NOTCH2NLC e pa ana ki te mate whakauru intranuclear neuronal.Nature Genetics (2019)
Hangarau me nga Tohu Ko te whainga ki te tohatoha i nga tono angitu hou o nga momo hangarau whakahiato teitei i roto i nga waahi rangahau me nga whakaaro maamaa i roto i te hoahoa whakamatautau me te keri raraunga.
Te wa tuku: Hanuere-06-2022