Fizarana transcriptome manontolo - Illumina
Toetoetra
● Tranombokim-boky roa hanisa ny transcriptome feno: fihenan'ny rRNA arahin'ny fanomanana tranomboky PE150 sy ny fifantenana ny habeny arahin'ny fanomanana tranomboky SE50
● Famakafakana bioinformatika feno momba ny mRNA, lncRNA, circRNA ary miRNA amin'ny tatitra momba ny bioinformatika misaraka
● Famakafakana iraisan'ny fanehoana RNA rehetra amin'ny tatitra mitambatra, ao anatin'izany ny famakafakana ny tambajotra ceRNA.
Tombontsoa amin'ny serivisy
●Famakafakana lalina momba ny tambajotra mifehy: Ny famakafakana tambajotra ceRNA dia azo atao amin'ny alàlan'ny filaharana miaraka amin'ny mRNA, lncRNA, circRNA ary miRNA ary amin'ny alàlan'ny workflow bioinformatic feno.
●Fanazavana feno: mampiasa angon-drakitra maromaro izahay mba hanoratana ny Genes Differentially Expressed Genes (DEGs) ary hanao ny famakafakana fanatsarana mifanaraka amin'izany, manome fanazavana momba ny fizotry ny sela sy ny molekiola ao ambanin'ny valin'ny transcriptome.
●Extensive Expertise: miaraka amin'ny firaketana an-tsoratra nahavita nanakatona tetikasa maherin'ny 2000 amin'ny sehatra fikarohana isan-karazany, mitondra traikefa be dia be amin'ny tetikasa tsirairay ny ekipanay.
●Fanaraha-maso kalitao henjana: Mampihatra teboka fanaraha-maso fototra amin'ny dingana rehetra izahay, manomboka amin'ny fanomanana santionany sy tranomboky ka hatramin'ny sequencing sy bioinformatics.Ity fanaraha-maso feno fahamalinana ity dia miantoka ny fandefasana vokatra avo lenta tsy tapaka.
● Fanamarihana feno: mampiasa angon-drakitra maromaro izahay mba hanoratana ny Genes Differentially Expressed Genes (DEGs) ary hanao ny famakafakana fanatsarana mifanaraka amin'izany, manome fanazavana momba ny fizotry ny sela sy ny molekiola ao ambanin'ny valin'ny transcriptome.
●Fanohanana aorian'ny varotra: Ny fanoloran-tenantsika dia mihoatra ny fahavitan'ny tetikasa miaraka amin'ny fe-potoana 3 volana aorian'ny fivarotana.Mandritra izany fotoana izany dia manolotra fanaraha-maso ny tetikasa, fanampiana amin'ny famahana olana, ary fotoam-pivoriana Q&A mba hamahana ireo fanontaniana mifandraika amin'ny valiny.
Santionany takiana sy ny fanaterana
| -BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah | Strategy sequencing | Data soso-kevitra | Fanaraha-maso kalitao |
| lany ny rRNA | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Habe nofantenana | Illumina SE50 | 10-20M mamaky |
Santionany takiana:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Vola (μg) | fahadiovana | Tsy Nivadika |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | Zavamaniry: RIN≥6.5 Biby: RIN≥7.0 5.0≥28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy elevation baseline |
Fanaterana santionany soso-kevitra
Kaontenera:
2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3;B1, B2, B3...
fandefasana:
1. Dry-ice: Ny santionany dia mila fenoina ao anaty kitapo ary alevina ao anaty ranomandry maina.
2.RNA stable fantsona: ARN santionany azo maina ao amin'ny ARN stabilization tube (ohatra RNAstable®) ary alefa ao amin'ny efitrano mari-pana.
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana RNA
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
Bioinformatics
Famintinana ny fanehoana RNA
Genes differentially Expressed
ceRNA analyse
MiRNA amin'ny fomba samihafa sy RNA mifandraika amin'izany
Tadiavo ny fivoaran'ny fikarohana nohamafisin'ny tolotra famandrihana transcriptome manontolo an'ny BMKGene amin'ny alalan'ny fanangonana boky voarindra.
Dai, Y. et al.(2022) 'Filazalazana feno momba ny mRNA, lncRNA ary miRNA amin'ny aretina Kashin-Beck fantatra amin'ny alàlan'ny RNA-sequencing', Molecular Omics, 18 (2), p. 154-166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) 'Famakafakana transcriptomes feno momba ny fanoherana mangatsiaka ny Apis cerana ao amin'ny Tendrombohitra Changbai mandritra ny vanim-potoanan'ny ririnina.', Gene, 830, p. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al.(2022) 'Ny laharam-pahamehana mifototra amin'ny multi-Omics Integration amin'ny tambajotra mifehy ny RNA endogenous mifaninana amin'ny homamiadan'ny havokavoka sela kely: toetran'ny molekiola sy ny kandidan'ny zava-mahadomelina', Frontiers in Oncology, 12, p.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) 'Ny famakafakana mitambatra amin'ny mombamomba ny lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA dia manambara fomba fijery vaovao momba ny mekanika mety ho setrin'ny nematodes-knot amin'ny voanjo', BMC Genomics, 23 (1), p. 1-12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/Sary/7.
Yan, Z. et al.(2022) 'Ny fizotry ny RNA transcriptome manontolo dia manasongadina ny mekanika molekiola mifandraika amin'ny fikojakojana ny kalitaon'ny postharvest amin'ny broccoli amin'ny alàlan'ny taratra LED mena', Postharvest Biology and Technology, 188, p.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
