GWAS
Lohateny: Ny resequencing-genome manontolo dia manambara ny fiavian'ny Brassica napus sy ny loci génétique tafiditra amin'ny fanatsarana azy
Gazety: Nature Communications
NGS |WGS |Resequencing |GWAS |Transcriptome |RNAseq |Brassica napus |Evolisiona |Toeram-ponenana
Ao anatin'ity fanadihadiana ity, ny Biomarker Technologies dia nanome serivisy momba ny fizotry ny NGS, ary koa ny fanohanana ara-teknika momba ny famakafakana bioinformatics momba ny angon-drakitra.
lafika
Brassica napus(fanolanana) dia voly voa menaka manan-danja ary modely tsara amin'ny fanadihadiana ny fizotran'ny spéciation polyploid, ny fivoarana ary ny fifantenana.Na izany aza, na razamben'ny ray aman-dreny ny bibidia na mpanome biby fiompy ary mbola tsy fantatra ny fototarazo nanampy tamin'ny fiompiana sy fanatsarana ny fanolanana.
Fitaovana sy fomba fiasa
Akora:588B. napusNy fidirana dia nandray anjara tamin'ity fianarana ity, anisan'izany ny 466 avy any Azia, 102 avy any Eoropa, 13 avy any Amerika Avaratra, ary 7 avy any Aostralia.Miorina amin'ny firaketana ny fahazarana mitombo, nozaraina ho ecotype telo ireo fitaovana ireo;lohataona (86 fidirana), ririnina (74 fidirana), ary semi-ririnina (428 fidirana).
Sequencing:Salan'isa eo ho eo.5× (manomboka amin’ny 3,37× ka hatramin’ny 7,71×)
Sequencing platform:Illumina Hiseq 4000
Famokarana angona:4.03 Tb Takelaka data
SNP antso:BWA + GATK.5,294,158 SNPs ary 1,307,151 InDels no azo.
VOKATRA
Ny niavian'i B. napus
B. napusNy subgenome dia nipoitra avy amin'ny razamben'ny turnip Eoropeana.Hetsika fikorianan'ny fototarazo avy any Eoropa mankany amin'nyB. napus Nisy subgénome nitranga ~106-1170 taona lasa izay.B. napusC subgenome dia mety nivoatra avy amin'ny razambe iraisana amin'ireo taranaka ireo.Ny razamben'nyB. napusnisaraka tamin'ny razamben'ny karazana B. oleracea efatra, miaraka amin'ny fototarazo vao haingana mikoriana aoB. napus~108–898 taona lasa izay.B. napusC subgenome dia manana fiaviana sarotra kokoa noho ny A subgenome.Nisy bottleneck mafy nipoitra tao amin'ireo subgenome roa nandritra ny fotoanaB. napusevolisiona.Ny ririnina sy ny semi-ririninaB. napusNy ecotypes dia nisaraka ~ 60 taona lasa izay, fa ny ririnina sy ny lohataonaB. napusnisaraka ~ 416 taona lasa izay, ary ny menaka sy ny tsy misy menakaB. napusnisaraka ~ 277 taona lasa izay.
Fig. 2 Firafitry ny mponina amin'ny fidirana 588 B. napus ary 199 amin'ny fidirana B. rapa.
Fig. 3 Firafitry ny mponina amin'ny fidirana 588 B. napus ary 119 amin'ny fidirana B. oleracea
Famantarana fifantenana sy fandalinana fikambanana Genome-wide.
Nandritra ny dingana voalohany amin'ny fanatsarana (FSI), ny fahasamihafan'ny fototarazo dia very tao amin'ny subgenome B. napus C noho ny ao amin'ny subgenome A.Kely kokoa ny fanavahana fototarazo nitranga nandritra ny FSI noho ny tamin'ny dingana faharoa fanatsarana (SSI).Ny fototarazo ao amin'ny faritra famantarana SSI-selection dia nanankarena tamin'ny fandeferana ny adin-tsaina, ny fampandrosoana ary ny lalan'ny metabolika.Loci 60 no tena mifandray amin'ny toetra kendrena 10, anisan'izany ny 5 mifandraika amin'ny vokatra voa, 3 amin'ny halavan'ny silika, 4 amin'ny votoatin'ny menaka, ary 48 amin'ny kalitao voa no fantatra.
sary.
Famakafakana transcriptome
Ny angon-drakitra RNAseq amin'ny tavy 11 avy amin'ny kolontsaina avo lenta sy avo roa heny ary avo roa heny ny fototarazo mifandraika amin'ny fizotry ny biosynthetic glucosinolate dia naseho be loatra.
Fig. 5 Fijerena ny fepetran'ny fotoanan'ny voninkazo eo ambanin'ny fifantenana ny fanatsarana ny tontolo iainana B. napus
Discussion
Ity fanadihadiana ity dia nanome loharano sarobidy mba hahatakarana ny fiandohana sy ny fanatsarana ny tantaraB. napusary hanamora ny fanaparitahana ny fototarazo amin'ny toetran-javatra sarotra agronomika manan-danja.Ny SNP manan-danja mifandray amin'ny variana tsara, ny mari-pamantarana mifantina ary ny fototarazon'ny kandidà dia handray anjara betsaka amin'ny ho avy, indrindra amin'ny fanatsarana ny vokatra, ny kalitaon'ny voa, ny votoatin'ny menaka, ary ny fampifanarahana an'ity voly allopolyploid vao haingana ity sy ny havany.
Reference
Ny resequencing-genome manontolo dia manambara ny fiavian'ny Brassica napus sy ny loci génétique tafiditra amin'ny fanatsarana azy [J].Nature Communications, 2019, 10(1).
Vaovao sy zava-nisongadina mikendry ny hizara ireo tranga mahomby farany amin'ny Biomarker Technologies, maka ireo zava-bita ara-tsiansa vaovao ary koa ireo teknika malaza ampiharina mandritra ny fandalinana.
Fotoana fandefasana: Jan-05-2022