Te raupapa mRNA roa-katoa -PacBio
Painga Ratonga
● Panui tika ki waho o te ngota ngota cDNA roa-katoa mai i te 3'- pito ki te 5'- te mutunga
● Iso-form taumata taumira i roto i te hanganga raupapa
● Ko nga tuhinga me te tino tika me te pono
● He tino hototahi ki nga momo vaiours
● Te kaha raupapatanga nui me nga papaa raupapa raupapa PacBio Sequel II e 4 kua oti
● He tino mohio ki te neke atu i te 700 nga kaupapa raupapa RNA e pa ana ki a Pacbio
● Te tuku hua i runga i te BMKCloud: Kei te waatea te keri raraunga i runga i te papaaho.
● Ko nga ratonga i muri i te hoko ka whai mana mo nga marama 3 i te otinga o te kaupapa
Whakatakotoranga Ratonga
Paerewa: PacBio Sequel II
Whare pukapuka raupapa: Poly A- whakarangatira whare pukapuka mRNA
Hua raraunga Manakohia: 20 Gb/tauira (Kei runga i nga momo)
FLNC（%）： ≥75%
*FLNC: Nga whakawhiti kore-chimeric roa-katoa
Ko nga rangahau bioinformatics
● Tukatuka raraunga raw
● Tautuhi tuhinga
● Hanganga raupapa
● Te Inenga Whakaaturanga
● Whakaaturanga Mahi
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
Whakaritenga Tauira:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Rahi (μg) | Maamaa | Te tapatahi |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 He iti, karekau he pūmua, he poke DNA ranei e whakaatuhia ana i runga i te gel. | Mo nga tipu: RIN≥7.5; Mo nga kararehe: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; he iti, he kore ranei te taumata teitei |
Tissue: Taumaha(maroke):≥1 g
*Mo te kiko iti ake i te 5 mg, ka tūtohu kia tukuna mai he tauira kopa tio (i roto i te hau hauota wai).
Tārewa pūtau:Tatau pūtau = 3×106- 1×107
* Ka tūtohu matou ki te tuku lysate pūtau tio.Mena he iti ake te tatau o taua pūtau i te 5×105, ka tūtohuhia te flash tio i roto i te hauota wai, he pai ake mo te tangohanga moroiti.
Nga tauira toto:Rōrahi≥1 mL
Microorganism:Papatipu ≥ 1 g
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu:
2 ml ngongo centrifuge (Kāore i te tūtohutia te konumohe tine)
Tauira tapanga: Rōpū+whakaritea tauira A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Tukunga:
1. Tio-maroke: Me kiki nga tauira ki roto i nga peeke ka tanumia ki te huka-maroke.
2. Nga ngongo RNAstable: Ka taea te whakamaroke i nga tauira RNA ki te ngongo whakapumau RNA(hei tauira RNAstable®) ka tukuna ki te pāmahana rūma.
Te Rerenga Mahi Ratonga
Hoahoa whakamatautau
Te tuku tauira
tangohanga RNA
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
1.FLNC tohatoha roa
Ko te roa o te panui kore-chimeric roa-katoa(FLNC) e tohu ana te roa o te cDNA i roto i te hanga whare pukapuka.Ko te tohatoha roa o te FLNC he tohu nui ki te arotake i te kounga o te hanga whare pukapuka.
FLNC panui te tohatoha roa
2.Whakaotia te tohatoha roa o te rohe ORF
Ka whakamahi matou i te TransDecoder ki te matapae i nga rohe whakawaehere pūmua me nga raupapa waikawa amino e rite ana ki te whakaputa i nga huinga unigene, kei roto katoa nga korero tuhi kore-ruarua i roto i nga tauira katoa.
Whakaotia te tohatoha roa o te rohe ORF
3.KEGG ara whakarangatira tātaritanga
Ka taea te tautuhi i nga tuhinga rereke (DETs) ma te whakarite i nga raraunga raupapa RNA i runga i te NGS i runga i nga huinga tuhinga roa-katoa i hangaia e nga raraunga raupapa PacBio.Ka taea e enei DET te tukatuka ano mo nga momo tātaritanga mahi, penei i te tātaritanga whakarangatira ara KEGG.
Te whakarangatira ara DET KEGG -Mahi ira
Take BMK
Ko te kaha whanaketanga o te Populus stem transcriptome
Whakaputaina: Te Tuhituhi Biotechnology Plant, 2019
Rautaki raupapa:
Kohinga tauira:nga rohe kakau: te tihi, te waahi tuatahi (IN1), te rua o te rua (IN2), te tuatoru o te waahi (IN3), te waahi (IN4) me te waahi (IN5) mai i te Nanlin895
NGS-raupapa:Ko te RNA o nga tangata 15 i whakahiatohia hei tauira koiora kotahi.E toru nga tauira koiora o ia tohu i tukatukahia mo te raupapa NGS
TGS-raupapa:I wehewehea nga rohe o te kakau kia toru nga rohe, ara ko te tihi, IN1-IN3 me IN4-IN5.I tukatukahia ia rohe mo te raupapa PacBio me nga momo whare pukapuka e wha: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb me te 3-10 kb.
Nga hua matua
1. E 87150 nga tuhinga roa-katoa i tautuhia, e 2081 nga momo ahua hou me te 62058 nga momo momo ahua hou kua tohua.
Ko te 2.1187 lncRNA me te 356 nga ira whakakotahi i tohua.
3.Mai i te tipu tuatahi ki te tipu tuarua, 15838 nga tuhinga rereke mai i te 995 nga ira rereke kua tohua.I roto i nga DEG katoa, ko te 1216 he take tuhi, ko te nuinga kaore ano kia ripoatahia.
Ko te tātaritanga whakarangatira 4.GO i whakaatu i te hiranga o te wehenga pūtau me te tukanga whakahekenga-haoratanga i te tipu tuatahi me te tipu tuarua.
Ko nga takahanga honohono rereke me nga momo ahua rereke
WGCNA tātaritanga i runga i nga take tuhi
Tohutoro
Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al.Ko te kaha whanaketanga o te Populus stem transcriptome.Plant Biotechnol J. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958
