GENOME EVOLUTION
Genome De novo
Assembly|Famantarana ny firaisana ara-nofo Ny asa filaharana manontolo sy ny serivisy bioinformatic ampahany dia nomen'ny Biomarker Techonologies.
Abstract
“Ny endri-javatra malaza amin'ny seadragons dia ahitana fanampin-dravina, vava tubular tsy misy nify, ary bevohoka amin'ny lahy izay miteraka atody misy zezika eo amin'ny "paty" misokatra.Ny génome lahy sy vavy amin'ny seadragon mahazatra (Phyllopteryx taeniolatus) sy ny karazany mifandray akaiky aminy, ny alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Ny mombamomba ny fandikana avy amin'ny zava-baovao evolisiona, ny fanampin'ny raviny, dia mampiseho fa ny andiana fototarazo izay mazàna tafiditra amin'ny fivoaran'ny vombony dia nofantenana ary koa ny fampitomboana ny sora-baventy ho an'ny fanamboarana ny tavy sy ny fototarazo fiarovana fiarovana.Ny mutants zebrafish ho an'ny scpp5, izay very amin'ny syngnathids rehetra, dia hita fa tsy ampy na nanimba nify pharyngeal, manohana ny fiheverana fa ny fahaverezan'ny scpp5 dia nahatonga ny fahaverezan'ny nify ao amin'ny syngnathids.Nisy toerana iray mamaritra ny firaisana ara-nofo izay mamaritra ny fototarazo amhr2y manokana ho an'ny lehilahy izay nozarain'ny seadragon mahazatra sy ny trondro alligator. ”
Fitaovana sy fomba fiasa:
Akora
Fny seadragon mahazatra antsika (P. taeniolatus) ary trondro alligator roa (S. biaculeatus) santionany.Olona roa (lehilahy iray sy vavy iray) ary trondro alligator roa (lehilahy iray sy vavy) no nampiasaina tamin'ny filaharan'ny génome manontolo, ary olona roa hafa mahazatra an-dranomasina no nampiasaina ho an'ny resequencing genome.
Genome Sequencing paikady
2Tranomboky 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) na Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000) .sequencing, ary olona roa hafa mahazatra seadragon lahy dia nampiasaina ho an'ny genome resequencing.
Transcriptome Sequencing
Fna angon-dranomasina mahazatra, ny atidoha, ny maso, ny gill, ny atiny, ny fo, ny voa, ny mesenterie, ny tsinainy, ny hozatra, ny vombony, ny hoditra, ny appendage mitovy amin'ny ravina, ny testis ary ny fihary atodinaina.
Genome de novo assembly strategy
Canu (Fanitsiana) + WTDBG2 (Assembly) + Pilon(Polandia) + Lachesis (Hi-C).
Vokatra lehibe
Fig. 1. Ny endri-javatra fototra amin'ny seadragon mahazatra (P. taeniolatus) sy ny trondro aligator (S. biaculeatus) ary ny toerana misy azy.
Sary 2. Ny morphologie sy ny firafitry ny fototarazo amin'ny appendage mitovy amin'ny raviny ao amin'ny seadragon mahazatra (P. taeniolatus).
Sary 3. Ny fototarazo hamaritana ny firaisana ara-nofo ao amin'ny seadragon mahazatra (P. taeniolatus) sy ny trondro alligator (S. biaculeatus).
Fig. 4. Pharyngeal phenotypes amin'ny zebrafish scpp5 homozygous mutants.
Fotoana fandefasana: Jan-08-2022