Tamin'ny taona 2021, ny BMKGENE dia nanatri-maso fikarohana momba ny genome 31 De novo nahomby tamin'ny famoahana gazety avo lenta izay misy fiantraikany amin'ny totalin'ny 320. Ny 15 amin'ireo lahatsoratra dia niara-nanoratra ny 4 tamin'izy ireo dia niara-nanoratra ho mpanoratra voalohany nataon'ny BMKGENE
Taorian'ny fiandohan'ny taona 2022, dia efa nisy lahatsoratra fikarohana roa navoaka tao amin'ny gazety "Génétique Natural" sy "Golecular Plant".Izy ireo dia, "Haplotypes roa samy hafa avy amin'ny génome lychee heterozygous be dia be dia manolotra hetsika fanokanana tsy miankina ho an'ny fambolena vao haingana sy tara" (Fikarohana momba ny génétique Lychee, notarihan'ny College of Horticulture, anjerimanontolo momba ny fambolena any Shina Atsimo, ary mpiara-miasa siantifika, navoaka tao amin'ny Natural Genetics. ), ary ny “Genome sequences an'ireo karazana Sitopsis dimy an'ny Aegilops sy ny niandohan'ny varimbazaha polyploide B-subgenome” (Genome karazana Sitopsis dimy, notarihin'ny ekipa mpikaroka ao amin'ny Northeast Normal University ny Profesora Bao Liu.).Handinika ireo lahatsoratra roa ireo koa izahay ary hizara amin'ny mpamaky.
Andeha hojerentsika ireo lahatsoratra fikarohana tena tsara navoaka tamin'ny 2021 niara-nanoratra tamin'ny BMK sy ireo trano niara-niasa taminay.
Genome Plant - Fandrosoana amin'ny karazana karazana.
1. Ny fivorian'ny genome avo lenta dia manasongadina ny toetran'ny génomika rye sy ny fototarazo manan-danja amin'ny fambolena
Tobim-piaraha-miasa: Henan Agricultural University
Gazety: Genetika voajanahary
Ny fiantraikany: 38.31
Ao amin'ity tetikasa ity, ny fototarazon'ny Weining rye, karazana varimbazaha sinoa malaza, dia nalamina.Ny contigs tafavory (7.74 Gb) dia nitentina 98.47% amin'ny haben'ny genome tombanana (7.86 Gb), miaraka amin'ny 93.67% amin'ny contigs (7.25 Gb) voatendry ho an'ny chromosomes fito.Ny singa miverimberina dia nahaforona ny 90.31% amin'ny fototarazo tafangona.Ny famakafakana fanampiny momba ny fivoriambe Weining dia nanazava vaovao momba ny dika mitovy amin'ny fototarazo sy ny fiantraikan'izy ireo amin'ny fototarazo biosynthesis amin'ny starch, ny fandaminana ara-batana ny prolamin loci, ny fanehoana ny fototarazo dia manasongadina ny toetran'ny lohateny voalohany ary ny faritra chromosomal mifandraika amin'ny trano fonenana sy ny loci amin'ny rye.Ity filaharan'ny genome ity dia mampanantena ny hanafaingana ny fandalinana génomika sy ny fiompiana amin'ny ahitra sy ny voamadinika mifandraika amin'izany.
2. Raozy tsy misy tsindrona: fahitana génomika mifandray amin'ny fampifanarahana ny hamandoana
Tobim-piaraha-miasa: Institut Kunming momba ny botany, Akademia Shinoa momba ny Siansa
Gazety: National Science Review
Ny fiantraikany: 17.273
Ao anatin'ity tetikasa ity, dia nangonina ny santionan'ny 'Basye's Thornless' (BT, kolontsaina Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, genotype mpanorina amin'ny fambolena raozy), ny hybrides F1 ary ny BCF1.Ary nisy fivorian'ny genome reference avo lenta mba hamantarana ireo singa fototarazo mifandraika amin'ny fivoaran'ny prickle stem.Ny haben'ny genome dia manodidina ny 530.6 Mb.Mba hanamarinana ny kalitaon'ny génome tafavory, dia natao ny famakafakana toy ny fampitahana sarintany génétique, ny BUSCO, NGS dia mamaky ny reassembly, ny fampitahana amin'ny OB haplotype, ny fanaraha-maso ny tahan'ny fahadisoana fototra ary ny fanamarinana ny sanda LTR Assembly Index (LAI=20.03).Ity fikarohana ity dia mampiseho ny fomba fandovana saro-pady sy ny mekanika manara-penitra amin'ny prickles stem ary nanome antsika fototra sy loharano vaovao hianarana ny biolojia raozy sy ny marika molekiola misy ifandraisany amin'ny toetra manan-danja.
