GENOME EVOLUTION
Ny famakafakana génome comparative dia manasongadina ny fanitarana ny génomée-mediated transposon sy ny maritrano evolisiona amin'ny famolahana génomika 3D amin'ny landihazo.
Nanopore sequencing |Hi-C |PacBio sequencing |Illumina |RNA-sequencing |3D génomé architecture |Transposon |génomika fampitahana
Ao anatin'ity fanadihadiana ity, ny Biomarker Technologies dia nanome fanohanana ara-teknika momba ny fizotry ny Nanopore, Hi-C ary ny fanadihadiana momba ny bioinformatic mifandraika amin'izany.
Abstract
Ny fanamafisan'ny singa transposable (TE) dia nekena ho toy ny hery manelanelana ny fanitarana ny haben'ny genome sy ny evolisiona, saingy mbola tsy fantatra amin'ny zava-maniry ny voka-dratsin'ny famolavolana rafitra génomika 3D.Eto izahay dia mitatitra ny fivorian'ny génomée-grade ho an'ny karazana landihazo telo mirefy telo heny amin'ny haben'ny genome, izany hoeGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), aryG. raimondii(D5), mampiasa Oxford Nanopore Technologies.Ny famakafakana génome comparative dia mirakitra ny antsipirian'ny fampitomboana TE manokana amin'ny rohim-pirazanana izay mandray anjara amin'ny fahasamihafan'ny haben'ny genome (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), ary manondro ny votoatin'ny fototarazo sy ny fifandraisana amin'ny fototarazo.Hitanay fa manodidina ny 17% amin'ny fototarazo syntenika dia mampiseho ny fiovan'ny chromatin eo amin'ny sehatra mavitrika ("A") sy tsy mavitrika ("B"), ary ny fanamafisana ny TE dia mifandray amin'ny fitomboan'ny ampahany A amin'ny faritra fototarazo (~ 7,000 fototarazo. ) ao amin'ny K2 sy A2 raha oharina amin'ny D5.Ny 42% amin'ny sisin-tany mifandray amin'ny topolojika (TAD) ihany no voatahiry amin'ireo génome telo.Ny angon-drakitray dia misy fiantraikany amin'ny fanamafisam-peo vao haingana ny TE taorian'ny fananganana sisin-tany TAD manokana.Ity fanadihadiana ity dia manazava ny anjara andraikitry ny fanitarana ny génomée-mediated transposon amin'ny fivoaran'ny firafitry ny kromatin ambony kokoa amin'ny zavamaniry.
Ny antontan'isa manan-danja amin'ny fivorian'ny genome
Sary.Fivoriambe genome sy famaritana ny endri-javatra momba ny G. rotundifolium (K2)
Vaovao sy zava-nisongadina mikendry ny hizara ireo tranga mahomby farany amin'ny Biomarker Technologies, maka ireo zava-bita ara-tsiansa vaovao ary koa ireo teknika malaza ampiharina mandritra ny fandalinana.
Fotoana fandefasana: Jan-05-2022