Tātaritanga Segregant Bulked
Painga Ratonga
Takagi et al., The plant journal, 2013
● Whakaritenga tika: Te whakaranu i nga puranga ki te 30+30 ki te 200+200 takitahi hei whakaiti i te haruru o muri;matapae rohe kaitono-kaitono-kore-taurite.
● Te tātari matawhānui: Te whakamohiotanga o nga korero mahi ira a te kaitono, tae atu ki te NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etc.
● Te Waa Huringa Tere: Tere ira i roto i nga ra mahi 45.
● He wheako nui: Kua uru mai a BMK ki nga mano tini o nga ahuatanga o te rohe, e kapi ana i nga momo kanorau penei i nga kai, hua wai, ngahere, puawai, hua, aha atu.
Whakatakotoranga Ratonga
Taupori:
Te wehewehe i nga uri o nga maatua me nga momo ahua whakahē.
hei tauira F2 uri, Whakamuri (BC), Recombinant inbred line(RIL)
Te poka wai ranu
Mo nga ahuatanga o te kounga: 30 ki te 50 takitahi (te 20 iti rawa)/te nuinga
Mo te ine ine: runga 5% ki te 10% nga tangata takitahi me nga tohu tohu tino nui i roto i te taupori katoa(iti rawa 30+30).
Te hōhonutanga raupapa e taunaki ana
I te iti rawa 20X/maatua me te 1X/whanau takitahi (hei tauira, mo te puna wai whakaranu uri o te 30+30 takitahi, ka 30X te hohonu o te raupapa mo ia puranga)
Ko nga rangahau bioinformatics
● Te whakaraupapa ira katoa
● Tukatuka Raraunga
● waea SNP/Indel
● Te tirotiro rohe kaitono
● Tohunga mahi a te kaitono ira
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
Whakaritenga Tauira:
Nucleotides:
| tauira gDNA | Tauira kiko |
| Kukū: ≥30 ng/μl | Nga tipu: 1-2 g |
| Rahi: ≥2 μg (Rōrahi ≥15 μl) | Kararehe: 0.5-1 g |
| Pure: OD260/280= 1.6-2.5 | Te toto katoa: 1.5 ml |
Te Rerenga Mahi Ratonga
Hoahoa whakamatautau
Te tuku tauira
tangohanga RNA
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
1.Association analysis base on Euclidean Distance (ED) ki te tautuhi i te rohe kaitono.I te ahua e whai ake nei
Tuaka-X: Tau Chromosome;Ko ia ira e tohu ana i te uara ED o te SNP.Ko te raina Pango e rite ana ki te uara ED kua whakauruhia.Ko te uara ED teitei ake e tohu ana he hononga nui ake i waenga i te waahi me te tohu tohu.Ko te raina Pīhono whero e tohu ana i te paepae o te hononga nui.
2.Association tātaritanga i runga kahore SNP-taupū
Tuaka-X: Tau Chromosome;Ko ia ira e tohu ana i te uara taupū-SNP.Ko te raina pango e tohu ana mo te uara SNP-index.Ko te nui o te uara, ko te nui ake o te hononga.
Take BMK
Ko te huanga ine nui o te waahi Fnl7.1 e whakawaehere ana i te mutunga o te embryogenesis nui te pūmua e hono ana ki te roa o te kaki hua i roto i te totoma.
Whakaputaina: Te Tuhituhi Biotechnology Plant, 2020
Rautaki raupapa:
Nga Maatua (Jin5-508, YN): Katoa te resequencing ira mo te 34x me te 20x.
Nga puna DNA (50 kaki-roa me te kaki-poto e 50): Whakahou mo te 61x me te 52x
Nga hua matua
I roto i tenei rangahau, ko te wehewehe i te taupori(F2 me te F2:3) i hangaia ma te whakawhiti i te raina totoma kaki-roa Jin5-508 me te kaki-poto YN.E rua nga puna DNA i hangaia e te 50 nga tangata kaki-roa me te 50 nga tangata kaki-poto.I tautuhia te QTL hua nui i runga i te Chr07 e te tātaritanga BSA me te mapi tuku iho a QTL.I whakawhäitihia te rohe o te kaitono i te mapi-pai, te ine ira ira me nga whakamatautau whakawhiti, i whakaatu i te ira matua ki te whakahaere i te roa-kaki, CsFnl7.1.I tua atu, ko te polymorphism i roto i te rohe kaiwhakatairanga CsFnl7.1 i kitea e hono ana ki nga korero e rite ana.Ko etahi atu tātaritanga phylogenetic i kii ko te waahi Fnl7.1 te take i ahu mai i Inia.
 Mahere QTL i roto i te tātaritanga BSA hei tautuhi i te rohe kaitono e pa ana ki te roa o te kaki totoma |  Ko nga korero a LOD mo te QTL-kaki kukama te roa i kitea i runga Chr07 |
Xu, X. , et al."Ko te huanga ine nui o te waahi Fnl7.1 e whakawaehere ana i te mutunga o te embryogenesis nui te pūmua e hono ana ki te roa o te kaki hua i roto i te totoma."Te Tuhituhi Hangarau Hangarau tipu 18.7(2020).