3. Ny filaharan'ny génome manontolo amin'ny allopolyploid voarafitra ao amin'ny Cucumis dia manambara ny fahitana momba ny fivoaran'ny génome amin'ny allopolyploidization
Tobim-piaraha-miasa: Oniversite Fambolena Nanjing
Gazety: Siansa mandroso
Ny fiantraikany: 16.801
Ity fanadihadiana ity dia nitatitra ny fototarazo avo lenta amin'ny allotetraploid synthetic azo tamin'ny fampiasana hybridization interspecific eo amin'ny kôkômbra (C. sativus, 2n = 14) sy ny karazana havany bibidia (C. hystrix, 2n = 24) ary ny dika mitovy amin'ny krômôzôma manaraka, izay voalohany. allopolyploid synthetic sequence tanteraka.Ny fivorian'ny génome dia nampihatra ny fizotran'ny "PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina”, ka nahatonga ny haben'ny genome 530.8Mb sy contig N50 = 6.5Mb.Ny famakiana dia nomena ho an'ny pseudochromosomes sy subgenome 19.Ny valiny dia nanondro fa ny hybridization, fa tsy ny dika mitovy amin'ny genome, dia miteraka ny ankamaroan'ny fiovan'ny génomika amin'ny fototarazo nokleary sy cp.Nanolo-kevitra fa ny heterozygosity raikitra dia manome C. ×hytivus amin'ny fampifanarahana ny adin-tsaina.Ny vokatra dia manome fomba fijery vaovao momba ny fivoaran'ny polyploidy amin'ny zavamaniry ary manolotra paikady fiompiana ho an'ny voly ho avy.
4. Famakafakana Genome Comparative Manasongadina ny fanitarana Genome Mediated Transposon sy ny Architecture Evolutionary amin'ny Folding Genomic 3D amin'ny Cotton
Tobim-piaraha-miasa: Oniversite Fambolena Huazhong
Gazety: Biolojia Molecular sy Evolisiona
Ny fiantraikany: 16.242
Ity tetikasa ity dia nampiasa Nanopore Sequencing mba hanangonana karazana landihazo telo dia ny: Gossypium rotundifolium (K2, haben'ny genome = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, haben'ny genome = 1.62Gb, contigN50 = 11.69Mb), ary G. raimondii (D5, haben'ny génomé = 0,75Gb, contigN50 = 17,04 Gb).Maherin'ny 99% amin'ireo génome telo rehetra no natambatra tamin'ny Hi-C.Ny valin'ny fanadihadiana BUSCO dia 92,5%, 93,9% ary 95,4%.Ireo isa rehetra ireo dia nanondro fa ireo génome telo mitambatra dia reference -grade.Ny famakafakana génome comparative dia nandrakitra ny antsipirian'ny fanamafisam-peo manokana amin'ny firazanana izay mitondra anjara biriky amin'ny fahasamihafan'ny haben'ny genome.Ity fanadihadiana ity dia manazava ny anjara andraikitry ny fanitarana ny génomée-mediated transposon amin'ny fivoaran'ny firafitry ny kromatin ambony kokoa amin'ny zavamaniry.
5. Fivoriamben'ny krômôzôma sy famakafakana ny voly biomass Miscanthus lutarioriparius genome
Toerana iarahana: CAS Center for Excellence in molecular Plant Sciences
Gazety: Communications Nature
Ny fiantraikany: 14.912
Ity tetikasa ity dia nitatitra ny fivorian'ny krômôzôma Miscanthus lutarioriparius genome amin'ny alàlan'ny fampifangaroana ny sequencing Oxford Nanopore sy ny teknolojia Hi-C.Ny fivoriambe 2.07Gb dia mandrakotra ny 96.64% amin'ny génome, miaraka amin'ny contig N50 amin'ny 1.71 Mb.Manodidina ny 94,30% amin'ny filaharana manontolo no nifamatotra tamin'ny pseudochromosomes 19.Amin'ny alàlan'ny fampitahana amin'ny filaharan'ny BAC, ny fanombanana LAI, ny fanombanana BUSCO, ny fanangonana indray miaraka amin'ny angon-drakitra NGS, ny famerenana indray ny angon-drakitra transcriptome, ny génome dia nodinihina ho kalitao sy fitohizana.Ny fiavian'ny allotetraploid an'ny M. lutarioriparius dia voamarina amin'ny fampiasana zanabolana centromeric.Ny fototarazo duplicate tandem an'ny M. lutarioriparius dia manankarena tsy vitan'ny hoe mifandray amin'ny valin'ny adin-tsaina, fa biosynthesis amin'ny rindrin'ny sela.Ny dika mitovy amin'ny fototarazo dia mety mandray anjara amin'ny photosynthesis C4 ary mandray anjara amin'ny photosynthesis Miscanthus C4 amin'ny hafanana ambany.Ny fikarohana dia nanome fanondro manan-danja ho an'ny fandalinana ny zavamaniry isan-taona.
