-
Fanadihadiana momba ny fikambanana Genome-wide
Ny fandalinana ny fikambanan'ny genome-wide (GWAS) dia mikendry ny hamantatra ireo karazana fototarazo (genotype) izay mifandray amin'ny toetra manokana (phenotype).Ny fandalinana GWAS dia manadihady ireo marika fototarazo mamakivaky ny génome iray manontolo amin'ny olona marobe ary maminavina ny fikambanan'ny genotype-phenotype amin'ny alàlan'ny famakafakana statistika amin'ny haavon'ny mponina.Nampiasaina be dia be izy io tamin'ny fikarohana momba ny aretin'olombelona sy ny fitrandrahana fototarazo miasa amin'ny toetra sarotra amin'ny biby na zavamaniry.
-
Fandrindrana Genome manontolo ny zava-maniry/biby
Ny famerimberenan'ny genome manontolo, fantatra ihany koa amin'ny hoe WGS, dia mamela ny fanehoana ireo fiovana mahazatra sy tsy fahita firy amin'ny génome manontolo ao anatin'izany ny Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure Variation (SV), ary Copy Number Variation (CNV). ).Ny SV dia mahaforona ampahany lehibe kokoa amin'ny fototra miovaova noho ny SNP ary misy fiantraikany lehibe kokoa amin'ny génome, izay misy fiantraikany lehibe amin'ny zavamananaina.Ny famerimberenan'ny famakiana lava dia ahafahana mamantatra tsara kokoa ny sombintsombiny lehibe sy ny fiovaovana sarotra satria ny famakiana lava dia manamora kokoa ny fiampitana krômôzôma amin'ny faritra sarotra toy ny famerenana tandem, faritra manankarena GC/AT, ary faritra hypervariable.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Genetika evolisiona
Ny génétika evolisiona dia serivisy filaharana feno feno natao hanomezana fanazavana feno momba ny fampahalalana momba ny evolisiona momba ny fitaovana nomena mifototra amin'ny fiovaovan'ny fototarazo, ao anatin'izany ny SNPs, InDels, SVs ary CNVs.Izy io dia manome ny famakafakana fototra rehetra ilaina amin'ny famaritana ny fiovan'ny evolisiona sy ny toetran'ny fototarazo amin'ny mponina, toy ny firafitry ny mponina, ny fahasamihafan'ny fototarazo, ny fifandraisana amin'ny phylogeny, sns. Izy io koa dia mirakitra fanadihadiana momba ny fikorianan'ny fototarazo, izay manome hery ny fanombanana ny haben'ny mponina mahomby, ny fotoana tsy fitoviana.
-
Génomika fampitahana
Ny génomika fampitahana dia midika ara-bakiteny ny fampitahana ny filaharan'ny fototarazo feno sy ny firafitry ny karazana samihafa.Ity taranja ity dia mikendry ny hampiseho ny fivoaran'ny karazana, ny fiasan'ny fototarazo, ny rafitra mifehy ny fototarazo amin'ny ambaratongan'ny génome amin'ny alàlan'ny famantarana ny firafitry ny filaharana sy ny singa izay nitahiry na nanavaka ny karazana samihafa.Ny fandalinana génomika fampitahana mahazatra dia ahitana ny famakafakana ao amin'ny fianakavian'ny fototarazo, ny fivoaran'ny evolisiona, ny dika mitovy amin'ny genome manontolo, ny tsindry mifantina, sns.
-
Hi-C miorina amin'ny Genome Assembly
Ny Hi-C dia fomba iray natao hisamborana ny fandrindrana krômôzôma amin'ny alàlan'ny fampifangaroana ny fifandraisana mifototra amin'ny akaiky sy ny filaharana avo lenta.Ny hamafin'ireo fifandraisana ireo dia heverina fa misy ifandraisany amin'ny elanelana ara-batana amin'ny chromosome.Noho izany, ny angon-drakitra Hi-C dia afaka mitarika ny fivondronana, ny filaharana ary ny fandrindrana ny filaharana miangona ao amin'ny fototarazo iray ary ny fametrahana azy ireo amin'ny krômôzôma maromaro.Ity teknôlôjia ity dia manome hery ny fivorian'ny génomôma ambaratongan'ny krômôzôma raha tsy misy sarintany fototarazo mifototra amin'ny mponina.Ny génome tsirairay dia mila Hi-C.
Platform: Illumina NovaSeq Platform / DNBSEQ
-
Zavamaniry/biby De Novo Genome Sequencing
De NovoNy sequencing dia manondro ny fananganana fototarazo iray manontolo amin'ny alàlan'ny teknolojian'ny filaharana, ohatra, PacBio, Nanopore, NGS, sns., raha tsy misy fototarazo reference.Ny fanatsarana miavaka amin'ny halavan'ny famakiana ny teknolojian'ny andiany fahatelo dia nitondra fahafahana vaovao amin'ny fanangonana génome sarotra, toy ireo manana heterozygosity avo, tahan'ny faritra miverimberina, polyploids, sns. famahana singa miverimberina, faritra misy atiny GC tsy ara-dalàna ary faritra hafa be pitsiny.
Platform: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq Platform
-
Fizarana Exome manontolo olombelona
Ny sequencing exome manontolo (WES) dia raisina ho tetik'ady fandrefesana lafo vidy hamantarana ny fiovan'ny aretina.Na dia eo amin'ny 1.7% eo ho eo amin'ny génome iray manontolo aza ny exon, dia maneho mivantana ny mombamomba ny fiasan'ny proteinina manontolo izany.Ao amin'ny génome olombelona, voalaza fa mihoatra ny 85% ny fiovan'ny aretina mifandraika amin'ny aretina dia mitranga ao amin'ny faritra misy proteinina.
Ny BMKGENE dia manolotra serivisy fanaraha-maso exome manontolo ho an'ny olombelona feno sy malefaka miaraka amin'ny paikady fisamborana exon samihafa azo atao mba hahatratrarana tanjona fikarohana samihafa.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Fizarana sombintsombiny amplified-toerana manokana (SLAF-Seq)
Ny genotyping avo lenta, indrindra amin'ny mponina midadasika, dia dingana iray fototra amin'ny fandalinana ny fikambanan'ny génétique, izay manome fototra fototarazo ho an'ny fikarohana fototarazo miasa, fanadihadiana momba ny evolisiona, sns. ) dia nampidirina mba hanamaivanana ny vidin'ny filaharana isaky ny santionany, ary hitazonana ny fahombiazany amin'ny fahitana marika fototarazo.Mazàna no tratra izany amin'ny alalan'ny fakana ny sombintsombin'ny fameperana ao anatin'ny halehiben'ny habe nomena, izay antsoina hoe tranomboky famakafakana mihena (RRL).Ny sequencing fragment amplified specific-locus (SLAF-Seq) dia paikady novolavolain-tena ho an'ny genotyping SNP misy na tsy misy genome reference.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
