Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina

Ko te raupapa mRNA ka taea te whakaatu i nga mRNA katoa i tuhia mai i nga pūtau i raro i nga tikanga motuhake.He hangarau kaha mo te whakakite i te ahua o te whakaaturanga ira, nga hanganga ira me nga tikanga ngota o etahi tukanga koiora.I tenei wa, kua whakamahia nuitia te raupapa mRNA i roto i nga rangahau taketake, nga taatai haumanu, te whanaketanga tarukino, aha atu.

Paerewa: Illumina NovaSeq Platform

Whakapā mai

Nga Taipitopito Ratonga

Bioinformatics

Hua Whakaaturanga

Nga painga

● Tino Tohunga: Neke atu i te 200,000 nga tauira kua tukatukahia i roto i te BMK e kapi ana i nga momo tauira kanorau, tae atu ki te ahurea pūtau, te kiko, te wai tinana, me etahi atu, neke atu i te 7,000 mRNA-Seq kaupapa kua kati e kapi ana i nga momo waahanga rangahau.

● Pūnaha whakahaere kounga tino: Ko nga tohu whakahaere kounga matua i roto i nga waahanga katoa tae atu ki te whakarite tauira, te whakarite wharepukapuka, te raupapa me te koiora kei raro i te aro turuki kia puta nga hua kounga teitei.

● He maha nga papaunga raraunga e waatea ana mo te tuhi korero me nga rangahau whakarangatira hei whakatutuki i nga whaainga rangahau rereke.

● Nga ratonga i muri i te hoko: Ko nga ratonga i muri i te hoko e whai mana ana mo nga marama 3 i muri i te otinga o te kaupapa, tae atu ki nga kaupapa e whai ake nei, te rapu raruraru, nga hua Q&A, etc.

Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga

Whare Pukapuka	Rautaki raupapa	Raraunga e taunaki ana	Mana Kounga
Poly A whakarangatira	Ilumina PE150	6 Gb	Q30≥85%

Whakaritenga Tauira:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Rahi (μg)

Maamaa

Te tapatahi

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

He iti, karekau he pūmua, he poke DNA ranei e whakaatuhia ana i runga i te gel.

Mo nga tipu: RIN≥6.5;

Mo nga kararehe: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

he iti, he kore ranei te taumata teitei

Tissue: Taumaha(maroke):≥1 g
*Mo te kiko iti ake i te 5 mg, ka tūtohu kia tukuna mai he tauira kopa tio (i roto i te hau hauota wai).

Tārewa pūtau:Tatau pūtau = 3×10⁶- 1×10⁷
* Ka tūtohu matou ki te tuku lysate pūtau tio.Mena he iti ake te tatau o taua pūtau i te 5×105.

Nga tauira toto:Rōrahi≥1 ml

Microorganism:Papatipu ≥ 1 g

Tukunga Tauira Manakohia

Ipu: 2 ml ngongo centrifuge (Kāore i te tūtohutia te konumohe tine)

Tauira tapanga: Rōpū+whakaritea tauira A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Tukunga:

Tio-maro: Me kiki nga tauira ki roto i nga peke ka tanu ki te huka-maroke.
Nga ngongo RNAstable: Ka taea te whakamaroke i nga tauira RNA i roto i te ngongo whakapumau RNA(hei tauira, RNAstable®) ka tukuna ki te pāmahana rūma.