6. Ny fivorian'ny genome Camptotheca acuminata ambaratonga chromosome dia manome fanazavana momba ny niandohan'ny evolisiona ny biosynthesis camptothecin
Tobim-piaraha-miasa: Oniversite Sichuan
Gazety: Communications Nature
Ny fiantraikany: 14.912
Ity tetikasa ity dia nitatitra ny fivorian'ny genome C. acuminata avo lenta avo lenta, miaraka amin'ny haben'ny genome 414.95Mb ary contingN50 1.47Mb.Hitanay fa ny C. acuminata dia miaina dika mitovy amin'ny genome manontolo ary ny fototarazo maro azo avy amin'izany dia mifandray amin'ny biosynthesis camptothecin.Ny fahasamihafan'ny fiasa amin'ny fototarazo LAMT sy ny fivoarana tsara amin'ny fototarazo SLAS roa, noho izany, dia samy nandray anjara betsaka tamin'ny biosynthesis camptothecin ao amin'ny C. acuminata.Ny valiny dia nanantitrantitra ny maha-zava-dehibe ny fivorian'ny génome avo lenta amin'ny famantarana ny fiovan'ny fototarazo amin'ny fiavian'ny evolisiona metabolite faharoa.
7. Ny génome voafaritry ny allele dia manambara ny fahasamihafana biallélika mandritra ny fivoaran'ny mangahazo
Tobim-piaraha-miasa: Akademia Shinoa momba ny siansa momba ny fambolena tropikaly
Gazety: Plant Molecular
Ny fiantraikany: 13.162
Ity tetikasa ity dia nanangona fototarazo reference ho an'ny mangahazo miaraka amin'ny contigN50 1.1Mb amin'ny alàlan'ny sehatry ny sequence Pacific Biosciences (PacBio).Taorian'ny fanombanana nataon'ny BUSCO, ny LAI index, ary ny sarintany fototarazo avo lenta, dia voamarina ho mari-pamantarana ny fototarazo tafangona.Nofantarina ireo faritra mihoa-pefy ary ny contigs dia nifamatotra tamin'ny pseudochromosomes 18 tamin'ny alàlan'ny rohy Hi-C.Ity fototarazo fanondroana avo lenta sy voafaritry ny allele ity ho an'ny mangahazo dia manan-danja amin'ny famantarana ireo bi-allele samihafa amin'ny krômôzôma homologous, ahafahana mijery ny fanavahana sy ny fanjakazakan'ny bi-alleles sy ny heriny mitondra ny evolisiona.Nanamora ny fanavaozana ny paikady fiompiana amin'ny mangahazo sy ny voly heterozygous hafa.
8. Fahitana génomika momba ny fitomboana haingana ny paulownias sy ny fananganana ny kifafa mpamosavy Paulownia
Tobim-piaraha-miasa: Oniversite momba ny fambolena ao Henan
Gazety: Plant Molecular
Ny fiantraikany: 13.162
Ity tetikasa ity dia nanangona fototarazo niokleary avo lenta an'i Paulownia fortunei, 511.6 Mb ny habeny, miaraka amin'ny 93.2% amin'ny filaharana dia miorina amin'ny pseudochromosomes 20.Ny fahombiazan'ny photosynthesis ambony kokoa dia azo amin'ny alàlan'ny fampidirana ny photosynthesis C3 sy ny lalan'ny metabolisma asidra crassulacean, izay mety ho nahatonga ny fahazarana mitombo haingana be ny hazo paulownia.Ny fizotry ny genome fanampiny amin'ny phytoplasma PaWB, miaraka amin'ny famakafakana miasa, dia nanondro fa ny effector PaWB-SAP54 dia mifandray mivantana amin'ny Paulownia PfSPLa, izay mahatonga ny fanimbana ny PfSPLa amin'ny alàlan'ny ubiquitin-mediated pathway ary mitarika amin'ny fananganana kifafa mpamosavy.Ny angon-drakitra dia nanome fomba fijery manan-danja momba ny biolojia paulownias sy ny rafitra mifehy ny fananganana PaWB.
