KATOA GENOME RESEQUENING
Ko te aro turuki i nga Genomics o SARS-CoV-2 ka hurahia he momo whakakorenga Nsp1 e whakarereke ana i te momo whakautu interferon momo I.
Nanopore |Maramarama |Te whakapapa ira katoa |metagenomics |RNA-Seq |Kaihanga
Ko nga Hangarau Biomarker i tautoko hangarau mo te raupapa tauira i roto i tenei rangahau.
Nga mea nui
1.SARS-CoV-2 raupapa genome me te tātari phylognetic tautuhi 35 irakētanga auau tae atu 31 SNPs me 4 Indels.
2.Association with 117 haumanu phenotypes heheu pea
nga huringa nui.
∆500-532 i roto i te rohe whakawaehere Nsp1 e hono ana ki te iti o te viral
3.uta me te serum IFN-β.
4.Ko nga wehenga viral me te ∆500-532 te irakētanga ka kuhu te IFN-I raro
whakautu i roto i nga pūtau kua pangia.
Hoahoa Whakamatau
Paetae
1. COVID-19 tirotiro mate uruta me te ira tangata
I kohia nga raraunga haumanu i te kawanatanga o Sichuan, Haina puta noa i te wa pakarutanga mai i te Hanuere 22nd, 2020 ki Pepuere 20th, 2020. E 538 nga keehi COVID-19 i whakapumautia e nga whakamatautau qPCR i Sichuan, 28.8% no te kawanatanga. whakapaipai.Ko nga keehi kua whakapumautia i Sichuan kua piki ake, ka eke ki runga i te Hanuere 30th.Ano hoki, i tautokohia e nga raraunga ko te haerenga hapori te take nui hei aukati i te horapa o te mate.
Whakaahua 1. Te rangahau epidemiological o COVID-19 i te kawanatanga o Sichuan, Haina
2. Te hanga ira momo SARS-CoV-2 me te tautuhi rereke
Ma te whakakaha PCR multiplex ka whai i te raupapa nanopore, he 310 te katoa o nga ira ira tata-a-waahanga ranei mai i te 248 nga turoro i hangaia me te tata.80% o nga momo ira e hipokina ana e te 10 panui(Te hohonutanga: 0.39 M panui mo ia tauira).
Whakaatu 2. Te auau o ia momo rereke i te roopu Sichuan
He 104 nga SNP me nga Indels 18 i tohua mai i nga ira ira SARS-CoV-2, i tohuhia e 31 nga SNP me nga Indels e 4 he momo momo ira auau.Ma te whakatairite i a raatau ki nga tauira 169 mai i Wuhan me te 81,391 nga raupapa genome publich kounga teitei i GISAID, 29 o nga momo rerekee 35 i kitea i etahi atu whenua.Ko te mea nui, e wha nga momo rereke tae atu ki te ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 me T13243C, i kitea anake i roto i Sichuan me Wuhan me te ngaro i roto i nga raraunga GISAID, e tohu ana ko enei momo rerekee ka raru mai i a Wuhan, e tutuki ana i te rekoata haerenga o nga turoro.
Ko te tātaritanga kunenga me te tikanga tino tupono(ML) me nga huarahi karaka rapoi Bayesian i tukatukahia i runga i te 88 wheori hou mai i Sichuan me te 250 ira ira tangata mai i etahi atu rohe.I kitea nga momo ira whai ∆500-532 (Nga whakakorenga i roto i te rohe whakawaehere Nsp1) he iti noa te tohatoha i roto i te rakau phylogenetic.Ko te tātari Haplotype i runga i nga momo Nsp1 i tautuhia e 5 o ratou mai i nga taone maha.Ko enei hua i kii ko te ∆500-532 i puta ki nga taone maha, ka maha pea te kawemai mai i Wuhan.
