Products

Prokaryotic RNA sequencing

Ny sequencing RNA prokaryotic dia mampiasa sequencing taranaka manaraka (NGS) mba hanehoana ny fisian'ny RNA sy ny habetsahan'ny RNA amin'ny fotoana iray, amin'ny famakafakana ny fiovan'ny transcriptome sela.Ny filaharan'ny RNA prokaryotic an'ny orinasanay, dia mikendry manokana ny prokaryotes misy génome reference, manome anao ny transcriptome profiling, ny famakafakana ny firafitry ny fototarazo, sns. Nampiharina be tamin'ny fikarohana siantifika fototra, fikarohana sy fampivoarana zava-mahadomelina, sy ny maro hafa.

Platform: Illumina NovaSeq Platform

Mifandraisa aminay

Service Details

Service Specifications

Platform: sehatra Illumina NovaSeq, PE150

Karazana tranomboky: 350bp ampidiro ny tranomboky cDNA (miankina amin'ny fizarana faratampony)

Paikady filaharana: Miara-End 150 bp

Soso-kevitra ny habetsaky ny angona: 2 Gb manta data/santionany

Bioinformatics

(1) Fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona: fizarana nucleotide, fizarana kalitao fototra, fanombanana ny tahan'ny rRNA;

(2) Famakafakana fampifanarahana ny filaharana: antontan'isa vokatry ny fampifanarahana, Saturation ny filaharana, Fandrakofana ny filaharana;

(3) Fanondroana fototarazo (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Famakafakana fanehoan-kevitra: Fizarana fanehoan-kevitra (miaraka amin'ny santionany roa na maromaro), Famakafakana ny fanehoan-kevitra eo amin'ny santionany (fanadihadiana Venn, fanadihadiana mifandraika, fanadihadiana PCA);

(5) Famakafakana fanehoan-kevitra samihafa (miaraka amin'ny santionany roa na maromaro);

(6) Famakafakana Gene set: Venn analysis, Cluster analysis, Function annotation analysis (COG, GO, KEGG), Function enrichment analysis (GO, KEGG), Function enrichment chordal graph, Ipath analysis;

(7) famakafakana sRNA: vinavina sRNA, fanamarihana sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), faminaniana momba ny rafitra faharoa sRNA, faminaniana sRNA kendrena;

(8) Fandinihana ny rafitry ny transcript: Famakafakana Operon, Famantarana ny toerana fanombohana sy fiafaran'ny Transcription, fanamarihana sy famakafakana UTR, Faminanian'ny filaharan'ny mpanentana, famakafakana SNP/InDel (SNP/InDel annotation, fizarana faritra SNP/InDel, statistika SNP).