Genome biby - Fahalalana lalina momba ny fivoaran'ny karazana
1. Ny fototarazon'ny Nautilus pompilius dia manazava ny fivoaran'ny maso sy ny biomineralization
Tobim-piaraha-miasa: Ivon-toerana momba ny Oseanolojia ao amin'ny Ranomasina Shina Atsimo, CAS
Gazety: Ekolojia voajanahary & evolisiona
Ny fiantraikany: 15.462
Ity tetikasa ity dia nanolotra génome feno ho an'ny Nautilus pompilius.Izy io dia manana ny genome minimalista eo amin'ireo cephalopods sequenced, izay 730.58Mb miaraka amin'ny contigN50 = 1.1Mb.Ny vokatry ny fanombanana ny BUSCO dia 91.31%.Ampifandraisina amin'ny transcriptome, proteome, fianakaviana fototarazo ary famakafakana phylogenetic, ity génome ity dia nanome fanondro fototra momba ny fanavaozana cephalopod, toy ny maso pinhole sy biomineralization.Nasehon'ny fikarohana fa mety misy ifandraisany amin'ny fanjavonan'ny akorandriaka ny mollusks ny fahasimban'ny fitambaran'ny fototarazo Hox.Ny zava-dehibe indrindra, ny fanavaozana génomika marobe ao anatin'izany ny fahaverezan'ny fototarazo, ny fihenan'ny tsy miankina ary ny fanitarana ny fianakaviana fototarazo manokana ary ny tambajotra mifehy azy ireo dia mety namolavola ny fivoaran'ny mason'ny nautilus pinhole.Ny fototarazo nautilus dia loharanon-karena manan-danja amin'ny fananganana indray ny toe-javatra evolisiona sy ny fanavaozana génomika izay mamolavola ny cephalopods misy.
2. Ny famakafakana genome seadragon dia manome fanazavana momba ny toerana misy azy sy ny famaritana ny firaisana ara-nofo.
Tobim-piaraha-miasa: Ivon-toerana momba ny Oseanolojia ao amin'ny Ranomasina Shina Atsimo, CAS
Gazety: Fandrosoana ara-tsiansa
Ny fiantraikany: 14.132
Ity tetikasa de novo ity dia ny génome lahy sy vavy amin'ny seadragon mahazatra (Phyllopteryx taeniolatus) sy ny karazany mifandray akaiky aminy, ny alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Ny haben'ny génome ho an'ny Phyllopteryx taeniolatus dia ~659 Mb（♂） ary ~663 Mb（♀）, miaraka amin'ny contigN50 amin'ny 10.0Mb sy 12.1mb.Ny haben'ny génome ho an'ny Phyllopteryx taeniolatus dia 637 Mb（♂） ary ~648 Mb（♀）, miaraka amin'ny contigN50 amin'ny 18.0Mb sy 21.0Mb.Amin'ny alalan'ny famakafakana phylogenetic, ny seadragon mahazatra sy ny alligator pipefish dia anabavin'ny Syngnathinae, ary nisaraka tamin'ny 27,3 M lasa izay.Ny mombamomba ny transcription avy amin'ny zava-baovao evolisiona, ny fanampin'ny raviny, dia mampiseho fa ny fototarazo iray izay matetika tafiditra amin'ny fivoaran'ny vombony dia nofantenana ary koa ny fampitomboana ny sora-baventy ho an'ny fanamboarana ny tavy sy ny fototarazo fiarovana fiarovana.Nisy toerana iray mamaritra ny firaisana ara-nofo izay mamaritra ny fototarazo amhr2y manokana ho an'ny lehilahy izay nozarain'ny seadragon mahazatra sy ny trondro alligator.Ity tetikasa ity dia nanome porofo lehibe ho an'ny fandalinana ny evolisiona adaptatera.
Fotoana fandefasana: Sep-19-2022