Whakaahua 2. Nga momo ira hohoki me te tātaritanga phylogenetic i roto i nga iraira SARS-CoV-2
3. Te hononga o nga momo ira e mau tonu ana me nga paanga haumanu
117 nga tohu tohu haumanu i honoa ki te kino o te COVID-19, i reira 19 nga momo tohu e pa ana ki te taumahatanga i whakarōpūhia ki nga ahuatanga kino me te kore-kino.Ko te hononga i waenga i enei ahuatanga me te 35 o nga momo ira e mau tonu ana i tirohia i roto i te mapi wera-rua.I whakaatuhia e te GSEA-rite te whakarangatiratanga whakarangatira ko te ∆500-532 he kino te hono ki te ESR, te serum IFN-β me te CD3+CD8+ T i roto i te toto.I tua atu, i whakaatuhia e nga whakamatautau qPCR ko nga turoro i pangia e te huaketo e mau ana ki te ∆500-532 te uara Ct teitei rawa atu, ara, te iti rawa o te uta viral.
Whakaahua 3. Nga hononga o nga momo momo ira e 35 me nga tohu tohu haumanu
4. Te whakamanatanga mo te irakētanga viral e pa ana ki nga tohu tohu haumanu
Kia mohio ai koe ki nga paanga o te ∆500-532 i runga i nga mahi Nsp1, i whakawhitia nga pūtau HEK239T me nga plasmids e whakaatu ana i te roa-katoa, WT Nsp1 me nga ahua mutant me te whakakore.I tukatukahia nga tuhinga tuhi o ia pūtau HEK239T kua rongoa mo te tātari PCA, e whakaatu ana ko nga mutants mukunga e tata ana te tata me te rereke rereke mai i te WT Nsp1.Ko nga ira i tino whakatikatikahia i roto i nga mutants te nuinga i whakarangatirahia i roto i te "peptide biosynthetic/metabolic process", "ribonucleoprotein complex biogenesis", "protein targeting to membrane/ER", me era atu, e rua nga whakakorenga i whakaatu i te tauira pupuhi motuhake mai i te WT.
Whakaahua 4. Te tātaritanga tuhi i runga i nga pūtau HEK239T i whakawhitia e WT Nsp1 me te whakakorenga
Ko nga paanga o te whakakorenga i runga i te urupare IFN-1 i whakamatauria ano hoki i roto i te ako nui.Ko nga whakakorenga whakamatautau katoa i whakaatuhia ki te whakaiti i te whakautu IFN-1 i roto i te whakawhiti HEK239T me te A549 nga pūtau i te taumata whakawhiti me te taumata pūmua.Ko te mea whakamiharo, ko nga ira tino whakaheke i roto i nga whakakorenga i whakarangatirahia i roto i te "whakautu parenga ki te huaketo", "te tukuruatanga ira ira huaketo", "whakaritenga o te tuhi ma te RNA polymerase II" me te "whakautu ki te momo I interferon".
Whakaahua 5. Whakararu i nga huarahi tohu interferon i roto i te ∆500-532 mutant
I roto i tenei rangahau, ko te paanga o enei whakakorenga i runga i te huaketo i whakapumautia ano e nga rangahau mate huaketo.Ko nga huaketo me etahi momo mutants i wehea mai i nga tauira haumanu ka pangia ki nga pūtau Calu-3.Ko nga hua taipitopito mo te rangahau mate huaketo ka taea te panui ki te pepa.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
Tohutoro
Lin J, Tang C, Wei H, et al.Ko te tirotiro ira tangata o SARS-CoV-2 ka hurahia he momo whakakorenga Nsp1 e whakarereke ana i te momo whakautu interferon momo I[J].Kaihautū pūtau me te moroiti, 2021.
Nga korero me nga mea nui Ko te whainga ki te tiri i nga keehi angitu hou me Biomarker Technologies, te hopu i nga whakatutukitanga putaiao hou me nga tikanga rongonui i whakamahia i te wa o te ako.
Te wa tuku: Hanuere-06-2022