Hi-C i runga Genome Assembly
Painga Ratonga
Tirohanga o Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Pūtaiao, 2009)
● Karekau he take ki te hanga i te taupori ira mo te punga contig;
● Te teitei ake o nga tohu tohu e arai ana ki te teitei o te tauwehenga punga contigs i runga ake i te 90%;
● Ka taea te arotake me te whakatika i nga huinga genome o naianei;
● He poto ake te wa hurihuri me te tika ake i roto i te huihuinga genome;
● He nui te wheako me nga whare pukapuka Hi-C neke atu i te 1000 i hangaia mo nga momo 500 neke atu;
● Neke atu i te 100 nga keehi angitu me te whakaemi i te taunga paanga kua whakaputaina neke atu i te 760;
● Hi-C i runga i te huihuinga genome mo te polyploid genome, 100% te tere o te punga i tutuki i te kaupapa o mua;
● Nga patent-a-whare me nga mana pupuri rorohiko mo nga whakamatautau Hi-C me te tātari raraunga;
● Pūmanawa whakatika raraunga whakaata-whakawhanakehia e ia ake, ka taea te nuku poraka a-ringa, te huri, te whakakore me te mahi ano.
Whakatakotoranga Ratonga
|
Momo Whare Pukapuka
|
Paerewa | Pānui Te Roa | Tohua Rautaki |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Ko nga rangahau bioinformatics
● Mana kounga raraunga raw
● Mana kounga whare pukapuka Hi-C
● Hi-C i runga i te hui genome
● Aromātai i muri i te huihuinga
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
Whakaritenga Tauira:
| Kararehe | harore | Nga tipu
|
| Te kiko tio: 1-2g mo ia whare pukapuka Pūtau: 1x 10^7 pūtau mo ia whare pukapuka | Te kiko tio: 1g mo ia whare pukapuka | Te kiko tio: 1-2g mo ia whare pukapuka
|
| *E tino taunaki ana kia tukuna kia 2 iti rawa nga utu (1 g ia) mo te whakamatautau Hi-C. | ||
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu: 2 ml ngongo centrifuge (Kāore i te tūtohutia te konumohe tine)
Mo te nuinga o nga tauira, ka tūtohu kia kaua e rongoa ki te waihano.
Tauira tapanga: Me tino tapanga nga tauira me te rite ki te puka korero tauira kua tukuna.
Tukunga: Tio-maroke: Me kiki nga tauira ki roto i nga peeke i te tuatahi ka tanumia ki te huka-maroke.
Te Rerenga Mahi Ratonga
Hoahoa whakamatautau
Te tuku tauira
tangohanga DNA
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
*Ko nga hua whakaaturanga e whakaatuhia ana i konei ko nga momo ira i whakaputaina me Biomarker Technologies
1.Hi-C mapi wera taunekeneke oCamptotheca acuminatagenome.E whakaatu ana i runga i te mapi, ko te kaha o nga taunekeneke he pai te hono ki te tawhiti raina, e tohu ana i te huihuinga taumata-chromosome tino tika.(Owehenga punga: 96.03%)
Kang M et al.,Whakawhitiwhiti Nature, 2021
Na 2.Hi-C i whakahaere te whakamanatanga o nga hurihuri i waengaGossypium hirsutumL. TM-1 A06 meG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Whakawhitiwhiti Nature, 2019
3.Ko te whakahiato me te rerekee-rua o te ira cassava SC205.Mahere wera Hi-C e whakaatu ana i te wehenga marama o nga chromosomes homologous.
Hu W et al.,Tipu Molecular, 2021
4.Hi-C heatmap i runga i nga huinga momo momo Ficus e rua:F.microcarpa(ōwehenga punga: 99.3%) meF.hispida (ōwehenga punga: 99.7%)
Zhang X et al.,Pūtau, 2020
Take BMK
Ko nga Genomes o te Rakau Banyan me te napu pollinator e whakarato ana i nga maaramatanga mo te piki-wasap coevolution
Whakaputaina: Pūtau, 2020
Rautaki raupapa:
F. microcarpa genome: Approx.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenome: Approx.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenome: Approx.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Nga hua matua
1.I hangaia e rua nga momo ira o te rakau peene me tetahi ira wapu pollinator ma te whakamahi i te raupapa PacBio, Hi-C me te mapi hono.
(1)F. microcarpagenome: Ko te huihuinga o te 426 Mb (97.7% o te rahi o te momo ira tangata) i whakaturia me te contig N50 o 908 Kb, BUSCO score o 95.6%.E 423 Mb katoa nga raupapa i mau ki te 13 chromosomes e Hi-C.E 29,416 nga ira-whakawaehere pūmua.
(2)F. Hispidagenome: Ko te huihuinga o te 360 Mb (97.3% o te rahi o te momo ira tangata) i whai hua me te contig N50 o 492 Kb me te kaute BUSCO o 97.4%.He 359 Mb raupapa katoa i mauhia ki runga i nga chromosomes 14 e Hi-C me te tino rite ki te mapi hononga kiato tiketike.
(3)Eupristina verticillatagenome: He huihuinga o te 387 Mb (Te rahi o te genome e kiia ana: 382 Mb) i whakaturia me te contig N50 o 3.1 Mb me te kaute BUSCO o 97.7%.
2. Ko te tātaritanga ira taurite i kitea te maha o nga rereketanga hanganga i waenga i te ruaFicusgenomes, i whakarato rauemi ira tino utu mo nga rangahau kukuwhatanga urutau.Ko tenei rangahau, mo te wa tuatahi, i whakaatu i nga tirohanga mo te pikinga-waputanga o te pikinga i te taumata-ira.
 Ko te hoahoa Circos mo nga ahuatanga ira o te ruaFicusnga momo ira, tae atu ki nga chromosomes, nga taarua wahanga (SDs), nga whakawhiti (LTR, TE, DNA TEs), te whakaputa ira me te synteny |  Te tautuhi i te chromosome Y me te ira kaitono whakatau ira |
Zhang, X. , et al."Ko nga Genomes o te Rakau Banyan me te Pollinator Wasp He Maramatanga mo te Fig-Wasp Coevolution."Pūtau 183.4(2020).
