-
Fizarana mRNA feno lava-Nanopore
Ny sequencing RNA dia fitaovana tena sarobidy ho an'ny famakafakana transcriptome feno.Tsy isalasalana fa nahavita fivoarana lehibe maro teto ny filaharan'ny famakiana fohy nentim-paharazana.Na izany aza, matetika izy io dia miatrika fetra amin'ny famantarana isoforma feno, ny quantification, ny fitongilanana PCR.
Ny filaharan'ny nanopore dia manavaka ny tenany amin'ny sehatra fandrindrana hafa, satria ny nucleotides dia vakiana mivantana tsy misy ADN ary miteraka vakiteny lava amin'ny kilobazy am-polony.Izany dia manome hery ny famakiana mivantana amin'ny alàlan'ny fandikana feno sy ny fiatrehana ireo fanamby amin'ny fianarana ambaratonga isoform.
Platform：Nanopore PromethION
Tranomboky:cDNA-PCR
-
De novo Fizarana Transcriptome feno -PacBio
De novofilaharan'ny transcriptome manontolo, fantatra ihany koa amin'ny hoeDe novoNy Iso-Seq dia mandray ny tombony amin'ny sequencer PacBio amin'ny halavan'ny famakiana, izay ahafahan'ny sequence ny molekiola cDNA feno tsy misy fiatoana.Misoroka tanteraka ny lesoka rehetra ateraky ny dingana fivorian'ny transcript izany ary manangana andiana unigene miaraka amin'ny famahana ny isoform-level.Ity andiany unigene ity dia manome fampahalalana fototarazo mahery vaika ho "genome reference" amin'ny ambaratonga transcriptome.Ho fanampin'izany, miaraka amin'ny angon-drakitra filaharana amin'ny taranaka manaraka, ity serivisy ity dia manome hery ny fanombanana marina ny fitenenana isoforme.
Platform: PacBio Sequel IITranomboky: tranomboky lakolosy SMRT -
Eukaryotic mRNA sequencing-Illumina
Ny filaharana mRNA dia ahafahan'ny mombamomba ny mRNA rehetra nadika avy amin'ny sela ao anatin'ny fepetra manokana.Izy io dia teknolojia mahery vaika hanehoana ny mombamomba ny fanehoana ny fototarazo, ny firafitry ny fototarazo ary ny mekanika molekiola amin'ny dingana biolojika sasany.Hatramin'izao, ny filaharana mRNA dia nampiasaina betsaka tamin'ny fikarohana fototra, diagnostika klinika, fampivoarana zava-mahadomelina, sns.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Tsy mifototra amin'ny fanondroana mRNA-Illumina
Ny fizotry ny mRNA dia mampiasa teknika fandrindrana taranaka manaraka (NGS) mba hisambotra ny RNA (mRNA) iraka amin'ny Eukaryote amin'ny vanim-potoana manokana izay miasa manokana.Nantsoina hoe 'Unigene' ny transcript lava indrindra natambatra ary nampiasaina ho filaharan'ny famakafakana manaraka, izay fomba mahomby handinihana ny mekanika molekiola sy tambajotra mifehy ny karazana tsy misy fanondroana.
Taorian'ny fivorian'ny angon-drakitra transcriptome sy ny fanamarihan'ny unigene functional
(1) Ny famakafakana SNP, ny famakafakana SSR, ny faminaniana CDS ary ny firafitry ny fototarazo dia hamboarina mialoha.
(2) Ny fampitomboana ny fitenenana unigene isaky ny santionany dia hatao.
(3) Ny unigenes aseho amin'ny fomba samihafa eo amin'ny santionany (na vondrona) dia ho hita mifototra amin'ny fitenenana unigene
(4) Ny fivondronana, ny fanamafisam-peo miasa ary ny famakafakana ny fanamafisam-peo amin'ny unigenes tsy mitovy dia hatao
-
Sequencing tsy misy kaody lava-Illumina
Ny RNA tsy misy kaody lava (lncRNAs) dia karazana molekiolan'ny RNA manana halavany mihoatra ny 200 nt, izay mampiavaka azy amin'ny mety ho fiodinana ambany dia ambany.LncRNA, amin'ny maha-mpikambana manan-danja amin'ny RNA tsy misy kaody, dia hita indrindra ao amin'ny nucleus sy plasma.Ny fivoarana amin'ny teknôlôjian'ny filaharana sy ny bioinformatika dia ahafahana mamantatra ireo lncRNA vaovao maro ary mampifandray ireo manana fiasa biolojika.Ny porofo mitambatra dia milaza fa ny lncRNA dia tafiditra betsaka amin'ny fitsipika epigenetika, ny transcription ary ny post-transcription.
