TRANSCRIPTOMICS
taiao
NGA KORERO
Ko te tuhinga roa mo te whakarereketanga o te SF3B1 i roto i te leukemia lymphocytic mau tonu e whakaatu ana i te whakahekenga o nga whakaurunga pupuri.
Nga tuhinga roa-katoa|Te raupapa Nanopore|Ko te tātari isoform rereke
Papamuri
SKo nga huringa omatic i roto i te tauwehe splicing SF3B1 kua panuitia nuitia ki te hono atu ki nga momo mate pukupuku, tae atu ki te kano maamaa lymphocytic (CLL), uveal melanoma, mate pukupuku uma, me etahi atu.Heoi, kua roa kua whakawhäitihia nga rangahau mo enei tauira whakahiatotanga ki nga taumata takahanga me te kore matauranga mo te taumata-isoform na te iti o nga tuhinga panui-poto kua huihuia.I konei, i whakauruhia te papaapapa raupapa nanopore ki te whakaputa tuhinga roa-katoa, i whakamanahia ai te tirotiro i runga i te AS isoforms.
Hoahoa Whakamatau
Nga whakamatautau
Whakarōpū:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E whakarerekētanga);3. Pūtau-B noa
Rautaki raupapa:Te raupapatanga whare pukapuka MinION 2D, te raupapa pukapuka PromethION 1D;nga raraunga panui poto mai i nga tauira ano
Paparanga raupapa:ONT Minion;ONT PromethION;
Te tātari bioinformatic
Hua
A257 miriona nga panui i puta mai i nga tauira CLL 6 me nga pūtau-B e 3.I te toharite o te 30.5% o enei panui i tohuhia he tuhinga roa-katoa.
FI whakawhanakehia te tātari irahiko rereke roa-ull-roa o RNA(FLAIR) ki te whakaputa i te huinga o nga momo ahua maia.Ka taea te whakarapopototia a FLAIR hei:
Nka panui anopore te tirohanga: te tautuhi i te hanganga tuhinga whanui i runga i te tohutoro tohutoro;
Ste whakatikatika i te hononga piri: whakatika i nga hapa raupapa(whero) me te waahi hono mai i nga whakaurunga tohu, nga whakaurunga mai i nga raraunga panui-poto, e rua ranei;
Collapse: whakarāpopoto i ngā momo hangarite i runga i nga mekameka honohono (te huinga whakawhiti tuatahi).Tīpakohia te maiatanga teitei mai i runga i te maha o nga panui tautoko(Paepae: 3).
Whakaahua 1. Te tātari FLAIR ki te tautuhi i nga momo ahua-katoa e hono ana ki te whakarereketanga SF3B1 i CLL
FI tautuhia e LAIR 326,699 nga momo momo whakakikorua maataki nui, 90% he momo ahua hou.Ko te nuinga o enei momo whakamohiotanga karekau he korero i kitea he huinga hou o nga hononga honohono e mohiotia ana (142,971), ko te toenga o nga momo ahua hou kei roto i te intron (21,700) me te exon hou (3594).
LKo nga raupapa panui-nui ka whakamanahia te tautuhi i te mutant SF3B1-K700E -whakarereke i nga waahi hono i te taumata-isoform.E 35 nga momo 3'SS me te 10 nga momo 5'SS i kitea he tino rereke te hono i waenga i te SF3B1-K700E me te SF3B1-WT.33 o nga whakarereketanga 35 i kitea hou e nga raupapa panui-roa.I roto i nga raraunga Nanopore, ko te tohatoha o te tawhiti i waenga i te SF3B1-K700E-whakarerekehia e 3'SSs ki nga waahi kanoona kei te taha o te -20 bp, he tino rerekee mai i te tohatoha mana, he rite ki nga korero kua korerotia i roto i nga raupapa panui poto CLL.I wetewetehia nga ira ira ERGIC3, i kitea he momo ahua hou kei roto te waahi hono tata ki te SF3B1-K700E.Ko te 3'SS tata me te taha tawhiti e hono ana ki nga tauira AS motuhake e whakaputa ana i nga momo ahua maha.
Whakaahua 2. Ko nga tauira taapiri 3′ kua tautuhia me nga raraunga raupapa nanopore
Kua roa kua whakawhäitihia te tätaritanga whakamahi takahanga IR i roto i te tätaritanga i runga i te panui-poto na te maia ki te tautuhi IR me te ine.Ko te whakaaturanga o nga IR isoforms i roto i te SF3B1-K700E me te SF3B1-WT i ine i runga i nga raupapa nanopore, e whakaatu ana i te ture-a-ao o te IR isoforms i SF3B1-K700E.
Whakaahua 4. Te kaha o te ahuwhenua me te hononga hononga ki nga punaha ahuwhenua e toru (A me B);Te tātari ngahere tupurangi(C) me te hononga i waenga i te kaha ahuwhenua me te koroni AMF (D)
Whakaahua 3. Ko nga huihuinga pupuri Intron kua kaha te whakaheke i te CLL SF3B1-K700E
Hangarau
Nanopore Roa-Panui Whakaraupapa
NKo te raupapa anopore he moroiti kotahi te hangarau raupapa tohu hiko.
DKo te DNA kua paea, ko te RNA ranei ka herea ki te pūmua nanoporous kua mau ki roto i te kiriata koiora me te wetewete i raro i te arataki o te pūmua motuka.
DKo nga whenu NA/RNA ka haere i roto i te pūmua hongere nanopore i etahi tere i raro i te mahi o te rereketanga ngaohiko.
Mka whakaputahia e te olecules nga tohu hiko rereke e ai ki te hanganga matū.
RKo te kitenga o nga raupapa eal-wa ka tutuki ma te waea turanga.
Te mahinga o te raupapatanga tuhinga roa-katoa
√ Raraunga Raraunga
7-whakatiki iti ake nga panui e tika ana kia tae ki te taurite o nga raraunga.
√ Tautuhi Hanganga Tuhituhi
Te tautuhi i nga rereketanga hanganga kanorau me te whakaaetanga panui roa-katoa o ia tuhinga
√ Transcript-level differential analysis -Whakakitea nga huringa huna e nga panui-poto
Tohutoro
Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.Ko te ahua o te tuhinga roa mo te whakarereketanga o te SF3B1 i roto i te leukemia lymphocytic tawhito e whakaatu ana i te whakahekenga o nga introns [J].Whakawhitiwhiti Nature.
Hangarau me nga Tohu Ko te whainga ki te tohatoha i nga tono angitu hou o nga momo hangarau whakahiato teitei i roto i nga waahi rangahau me nga whakaaro maamaa i roto i te hoahoa whakamatautau me te keri raraunga.
Te wa tuku: Hanuere-08-2022