16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Painga Ratonga
● Ko nga panui-roa e whakaatu ana i te raupapa-katoa o te 16S/18S/ITS
● Waea turanga tino tika me te raupapa aratau PacBio CCS
● Taumira taumata-momo i roto i te tuhipoka OTU/ASV
● Rere tātari QIIME2 hou me nga tātaritanga kanorau i runga i te papaunga raraunga, tuhipoka, OTU/ASV.
● E tika ana ki nga rangahau hapori moroiti kanorau
● He nui te wheako o te BMK me te neke atu i te 100,000 tauira/tau, e hipoki ana i te oneone, te wai, te hau, te para, te tai, te whekau, te kiri, te hupa FERMENTATION, nga pepeke, nga tipu, aha atu.
● Na BMKCloud i whakahaere te whakamaoritanga raraunga kei roto 45 taputapu tātari whaiaro
Whakatakotoranga Ratonga
| WhakaraupapaPaerewa | Whare Pukapuka | Raraunga e taunaki ana | Wā Hurihuri |
| PacBio Sequel II | SMRT-pere | 5K/10K/20K nga Tohu | 44 Nga ra mahi |
Ko nga rangahau bioinformatics
● Mana kounga raraunga raw
● Huihuinga OTU/De-noise(ASV)
● Kuputuhi OTU
● Kanorau Arepa
● Te kanorau Beta
● Te tātari-a-rōpū
● Te tātari hononga ki nga ahuatanga whakamatautau
● Matapae ira mahi
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
Whakaritenga Tauira:
MoNga tangohanga DNA:
| Momo Tauira | Te nui | Te aro | Maamaa |
| Nga tangohanga DNA | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Mo nga tauira taiao:
| Momo tauira | Te tikanga mo te tauira tauira |
| Te oneone | Te rahinga tauira: approx.5 g;Ko te toenga o nga mea memenge me tango atu i te mata;Korohia nga mongamonga nui, ka haere i roto i te tātari 2 mm;Aliquot tauira i roto i horomata EP-ngongo cyrotube ranei mo te rahui. |
| Feces | Te rahinga tauira: approx.5 g;Kohikohi me te tuku tauira i roto i te ngongo EP-kore, te cryotube ranei mo te rahui. |
| Kei roto i te whekau | Me tukatuka nga tauira i raro i te ahua aseptic.Horoia nga kiko kua kohia me te PBS;Whakanuia te PBS me te kohikohi i te pupuhi i roto i nga ngongo EP. |
| Paru | Te rahinga tauira: approx.5 g;Kohikohi me te tuku tauira para i roto i te ngongo EP parakore, te cryotube ranei mo te rahui |
| Waiwai | Mo te tauira he iti te rahi o te moroiti, penei i te wai tap, te wai puna, me era atu, Kohia kia 1 rita te wai ka haere ma te tātari 0.22 μm hei whakarangatira i te moroiti i runga i te kiriuhi.Whakaorangia te kiriuhi ki roto i te ngongo parakore. |
| kiri | Āta wiriwirihia te mata kiri ki te ūkui miro parakore, te mata hāparapara rānei, ka waiho ki roto i te ngongo parakore. |
Tukunga Tauira Manakohia
Whakatiotia nga tauira ki roto i te hauota wai mo te 3-4 haora ka penapena ki roto i te hauota wai, -80 tohu ranei ki te rahui mo te wa roa.Ko te tuku tauira me te huka maroke e hiahiatia ana.
Te Rerenga Mahi Ratonga
Te tuku tauira
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
1.Reeti tuhipoka o V3+V4(Illumina)-a-te-a-iwi moroiti moroiti whakaahuatanga vs. Katoa-roa (PacBio)-whakapapa.
(I tonohia nga raraunga o nga kaupapa 30 i kohia matapōkeretia mo nga tatauranga)
2.Reeti korero mo te raupapa amplicon roa-katoa i te taumata-momo i roto i nga momo tauira rereke
3.Te tohatoha momo
4.Rakau Phylogenetic
Take BMK
Ko te rongonga arsenic ka whakararu i te kino arai intestinal me te whakahohenga o te tuaka gut-ate ka arahi ki te mumura me te pyroptosis o te ate i roto i nga parera.
Whakaputaina:Pūtaiao o te Taiao Tapeke,2021
Rautaki raupapa:
Tauira: Mana vs 8 mg/kg ATO rōpū kitea
Whakaraupapa hua raraunga: 102,583 raupapa CCS mata katoa
Mana: 54,518 ± 747 CCS whai hua
ATO-whakakitea : 45,050 ± 1675 CCS whai hua
Nga hua matua
Rerekētanga Arepa:I tino whakarereketia e te ATO te nui o te moroiti intestinal me te rereketanga o nga parera.
Te tātari metastats:
I roto i te taumata o te phylum: 2 phyla huakita ka kitea i roto i nga roopu whakahaere
I roto i te taumata o te puninga: 6 nga puninga i kitea he tino rerekee i roto i te maha o nga momo
I te taumata momo: 36 nga momo i tautuhia katoatia, e 6 o ratou he tino rerekee te nui o te whakaoranga.
Tohutoro
Thingholm, LB , et al."Ko nga tangata momo me te kore mo te mate huka momo 2 e whakaatu ana i te kaha me te titonga o te Gut Microbial."Kaihautū Pūtau me te Microbe26.2(2019).