-
RNA kely sequencing-Illumina
Ny RNA kely dia manondro kilasy molekiola RNA tsy misy kaody izay matetika latsaky ny 200nt ny halavany, anisan'izany ny micro RNA (miRNA), RNA interference kely (siRNA), ary ny RNA mifandray amin'ny piwi (piRNA).
MicroRNA (miRNA) dia kilasin'ny RNA kely endogenous miaraka amin'ny halavan'ny 20-24nt eo ho eo, izay mitana andraikitra manan-danja isan-karazany amin'ny sela.MiRNA dia tafiditra amin'ny fizotry ny fiainana maro izay mampiseho ny sela - manokana sy dingana - fanehoana manokana ary tena voatahiry amin'ny karazana samihafa.
-
circRNA sequencing-Illumina
Ny filaharan'ny transcriptome manontolo dia natao hampahafantarana ireo karazana molekiola RNA rehetra, ao anatin'izany ny kaody (mRNA) sy ny RNA tsy misy kaody (ao anatin'izany ny lncRNA, circRNA ary miRNA) izay soratan'ny sela manokana amin'ny fotoana iray.Ny filaharan'ny transcriptome manontolo, fantatra amin'ny anarana hoe "sequencing RNA total" dia mikendry ny hamoaka tambajotra mifehy tanteraka amin'ny ambaratonga transcriptome.Manararaotra ny teknolojia NGS, ny filaharan'ny vokatra transcriptome manontolo dia azo alaina amin'ny famakafakana ceRNA sy ny famakafakana RNA miaraka, izay manome ny dingana voalohany mankany amin'ny famaritana asa.Manambara tambajotra mifehy ny circRNA-miRNA-mRNA mifototra amin'ny ceRNA.
-
Fizarana transcriptome manontolo - Illumina
Ny filaharan'ny transcriptome manontolo dia natao hampahafantarana ireo karazana molekiola RNA rehetra, ao anatin'izany ny kaody (mRNA) sy ny RNA tsy misy kaody (ao anatin'izany ny lncRNA, circRNA ary miRNA) izay soratan'ny sela manokana amin'ny fotoana iray.Ny filaharan'ny transcriptome manontolo, fantatra amin'ny anarana hoe "sequencing RNA total" dia mikendry ny hamoaka tambajotra mifehy tanteraka amin'ny ambaratonga transcriptome.Manararaotra ny teknolojia NGS, ny filaharan'ny vokatra transcriptome manontolo dia azo alaina amin'ny famakafakana ceRNA sy ny famakafakana RNA miaraka, izay manome ny dingana voalohany mankany amin'ny famaritana asa.Manambara tambajotra mifehy ny circRNA-miRNA-mRNA mifototra amin'ny ceRNA.
-
Prokaryotic RNA sequencing
Ny sequencing RNA prokaryotic dia mampiasa ny sequencing taranaka manaraka (NGS) mba hanehoana ny fisian'ny RNA sy ny habetsahan'ny RNA amin'ny fotoana iray, amin'ny famakafakana ny fiovan'ny transcriptome sela.Ny filaharan'ny RNA prokaryotika an'ny orinasanay, dia mikendry manokana ny prokaryotes misy génome reference, manome anao ny transcriptome profiling, ny famakafakana ny firafitry ny fototarazo, sns. Nampiharina be tamin'ny fikarohana siantifika fototra, fikarohana momba ny zava-mahadomelina ary fampandrosoana, sy ny maro hafa.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranscriptome Sequencing
Ny fizotry ny metatranscriptome dia manondro ny fanehoana ny mikraoba (na eukaryotes na prokaryotes) ao anatin'ny tontolo voajanahary (izany hoe tany, rano, ranomasina, diky, ary tsinay.). ny karazana, ny famakafakana fampitomboana ny fototarazo samihafa, sy ny maro hafa.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
