MRNA Sequencing-Illumina tsy mifototra amin'ny fanondro
Toetoetra
● Tsy miankina amin'ny génome reference rehetra,
● Ny angon-drakitra dia azo ampiasaina handinihana ny rafitra sy ny fanehoana ny dika soratra
● Fantaro ireo toerana fitetezana miovaova
Tombontsoa amin'ny serivisy
● Fanaterana vokatra mifototra amin'ny BMKCloud: Ny vokatra dia aterina ho rakitra angona sy tatitra ifanakalozan-kevitra amin'ny alàlan'ny sehatra BMKCloud, izay ahafahan'ny mpampiasa mamaky ny voka-panadihadiana sarotra sy ny fitrandrahana angon-drakitra namboarina mifototra amin'ny famakafakana bioinformatika mahazatra.
● Serivisy aorian'ny varotra: Serivisy aorian'ny fivarotana manan-kery mandritra ny 3 volana aorian'ny fahavitan'ny tetikasa, ao anatin'izany ny fanaraha-maso ny tetikasa, ny famahana olana, ny valin'ny Q&A, sns.
Santionany takiana sy ny fanaterana
Santionany takiana:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Vola (μg) | fahadiovana | Tsy Nivadika |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | Ho an'ny zavamaniry: RIN≥6.5; Ho an'ny biby: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy elevation baseline |
Tavy: Lanja (maina): ≥1 g
* Ho an'ny tavy kely kokoa noho ny 5 mg, dia manoro hevitra ny handefa santionany sela tselatra mangatsiaka (amin'ny azota azota).
Fiatoana sela: Isan'ny sela = 3×107
* Manoro hevitra izahay handefa lysate sela mangatsiaka.Raha toa ka latsaky ny 5×10 io sela io5, tselatra mivaingana amin'ny azota ranona no soso-kevitra.
Santionan'ny ra:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol sy ra 2mL(TRIzol:Blood=3:1)
Fanaterana santionany soso-kevitra
Kaontenera:
2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3;B1, B2, B3...
fandefasana:
1. Dry-ice: Ny santionany dia mila fenoina ao anaty kitapo ary alevina ao anaty ranomandry maina.
2.RNA stable fantsona: ARN santionany azo maina ao amin'ny ARN stabilization tube (ohatra RNAstable®) ary alefa ao amin'ny efitrano mari-pana.
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana RNA
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
Bioinformatics
1.mRNA(denovo) Fitsipiky ny Fivoriambe
Araka ny Trinite, ny vakiteny dia zaraina ho ampahany kely kokoa, fantatra amin'ny anarana hoe K-mer.Ireo K-mers ireo dia ampiasaina ho masomboly hanitatra ho contigs ary avy eo dia singa mifototra amin'ny contig overlappings.Farany, nampiharina teto ny De Bruijn mba hamantarana ireo dika mitovy amin'ireo singa.
mRNA (De novo) Overview ny Trinite
2.mRNA (De novo) Fizarana ny haavon'ny fanehoana ny fototarazo
Ny RNA-Seq dia afaka mahatratra tombantombana tena saro-pady amin'ny fanehoana fototarazo.Amin'ny ankapobeny, ny isan-karazany azo jerena amin'ny fitenenana FPKM dia manomboka amin'ny 10^-2 ka hatramin'ny 10^6.
mRNA (De novo) Fizarana ny hakitroky ny FPKM isaky ny santionany
3.mRNA (De novo) GO Enrichment Analysis ny DEGs
Ny angon-drakitra GO (Gene Ontology) dia rafitra fanoritsoritana biolojika misy voambolana mahazatra momba ny fiasan'ny fototarazo sy ny fototarazo.Izy io dia misy ambaratonga maromaro, izay ny ambany kokoa ny haavony, ny voafaritra kokoa ny fiasa.
mRNA (De novo) GO fanasokajiana ny DEGs amin'ny ambaratonga faharoa
BMK Case
Famakafakana Transcriptome momba ny Metabolisma Sucrose mandritra ny fivontosana sy ny fivoaran'ny tongolobe (Allium cepa L.)
Navoaka: sisintany amin'ny siansa zava-maniry，2016
Strategy sequencing
Illumina HiSeq2500
Fanangonana santionany
Ny kolontsaina Utah Yellow Sweet Spain "Y1351" dia nampiasaina tamin'ity fandalinana ity.Ny isan'ny santionany voaangona dia
Andro faha-15 aorian'ny fivontosana (DAS) ny takamoa (2 sm ny savaivony ary 3-4 g ny lanjany), ny faha-30 ny DAS (5 sm ny savaivony ary 100-110 g ny lanjany), ary ny ∼3 amin'ny faha-40 ny DAS (7-cm ny savaivony ary 260-300 grama).
Vokatra lehibe
1. Ao amin'ny kisary Venn, dia 146 DEG no hita manerana ny dingana telo amin'ny fivoarana.
2. Ny "transport carbohydrate sy metabolism" dia tsy misy afa-tsy 585 unigenes (izany hoe, 7% amin'ny COG voamarika).
3. Nosokajiana ho sokajy telo lehibe ho an'ireo dingana telo samihafa amin'ny fivoaran'ny takamoa ny Unigenes.Ny ankamaroan'ny voasolo tena ao amin'ny sokajy fototra "biolojika" dia "fizotry ny metabolika", arahin'ny "fizotry ny sela".Ao amin'ny sokajy lehibe amin'ny "asa molekiola" ny sokajy roa tena nasehon'izy ireo dia ny "mamatotra" sy ny "activité catalytic".
 Histograma ny fanasokajiana vondrona orthologous (COG). |  Histograma momba ny fanasokajiana ny fototarazo (GO) ho an'ny unigen azo avy amin'ny takamoa amin'ny dingana telo amin'ny fivoarana. |
 Diagram Venn mampiseho fototarazo tsy mitovy amin'ny dingana roa amin'ny fivoaran'ny takamoa tongolo |
Reference
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Famakafakana Transcriptome momba ny Metabolisma Sucrose mandritra ny fivontosan'ny jiro sy ny fivoaran'ny tongolobe (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
