GENOME EVOLUTION, PANGENOME
Inona no atao hoe Pan-genome?
Ny porofo voaangona dia mampiseho fa mety ho lehibe ny fahasamihafana eo amin'ny karazana karazana.Ny fototarazo tokana dia tsy ampy hahazoana ny sary manontolo momba ny fampahafantarana fototarazo amin'ny karazana tokana.Ny tanjon'ny fandalinana Pan-genome dia ny hahazoana grafika génomika feno kokoa amin'ny karazana iray ary hamadika ny fifandraisana misy eo amin'ny toetra sy ny kaody fototarazo amin'ny alàlan'ny fanaovana fivorian'ny genome de novo amin'ny karazany maro, izay ahafahan'ny fitrandrahana lalindalina kokoa sy midadasika kokoa ny fiovaovana.
Fironan'ny Pan-genome Study
Sary 1 Ny fironana amin'ny taratasy fikarohana navoakan'ny Pan-genome.
Fanamarihana: Ny sary dia mampiseho ny vokatry ny fakana ny "pan-genome" ho teny fototra hikaroka ny lohatenin'ny lahatsoratra navoaka tao amin'ny gazety andiany Nature, Cell and Science.
a.Ny vakiteny avy amin'ny santionany maro dia ampifandraisina amin'ny reference ary ny tsy mifanentana dia atambatra ho contigs vaovao.Amin'ny fampidirana ireo contigs vaovao ireo amin'ny filaharan'ny reference tany am-boalohany, dia azo amboarina ny reference pangenome.Ny faritra azo tsinontsinoavina dia tapa-kevitra mifototra amin'ny fametahana ny vakiana rehetra miverina amin'ny pangenome.
b.Ny fivorian'ny de novo amin'ny génome amin'ny fidirana maro dia ahafahan'ny fomba fampifanarahana ny génome manontolo hamantarana ireo faritra génomika azo alaina.
c.Ny sarin'ny pan-genome dia azo amboarina avy amin'ny fampifanarahana ny génome manontolo na amin'ny alàlan'ny fivorian'ny graph de novo, izay mitahiry tsara ny vaovao isan-karazany amin'ny faritra azo alaina ho lalana tokana amin'ny alàlan'ny grafika.
Ahoana ny fomba hamoronana Pan-genome?
Sary 2 Fampitahana ny fomba fiasa pan-genome1
a.Ny vakiteny avy amin'ny santionany maro dia ampifandraisina amin'ny reference ary ny tsy mifanentana dia atambatra ho contigs vaovao.Amin'ny fampidirana ireo contigs vaovao ireo amin'ny filaharan'ny reference tany am-boalohany, dia azo amboarina ny reference pangenome.Ny faritra azo tsinontsinoavina dia tapa-kevitra mifototra amin'ny fametahana ny vakiana rehetra miverina amin'ny pangenome.
b.Ny fivorian'ny de novo amin'ny génome amin'ny fidirana maro dia ahafahan'ny fomba fampifanarahana ny génome manontolo hamantarana ireo faritra génomika azo alaina.
c.Ny sarin'ny pan-genome dia azo amboarina avy amin'ny fampifanarahana ny génome manontolo na amin'ny alàlan'ny fivorian'ny graph de novo, izay mitahiry tsara ny vaovao isan-karazany amin'ny faritra azo alaina ho lalana tokana amin'ny alàlan'ny grafika.
Pan-genomes navoaka vao haingana
● Fanolanana pan-genome2
● Pan-genome voatabia 3
● Rice Pan -genome4
● Masoandro Pan-genome5
● Pan-genome soja 6
● Rice Pan-genome7
● Barley Pan-genome8
● Pan-genome varimbazaha9
● Sorghum Pan-genome10
● Fitoplankton Pan-genome11
Reference
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes no reference vaovao.Zavamaniry Nat.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Hira JM, Guan Z, Hu J, et al.Ny génome valo avo lenta dia mampiseho ny maritrano pan-genome sy ny fanavahana ny ecotype an'ny Brassica napus.Zavamaniry Nat.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.Ny pan-genome voatabia dia mamoaka fototarazo vaovao sy allele tsy fahita firy mifehy ny tsiron'ny voankazo.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Ny fanadihadian'ny pan-genome dia manasongadina ny halehiben'ny fiovaovan'ny génomika amin'ny vary voavoly sy voavoly [navoaka tao amin'ny Nat Genet ny fanitsiana navoaka.2018 Aog;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Ny fanadihadiana momba ny pan-genome sunflower dia mampiseho fa ny hybridization dia nanova ny votoatin'ny fototarazo sy ny fanoherana ny aretina.Zavamaniry Nat.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-Genome of Soybeans Wild sy voly.Cell.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Ny famakafakana pan-genome momba ny fidirana vary 33 isan-karazany amin'ny fototarazo dia manambara ny fiovaovan'ny génomika miafina [navoaka an-tserasera mialoha ny fanontana, 2021 May 25].Cell.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Ny pan-genome vary orza dia manambara ny lova nafenin'ny fiompiana mutation.Natiora.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Ny fototarazo varimbazaha marobe dia mampiseho ny fiovaovan'ny eran-tany amin'ny fiompiana maoderina.Natiora.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Fiovaovana midadasika ao anatin'ny pan-genome of sorghum ambolena sy bibidia [navoaka an-tserasera mialoha ny fanontana, 20 Mey 2021].Zavamaniry Nat.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Ny pangenome phytoplankton dia manambara ny famindrana fototarazo marindrano prokaryotika amin'ny asa isan-karazany.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Navoaka ny 29 aprily 2020. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Fotoana fandefasana: Jan-04-2022